新富士山的近地表沉积物主要是多孔的熔岩和火山灰，而古富士山的沉积物的多孔性较差，含有较多的泥质成分。因此，从富士山山坡流出的径流往往会渗入并被限制在新富士山内。在山麓地区，地下水流在许多地方形成池塘、溪流，甚至一些大湖。地下水同位素组成表明，在1100米至2700米高度范围内的中间火山地带两侧的降雨，是富士山地下水补给的主要来源。富士山山脚下池塘和湖泊的形成部分是因为熔岩流入山谷，堵住河流，或分隔现有水体。富士五湖是位于北麓的一组大湖，海拔约1000米。864年，熔岩从寄生火山锥流到北麓，将已经存在的一个大湖划分为精进湖和西湖，熔岩在当时也进入了精进湖。这两个湖的水位几乎是相同的，因为地下水通过多孔的岩浆岩进行流动。从河口湖、山中湖和本栖湖的湖底提取的沉积物表明，这些湖泊或它们的前身在全新世之前就已经存在了。

富士山垂直分布十分明显，海拔500米以下的是亚热带常绿林，500~2000米为温带落叶阔叶林，2000—2600米则是寒温带针叶林，2600米以上就是高山矮曲林带，[6]富士山的植被分布主要反映了温度随高度的梯度变化。在高于海拔1500米的地区没有茂密的植被，被认为是火山沙漠，而低海拔地区主要是原始森林。

富士山山顶的火山口，一共喷发过18次，距离现在最近的一次喷发是在1707年。虽然目前是处于休眠状态，但随时会有喷气现象。

在有记录的日本历史上，富士山火山活动最为活跃的时期，是平安时代初期的9世纪。史书《日本纪略》载：“延历十九年（800年）六月，骏河国言，自去年三月十四日，迄四月十八日，富士山颠自烧，昼则烟气暗暝，夜则火光照天，其声若雷，灰下如雨，山下川水皆红色也。”

延历二十一年（802年），《日本纪略》载：“骏河相摸国言，骏河国富士山，昼夜恒燎，砂砾如雾散者，求之卜巫，占日，千疫，宜令两国加镇谢，及读经以攘殃（中略）五月（中略）甲戊，废相摸国足柄路，开吕荷途，以富士烧碎石塞道也。”这就是日本历史上著名的“延历大喷火”。

贞观六年（864年），史书《日本三代实录》载：“（贞观六年五月二十五日），骏河国言，富士郡正三位浅间大神大山火，其势甚炽，烧山方一二许里，光炎高二十许丈，大有声如雷，地震三度，历十余日，火犹不灭，焦岩崩颠，砂石如雨，烟云郁蒸，人不得近，大山西北，有本栖水海，所烧岩石，流向海中，远三十许里，广三四许里，高二三许丈，火焰遂属甲斐国。”同年7月，富士山还在继续喷火。《日本三代实录》再次记载：（贞观六年七月）十七日辛丑甲斐国言，骏河国富士大山，忽有暴火，烧碎岗峦，草木焦，土崩石流，埋八代郡本栖并划两水海，水热如汤，鱼鳖皆死，百姓居宅，与海共埋，或有宅无人，其数难记，两海以东，亦有水海，名曰河口海，火焰赴向河口海，本栖等海，未烧埋之前，地大震动，雷电暴雨，雨雾晦冥，山野难辨，然后有此灾异焉。这次大喷火，史上也叫“贞观大喷火”。从记载来看，这次大喷火使得大量熔岩流出，其结果是富士山北麓的划海被填满消失的同时，诞生了留存至今的精进湖和西湖。划海被熔岩填埋的另一个结果就是诞生了现在的青木原树海。就在这次大喷火后的第二个月，大和朝廷发布了“镇谢”命令。为了镇谢和祭祀，必要的文献资料是不可缺少的，都良香就是被命令起草文书的对象之一，留下了《富士山记》。