1、部分明宗室纷纷南下，建立南明政权

1644年4月初，福王世子朱由菘与潞亲王朱常淓、崇亲王朱常渲和周王世孙一同南逃，自河北卫逃亡淮安。4月中旬，凤阳总兵马世英迎朱由菘至南京。由于明朝实行两京制，北京沦陷时，南京依然留有一整套完整的政府机构。5月4日，南京的官员奉请朱由菘监国。15日，朱由菘在群臣的拥立下称帝，改元弘光。这是明朝皇室所建立的第一个南方政权，史称南明。

南明政权很快便确定了自己的目标，那就是抗清。此时，“诸贤响应，野无留隐”。但是，弘光帝受命于危难之际，却是个荒淫无道的暴君。他一味宠信奸臣马世英，排斥史可法、高弘国等忠臣良将。

结果南明朝政腐败，复国无望，仅仅凭借南京城和长江天堑苟延一时。仅仅过了一年不到，1645年5月，清兵渡江南下，一举攻陷南京城。弘光帝朱由菘在安徽芜湖被俘，不久之后被杀。潞王朱常淓在杭州兵败投降，至此，弘光朝廷覆灭。

弘光朝廷灭亡之后，又有朱家的另一支宗室唐亲王朱律键在福州、鲁亲王朱以海在台湾分别建立反清政权，继续组织军队反抗。

唐亲王朱律键是朱元璋第二十三子九世孙，封地在南阳。南京沦陷以后，他在难逃途中被总兵郑鸿逵、南安伯郑芝龙、礼部尚书黄道周等拥立于福州。

6月27日在福州称帝，改元隆武，改福州为天兴府。隆武皇帝与朱由菘不同，他雄才大略，有复国之心，但是奈何隆武政权被郑芝龙独裁，隆武皇帝没有实权，只能壮志难酬。郑芝龙海盗出身，有着太多自己的小算盘，导致了很多北伐计划破产。

1646年正月，礼部尚书黄道周出兵江西，与清兵作战，兵败被杀。二月，朱律键亲征建宁，不久被清兵越过仙霞岭长驱直入福建，朱律键被俘，拒不投降，结果惨烈殉国。自此，浩浩荡荡的隆武政权覆灭。

2、南明宗室大部分都死于抗清斗争中

后来，1646年11月18日，明神宗朱翊钧的儿子桂王朱常瀛第五子，永明郡王朱由榔在桂林称帝，改元永历，史称永历皇帝。永历政权建立之后，就不断受到清兵的攻击，从肇庆开始就不断撤退，一路上败退至全州、武冈、南宁、肇庆、安龙、云南，但是一大批将领诸如何腾蛟、丁魁时和孙可望，一直与清兵鏖战在西南前线，使得南明军队不至于瓦解。可是永历朝廷内派系林立，争斗不休，致使局势再度危急。永历十一年（1657年），孙可望兵败投降。次年，清兵三路大军攻入云南，云贵沦陷，永历帝朱由榔在大将李定国的保护下逃入缅甸。永历十八年（1664年），朱由榔被吴三桂俘虏，杀害于云南昆明。吉王、松滋王等明朝宗室死于缅甸，“诸扈从宗室无一存者。”自此，南明永历政权覆亡，大陆的反清复明斗争以彻底失败告终。

3、最后一支明朝宗室覆灭于台湾

几乎与南明永历朝同一时间，另一支宗室韩王朱本铉则在鄂西山区建立南明定武政权，坚持抗清达十八年之久。朱本铉是朱元璋第十九子朱松的十二世孙。明亡后，他逃到鄂西山区。1646年，隆武政权灭亡后，他被刘体纯、袁宗第、王光兴、谭文等将拥立，在川鄂西山区称帝，改元定武，坚持领导抗清斗争。直到康熙三年（1664年），被清军活活拖死。川鄂山区沦陷，四川千万人口丧失了生命，导致了当时偌大的四川野无人迹。清政府为了弥补四川的人口，迁入了大量湖广人民。现如今有很多四川人，祖籍都在湖广地区，当是那个时候迁移过去的。

南明定武皇帝朱本铉兵败被杀，是内地坚持最久的南明政权。

在明宗室的抗清斗争中，以鲁王朱以海为首的政权，在郑成功的支持下辗转进入台湾，一直坚守台湾十余年。后来又流落海上，与郑成功部相呼应，直到康熙元年在金门去世。后来朱以海的遗腹子在宁靖王朱术桂的保护下渡海来到台湾，投奔郑成功。一直到康熙二十二年（1683年），施琅收复了台湾。自此，明朝皇族死的死，亡的亡。抗清斗争结束。