马赛军队的行径遭到了科西嘉委员会和当地教会的批评，更是被保利勒令禁止离开军营，更是派出一支科西嘉国民自卫队在一旁监视，才制止相同事件的发生。

而作为指挥官的拿破仑也采取行动，用公开的鞭刑来整肃军纪，避免打砸和袭杀现象。甚至做到让那位打砸的士兵亲自上门道歉。但是他却无法让那位杀死贵族的马赛士兵做相同的事情。

因为拿破仑知道自己的指挥军队是谁给的，更是他的支持者萨利切蒂身后山岳派的立场。萨利切蒂曾在私下里告诉他很多国民议会的事情，其中就包括路易十六的处置。山岳派的核心，圣茹斯特曾说过“一切君主和贵族都是叛乱者和篡权者。”并成功取得平原派的欢呼。

想要依附法国力量壮大，并为前程考虑的拿破仑只能大事化小，但是这样做的后果就是马赛部队和科西嘉国民卫队的间隙变深，也包括拿破仑和科西嘉国民自卫队的关系。

11月5日，法国在科西嘉反攻全面开始。

拿破仑和他马赛部队被分到驻军司令拉斐尔的旗下。虽然拉斐尔将军受保利影响，同样不喜欢刺头的拿破仑，但是谁叫他是巴黎当权者的“红人”。毕竟一个上尉就能带6000人的步兵部队，虽然炮兵上尉带步兵很怪。

由于科西嘉独特的海上山脉，反法同盟在科西嘉北部登陆后，除了完成对科西嘉角的占领，他们在中部山地的攻略速度缓慢。然而这样对于法国过去利好的优势，在反攻中却成为劣势。昔日热那亚人在靠近北侧的山谷口的木质要塞被反法同盟占领，并被加固。同时，山谷的地形也妨碍人数的占优的法军将部队展开，让缺乏火炮的法军在反攻上，出现了不少的障碍。无论是法军还是另外一路的科西嘉国民自卫队，都一个接一个要塞的拔掉，大大降低战争的进度和增加战争的伤亡数。

曾有人提议通过海路，抄到反法同盟的背后。然而这样的计划遭到了拉斐尔司令的否决，因为拉斐尔司令不认为这些职业素质偏低的军队能够完成登陆作战任务。

志在改变本人和科西嘉军队的间隙的拿破仑认为只有打赢这场保卫科西嘉的战争，才能逆转。为此，拿破仑主动向司令拉斐尔提出一个大胆的想法“绕过那些木头要塞”。

司令拉斐尔对拿破仑的想法异想天开，“你以前的陆军学校是谁教的，你难道不知道让敌人控制后方的要塞，会造成补给受到敌人袭击，从而导致后勤困难吗？”

“长官，你的说法没有错。但是它的成立必须有两个前提。第一个腹地必须广，然而这一点在科西嘉并不成立，我们只要行军快速穿过山谷群，就能抵达北部的沿海平原。而且我们能够从海上获得补给，所以不存在后勤问题。第二个敌人数量多，然而反法同盟在科西嘉的军队不到一万人，而且他们还要分兵驻防这些山谷要塞，我军数量高于对方0.6倍，我们有充足的兵力可以沿路包围要塞并将他们相互分开，耗尽他们的补给。当我们抵达北部沿海平原，他们也将已经失去所有可能的援军。这些要塞守军只能投降。”拿破仑有理有据的分析。

司令拉斐尔收敛了他那贬低拿破仑的神色，重新正视了过去煽动军队对峙的拿破仑。同时又想起法国陆军部长塞尔旺写给自己的回信：毫无意义，拿破仑必须为他放任志愿兵的胡作非为负责。但是依照新规，此类案件归民事法庭而不是军事法庭。虽然我在这件事情上爱莫能助，但是假如他再次重演，我会立刻把他安排到海外殖民地。

拿破仑一直在静等长官的回应，他在赌博这位法国将军对自己的认知，能不能崭露头角就看现在。在这场命运等待着，拿破仑耳边听到了四个词语。

“你很不错。”