矛盾的诱因源自大明朝。萨尔浒之战后，辽东岌岌可危，朝堂上“制东夷在先款西虏”、“以夷攻夷”这样的言论不绝于耳。不过，大明朝最先利用的是林丹汗属部、靠近后金的内喀尔喀。1619年七月，挟萨尔浒之战余威的努尔哈赤率军围攻铁岭，内喀尔喀中最有实力的宰赛率万人援明，与金兵交战被俘；八月，大明的另一藩屏叶赫部覆灭。大明这才正式将注意力转移到林丹汗身上。林丹汗与努尔哈赤“素无衅端”，但为了攫取明朝的“赏银”，也为了壮大自身实力，亦有联明抗金的意图。

1619年秋，大明派监军王猷带着四千两白银出使察汉浩特，林丹汗一边称病不见，一边又指使叔父脑毛大对明使称“要自举兵杀奴，然事权在憨，恐难擅举”，以提高价码。最后，双方达成协议，大明每年赏银四千两（翌年提高为四万两），林丹汗协助明军守卫广宁城。

与大明朝结盟后，林丹汗派遣康喀尔拜虎携国书出使后金，书中以“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗”自居，蔑称努尔哈赤为“水滨三万女真之主”，警告他不得进犯广宁。后来，林丹汗扣押了后金使臣硕色乌巴什，而努尔哈赤则斩杀了林丹汗的使者康喀尔拜虎，双方的关系正式破灭。

1621年春，后金占领沈阳。林丹汗获悉后令管理蒙古左翼三万户的大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉率领内喀尔喀卓里克图、达尔汉巴图尔、巴哈达尔汉等部两千骑兵前往沈阳救援，双方于城下开战。

1621年八月，内喀尔喀五部送万头牲畜，从努尔哈赤那里赎回了宰赛。这对林丹汗的威望是沉重打击。

1622年正月，努尔哈赤大举进攻广宁，巡抚王化贞仓皇弃城逃窜。林丹汗出兵一万救援广宁，协助明军守卫山海关，并与大明约定夺回广宁后的赏赐。大明朝为安抚林丹汗的花费达百万两白银之巨。

广宁之战后，蒙古内部矛盾逐渐凸显。内喀尔喀与后金通婚、盟誓。1622年2月，管理左翼三万户的锡尔呼纳克杜棱洪台吉率三千多户归顺努尔哈赤；1623年正月，内喀尔喀拉巴什希布、索诺木、莽果、达莱台吉等也各率所属五百户投金；乌珠穆沁部多尔济车臣济农、塞棱额尔德尼台吉、苏尼特部素塞巴图噜济农、浩齐特部策凌伊尔登、阿巴噶部都思噶尔札萨克图济农各率所部，投奔了漠北喀尔喀蒙古。

面临来自蒙古内部的危机，林丹汗不得不先解决损害自己利益的蒙古诸部。他说：“南朝止一大明皇帝，北边止我一人，何得处处称王？我当先处里，后处外”。奥巴台吉的科尔沁部与后金来往最密切，林丹汗便先打他，于1624年11月率军征讨科尔沁。努尔哈赤亲率贝勒大臣驰援，抵镇北堡后又命莽古尔泰率兵五千赴农安塔，林丹汗闻讯撤军。

双方你来我往，大战一触即发。

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札萨克图汗正在沉思，儿子诺尔布走入大帐，“父汗，金国派使臣来了”。

“哦，可说为了何事？”素巴第神色一沉。

“据那使臣说，今年三月，金国的覆育列国英明汗率百官迁都盛京（沈阳）。他要求您和土谢图汗衮布、车臣汗硕垒一起进京朝觐，并进“九白之贡”以示臣服。

素巴第楞住了，随即勃然大怒，“努尔哈赤啊努尔哈赤，你以为在萨尔浒打败了大明朝便是天下的主人吗？哼，成吉思汗的子孙绝不臣服于人！”

令人给努尔哈赤写了封措辞强硬、冷嘲热讽的信后，他喃喃自语：“南边的金国和林丹汗都对我喀尔喀虎视耽耽，看来与卫拉特人的战争要尽快停止、集中力量对付南边的那两只恶狼！”