自夏商周三代以来，历朝历代都有大臣们朋党现象。汉代的党人，大多是品德高尚的君子；唐代的党人，小人占多数，但其中不乏有才干者；宋代的党人，君子居多。然而，一旦朝堂上朋党之论兴起，必然与国家命运紧密相关，直至国家衰败灭亡。那些才智出众、品行正直的士人，本应是社会所仰赖的栋梁，却被冠以党派之名。于是，他们的智慧和策略，都用于彼此内耗倾轧，无暇顾及国家大事。并且，指责别人结党的人，自己往往也是有党派的。这个党派衰落，那个党派兴盛，后起的党派往往还不如前。这种祸患蔓延影响宗庙社稷安危，本就是意料之中之事。
到了明朝，在万历皇帝即位之前，尚未有明确的党派名称。直到四明人沈一贯担任内阁首辅，他自恃才华，不愿屈居人下，而当时，一批贤良之士如顾宪成、孙丕扬、邹元标、赵南星等人，他们耿直自负，时常与内阁意见相左。沈一贯的追随者多为言官，而顾宪成在东林书院讲学，吸引了众多重臣名流前往，这便是东林党形成的开端。关于确立皇位继承人的争论兴起时，当时的重臣名流们都认为按照长幼顺序确立太子是天经地义的，纷纷上书请求尽早确立太子。这是理所当然的道理，谏言者的无功可居，听到的人也不能将此指认为罪错。然而，皇帝认为他们是有意拥护太子是期待将来能因此获得富贵，所以对于群臣上书谈论这个事情很不高兴，当然即使他们不谈论，皇帝也不会主动去做。假如他们请求的这件事当时就得到皇帝批准同意，不仅后来皇帝与儿子之间不会产生隔阂猜忌，而且朝臣们也不会因此事被指责为丧失气节。
当时，大臣们的初次请求未获皇帝允许，再次请求则遭到了皇帝严厉贬谪，此后甚至有多大臣因此被廷杖，皇帝对这些贤良之士非常仇视，极力打击严惩他们。尽管皇帝本性仁慈，内心并无恶意，只是希望平息争论，但这样一来反而引起更多议论。于是，内阁诸辅臣中，只有山阴人王家屏、归德人沈鲤与言官们一道坚持请求，皇帝未予采纳，二人因此被贬归乡里。其余如沈一贯、申时行、王锡爵等人，表面上以调和为名，也未曾没有委婉且坚持地向皇帝提出这些请求，但其实心中也认为言官们多事。皇帝认为这些大臣鼓动舆论，内阁也以同样理由指责他们。然而，言官们的进言忠言逆耳，而调和者们的言辞则显得甜美好听，于是皇帝就将言官们视作不怀好意的结党之人。
申时行性情宽和，他所贬黜的人不久就会被重新起用，而沈一贯则仗权好胜，被他贬黜的人虽然离开了官场，名声反而更高，东林党人的名声因此传遍天下，他们的言论被视为公正理性的意见，即便朝廷也常常以他们的看法来衡量是非。东林党成员逐渐增多，其中不乏追求名利、急于求成之人。起初东林党的领袖人物都是君子，后来越来越多的好名之徒、浮躁之人也依附于东林党。由此，关于淮扬巡抚抚李三才的不利舆论就开始兴起。
淮扬巡抚李三才是西安附近之人，年轻时就声名显赫，所到之处都颇有威望，但他虽有才华，却品行不端。当他担任淮扬巡抚时，觊觎更高的职位，广泛结交宾客。这些人每日都在顾宪成身边称赞他，顾宪成因此对他产生了好感，也替他宣扬声誉。那些指责李三才的人，认为他给东林党人带来了污点，李三才便利用权谋之术与那些人针锋相对，朝廷舆论对他的谴责批评也更为强烈，东林党也因此受到很大牵连。
不久，朝廷发生了妖书案，并兴起大狱，清流派大臣因此面临极大的危险。接着发生了“梃击案”，朝廷两党之间的矛盾更加尖锐。所谓“妖书”，是指《续忧危竑议》这本书，无人知晓其真正作者是谁，大致内容是说虽然夺取年纪最大皇子的储君之位很难，但当今世上豪杰如沈一贯（四明人）等人能够辅助此事成功，这似乎是出自清流派大臣之口，目的是为了倾覆沈一贯等人下台。也有人说这是奸人伪造，意图陷害郭正域（明朝大臣）。郭正域当时是清流派大臣领袖，备受内阁忌惮痛恨。当时，皇帝极为震怒，倾尽各种手段对郭正域进行严厉调查，搜查其住所及其身边人，最终未能找到任何证据，于是将此案归咎于皦生光（生员，因经常敲诈官员，被众人集体指认伪妖书作者）并将他下狱，但最终也未能查明真相。
所谓“梃击案”，是指张差手持棍棒闯入太子居住的青宫，声称要向皇帝告发两位宦官，这两位宦官是郑贵妃派遣建造寺庙的人。巡按御史刘廷元上报奏疏称：从张差的表现看，他像是疯癫之人，但其背后动机令人十分怀疑。于是刘光复等人支持张差疯癫的说法，而刑部主事王之采在狱中审讯张差，得出结论认为幕后主使者是郑贵。朝野顿时一片哗然，认为皇亲国戚间竟有像专诸（春秋时期着名刺客）刺杀吴王僚一样的行刺之事发生。郑贵妃也深感恐惧，向皇帝申诉自己的冤屈。皇帝命令她亲自向东宫太子说明情况。郑贵妃看到太子后极力为自己辩解，于是太子上奏请求皇帝出面，在众臣面前为她澄清事实。皇帝与太子都反复向众臣解释此事与郑贵妃无关，最终将那两个宦官及张差定罪，其他人员则不再追究。当张差案发生时，朝廷内外都无法不对郑贵妃产生怀疑，因为此案恰好与郑贵妃身边宦官有关，且他直接闯入太子居所，仿佛是故意安排好的。王之采的奏疏言之凿凿，或许是因为他对两位宦官极度痛恨，所以故意将梃击案栽赃给他们，真实情况也不得而知，而刘廷元等人因此对王之采尤为痛恨。王之采平时品行不端，刘廷元与韩浚等人便借考核之机对他严加处置。因为太子身边的护卫力量薄弱，以至于外人能够轻易闯入，这种情况不能再继续下去，朝臣们都担忧会有意外发生，对太子不利，皇亲国戚的忧虑警惕 ，也是绝对不会少的。然而，因此此事涉及宫禁秘密，难以定案，只能采取像汉朝时田叔烧毁梁王涉案证据那样的调停和稀泥的策略。关于此案持两种不同说法的人相互倾轧，都务必要将对方送到刑罚部门赶尽杀绝，这是何等用心！
此时，两党已经势不两立。万历辛亥年（公元1611年）的京察由孙丕扬主持，曹于汴、汤兆京协助，但他们所处理贬谪的汤宾尹、王绍徽等人，都是攻击东林党之人。王绍徽有清高声望，而汤宾尹则以才华闻名，因此秦聚奎直接指责这次京察不公。到了万历丁巳年（公元1617年）的京察，郑继之主持，徐绍吉、韩浚协助，所处理贬谪的又都是东林党人。当时世人公认的清流派，几乎被一网打尽。那时，叶向高离职，方从哲独自担任内阁首辅，他平庸无能，无所作为，皇帝对于奏疏全都留中不发，不做任何处理，只要言官一弹劾，被弹劾者就会自行离职，不再遵从皇帝的旨意。言官的权势越来越重，形成了齐、楚、浙三派鼎立的局面。齐派以亓诗教、韩浚等人为首，楚派以官应震、吴亮嗣等人为首，浙派以刘廷元、姚宗文等人为首，他们的势力十分嚣张。汤宾尹等人贼暗中操控这些派系，因此还出现了宣党、昆党等不同的党派名称。
所谓“宣党”，指的是汤宾尹，所谓“昆党”，指的是顾天峻。顾天峻、高亢自视甚高，而汤宾尹品行恶劣。万历庚戌年（公元1610年）的科举，如韩敬、钱谦益、王象春、邹之麟等人都有才名，他们急于求富贵，互相嫉妒争斗。邹之麟依附韩敬，想谋求吏部职务未成，于是反过来攻击韩敬。因此，邹之麟、钱谦益都被当时的权贵所压制。礼部主事夏嘉遇最初也曾受到当时权贵的推崇，但他与邹之麟交好，也因此受到了压制。
这时，官军在辽东四路失利的消息传来。赵兴邦当时担任兵部官员，仍然负责主持科学会试，邹之麟、夏嘉遇因此就弹劾他，并牵连到亓诗教。言官们因此联合上疏弹劾夏嘉遇，赵兴邦迅速升任级别较高的朝廷中枢官员，其势力更加嚣张，而朝廷舆论更加愤怒。御史詹世济帮助夏嘉遇攻击赵兴邦，而赵兴邦的势力则逐渐衰退。神宗皇帝驾崩，光宗皇帝即位，首先征召叶向高入朝辅政，内阁大臣刘一燝、朝廷重臣周嘉谟都将征召提拔名流大臣作为首要任务，像邹元标、赵南星、曹于汴等人，都成为选拔官员的吏部高级官员，当时依附东林党的人，就算是闲居田间之人也能成为高官，而齐、楚、浙三派此前掌权的人物，都被贬黜，在万历年间，朝野上下一度认为国家呈现出如同宋朝元佑年间那样繁荣昌盛的局面。
然而，那些依附东林党以求晋升的官僚们，只关心自己的快速升迁，朝廷中新增的高级官员数量众多，已不能满足人们的期望。在赵南星担任吏部尚书期间，高攀龙、杨涟、左光斗等人都担任了御史，魏大中为吏科都给事中，邹维连、夏嘉遇、程国祥等人为吏部司官，他们清廉激进，虽在论事时有些苛刻，但更引起了其他人的敌视。
当时大太监魏忠贤暗中掌握了朝政大权，起初他也曾欣赏这些贤良之士，但因他们的刚直不阿，最后对他们产生了深深的厌恶。周宗建、侯震旸等人相继弹劾魏忠贤和其亲信客氏。客氏是熹宗皇帝的乳母，私下里与魏忠贤保持着夫妻关系。熹宗皇帝对国家事务几乎全然不管，宫中事务全由魏忠贤和客氏掌控。叶向高本打算调解双方矛盾，但东林党人坚决要求将魏忠贤逐出朝廷。杨涟列举魏忠贤二十四项大罪的奏疏上呈，使双方成为不共戴天的仇敌。