尉迟敬德又大声喊道：
“我奉皇帝诏令杀了这两个人，如果你们敢违抗皇上命令，犯下死罪和他俩一样！
你们何必自己找死！
尔等快快解散，免得受到和他俩同样的惩罚！”
东宫、齐王府两军兵士，抬头看那首级确实是李建成、 李元吉，又听尉迟敬德说是奉皇帝诏命，越发心虚胆怯。于是便扔掉兵器，一哄而散。
薛万彻喊不住溃散的兵士，只带了几十名骑兵，逃往终南山。
冯翊冯立，也扔掉兵器，落荒逃去。
李渊因为三个儿子一个也没来参见他，还认为他们彼此有矛盾仇怨，不愿意凑到一起见面。
他也乐得稀里糊涂先蒙混过去，以后再作计较。
李渊先自匆匆退朝，留下裴寂、萧瑀、陈叔达等人在朝堂等待。
李渊正在宫内海池上领着嫔妃划船游玩，忽然岸上一个头戴铁盔，身披铁甲的大将，手持长杆步槊骑马跑来。
李渊远远地呵斥道：
“来的人是谁？没我诏命，敢擅自闯入内宫？”
那个将领骑马跑得近了，就纵身跳下马来，把步槊放在身旁地上，恭恭敬敬倒身下拜 ，口中说道：
“臣就是尉迟敬德。”
李渊问：“你来做什么？”
尉接敬德说：
“秦王因为太子、齐王谋反作乱，正再起兵讨伐。
他担心陛下安全，特派我来守卫。”
李渊震惊地说：
“你且起来。告诉我太子和齐王现在何处？”
尉迟敬德起身回答说：
“他俩都已经被斩首了”。
李渊听了惊得变了脸色，连同在船上坐在他身边的嫔妃，也都吓得一脸惊恐里透着哀丧，全身不停地颤抖。
李渊急忙命令内侍太监，去召唤裴寂、萧瑀、陈叔达等人前来见他。内侍太监慌忙跑去。
尉迟敬德是怎么突然闯进来见李渊的呢？
原来尉迟敬德吓退围攻秦王府的东宫、齐王府两支军队，急忙骑马返回，重新进入玄武门回报李世民。
李世民向他问明两军攻打秦王府的情由，便说：
“事情已经这样了，我只好进宫谢罪。”
尉迟敬德说：
“且慢，皇上的意图还不明朗，让我先去探明情况。”
便将两个首级交给李世民，自己骑马跑入皇宫。
尉迟敬德在朝廷之上遇见裴寂等人，便向他说明了事情的来龙去脉。
裴寂说：
“这事怎么向皇上说知？”
尉迟敬德说：
“待我去面见皇上，宁可让皇上杀死尉迟敬德，不能让皇上杀死秦王！”
说完，尉迟敬德骑马在宫内跑着寻找查看皇帝李渊现在何处。
宫内卫兵挡不住他，有宦官阻止他说：
“你不能去！皇上在海池上划船游玩。”
尉迟敬德不等他说完，便骑马向海池跑去。尉迟敬德见到李渊说明情况后，便拱手站立。
过了片刻，裴寂、萧瑀、陈叔达等人，均随宦官到来。
李渊已命令游船靠岸。李渊上岸，便问裴寂说：
“没想到今天发生这样的事，事后如何处理？”
萧瑀、陈叔达齐声说：
“自起义以来，李建成和李元吉没有为举兵反隋贡献智慧谋略，也没有为建立大唐天下立下战功，反而一个立为太子，一个封为齐王。
他们没有战功贤德，还嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划谋杀秦王。
他俩一直只是在离间骨肉，制造兄弟间的灾祸。
只有秦王功盖天下，内外归心，贤德仁义人人称颂。
陛下如果决定把秦王立为太子，把国家大事托付给他，就不会再生事端了。
这样陛下可以不费心神地安享太平。”
李渊听了由震惊悲伤转为喜悦说：
“好！这正是我的心愿啊！”
尉迟敬德说：
“陛下既愿立秦王，现在皇宫禁卫军、秦王府、东宫，齐王府多支军队发生交战还没彻底停止，请陛下颁布亲笔敕令，令各军一律接受秦王统一指挥。”
李渊看了一眼宇文士及说：
“你去拟写诏令，待朕回朝廷发布。”
宇文士及领命而去。
李渊带着嫔妃，乘步辇进入宫殿。
尉迟敬德、裴寂，到朝堂候旨。
李渊上朝，命宇文士及宣布诏敕，安定众心。
又派黄门侍郎裴矩，去东宫太子府说知李建成属下将士，让他们全部罢职解散。
随后李渊对尉迟敬德说：
“你去把秦王叫来！”
尉迟敬德飞奔而去。
这时是盛夏酷暑，李渊解开衣襟纳凉，忽见李世民走进来，趴在地上请罪。
李谢抚慰他说：
“近些日子以来，种种疑惑、各种流言齐出，我也不能判断，如今建成元吉胆敢作乱，死了还有余罪。
不过关乎亲生骨肉，发生了这样的事端，我心里又痛恨又悲伤难过啊。”
李民抬起头看着李渊，一下扑到他怀里，眼泪扑簌簌往下落。
李世民的泪水浸湿了李渊前胸，李渊也忍不住留下眼泪。
李世民望见父亲老泪横流，也越发悲伤，趴在父亲怀里放声号淘大哭。
他们父子正在哭泣，宇文士及、裴矩入宫复旨，忍不住上前劝慰一番。
李世民告别李渊，返回秦王府。
秦王府的人，都对李世民说：
“斩草不除根，早晚成后患。建成元吉，各有多个孩子，应该一律搜捕诛杀，才能避免留下今后无尽的祸乱。”
李世民也不禁止，任听属下去做。
于是李建成的儿子李承道、李承德、李承训,李承明、李承义。
李元吉的儿子李承业、李承鸾、李承奖、李承格。李承度。
他们全被抓住，一并处死。
秦王府的僚属，又商量搜捕东宫余党，列出名单有一百多人，李世民也不加禁止。
尉迟敬德极力劝阻说：
“谋逆犯罪的只有李建成、李元吉两个人，如今已被杀，不应该再追查他的下属。
如果牵连众多，恐怕要激发新的祸乱，如何求得从此安定？”
于是李世民请求李渊下诏大赦。
李渊颁发赦文说：
凶逆大罪，只有李建成、李元吉两个人。他们的下属一律不问罪。