他的手下将领也犯下了偷抢高昌国财宝罪。

侯君集不能以身作则，没有严守法度，他害怕部下告他，也不敢制止下属偷窃私抢高昌国财物。

李世民看了弹劾奏章很愤怒，下令关押侯君集严厉审讯。

侯君集很不以为然，自言自语说：

“如今跨越沙漠，万般苦辛立下战功，反倒这么快成了罪囚。”

中书侍郎岑文本对李世民说：

“高昌国君昏乱无道，陛下命侯君集领兵， 一路千辛万苦前往征讨，短时间荡平高昌。

胜利回朝以后，所有将帅以下，都得到了重赏。

这事过了还不到十天，侯君集就被关押起来了。

侯君集自犯国法，犯罪应受惩罚。

但是恐怕全国百姓知道这事，开始怀疑陛下是只记住人的过失，忘了人立的功绩，从此人心涣散。

我听说皇帝命将领出征，如果能战胜敌人，有贪污也应再行奖赏。

如果是征战无能打了败仗，他廉洁不贪也应该予以处死。

我看到兵法上说，国君能够让将领智慧勇敢。也能够让将领贪心变傻。

古今将领，没有人没有缺点，全靠国君善于使用他们。

陛下如今应该原谅他的过错，任用他的长处。

应该让侯君集继续担任将领，以备今后随时调遣。

如果陛下能法外开恩，侯君集也应更加尽心报答陛下。”

李世民于是不再治罪侯君集。

又有人诬告薛万均，说他私下奸污了一名高昌国女子。

李世民召薛万均入朝质问，薛万均喊冤不止：

“陛下，我确实是冤枉的。

我干不出那样丢人现眼的下三滥缺德事！

是有人给臣头上泼脏水，让臣身败名裂！

望陛下明察真伪，还臣下清白！”

李世民即下令司法部门深入高昌国，待查到告发者说的那位受害女子，前来当庭对质。

魏征对李世民说：

“我听说国君尊重臣子，臣子则忠心报效国君。

如今命令我朝大将军和战败国一个女子当庭争辩，对质奸污案真假，未免有损国家名誉。

如果这事是真的，这事足够让国家蒙受羞耻。

如果查出是诬告，这事压根不存在，也成为流传中外的一个笑话。”

李世民恍然醒悟，把薛万均这事搁置，不再审问。

行军总管阿史那社尔，这次跟随大军西征，一分一毫也不贪占。

到论功行赏时，他只肯接受老弱牲畜和破烂物品，不要奇珍异宝。

李世民称赞他廉洁谨慎，下令赏赐给他从高昌国缴获的一把宝刀，又送他各色丝绸一千匹。

他是突厥处罗可汗的二儿子，率兵归顺，官封左骁卫大将军，娶了衡阳长公主，（唐高祖李渊的第十三个女儿)为驸马都尉。

这次又立功，封为毕国公。

高昌国平定后，吐蕃(西藏）赞普（国王)弃宗弄赞（松赞干布），敬仰唐朝国威和仁德教化，派使者向唐朝进贡，请求和亲。