俞大猷所率的东路军因山路崎岖，行动困难，未能按期进至赫图阿拉。因不知西路已经失利，仍按原定计划向北开进。

三月初三，逃了100多里的塔克世斥候发现了俞大猷部，于是为全歼俞大猷军，塔克世采取诱其速进，设伏聚歼的打法，事先以主力在阿布达里岗（赫图阿拉南）布置埋伏，另以少数士兵冒充明军，穿着明军衣甲，打着明军旗号，持着刘恩至令箭，诈称刘恩至军已迫近赫图阿拉，要俞大猷速进。

俞大猷信以为真，立即下令轻装急进。

三月初四，俞大猷军从宽奠出发时，后金东边的人民都躲避到深山老林中去了。

俞大猷率军一路上攻占山寨，抓到的人都杀了，一直屠灭了好几个寨子。之后一路向前进军。俞大猷先头部队进至阿布达里岗时，登上阿布达里冈，准备布置战阵，后金军也登上山冈，位置还在俞大猷军之上，而另外派一支军队直奔俞大猷军的西边。

山冈上的后金军自上而下冲击，奋勇攻击俞大猷的军队，俞大猷殊死苦战。俞大猷西边的后金军又从旁边夹击，俞大猷军队支持不住，后金军乘势追击，同俞大猷后续部队二营军队遭遇。来不及布阵，就被后金军追杀，大败，俞大猷带着亲兵残部一路撤退，甚至亲弟、养子被箭射中也没有停下来，好不容易向南冲出十几里，但面前出现的却是一条宽约百米的大河。俞大猷知道自己差不多也就要交代在这里了，于是让士兵把仅有的树木砍了，让李超、监军道康应乾抱着浮木渡河，自己带着最后的400人断后。。

就在一些人开始渡河时候索长阿、包朗阿、宝实带了2000多人追了过来，直接与俞大猷交战起来，俞好歹是战场宿将，一刀一个，一会儿自己就砍杀了十几人，但是自己也受了3处伤。

话说刘恩志战败的消息三月初四晚上，戚继光才收到消息，于是立马通知杨博，并且带兵与俞大猷靠拢，同时命令朝鲜指挥使朴步东带领5000去靠近泷川一益部。

可半路上戚继光就收到了俞大猷部也战败，几乎全军覆没。这时候在沈阳的杨博手上还有一支万人的军队，但是面对刘恩志、俞大猷的战败、支援戚继光上他根本不知道该怎么办，于是耽误了战机。

三月初六，半路上戚继光收到消息宽甸的明军接到了李超、监军道康应乾，俞大猷战败自刎河边。不得已戚继光只能撤军沈阳，而泷川一益军队和朝鲜军汇合后也开始往朝鲜撤，撤退到满浦才停下来

萨尔浒之战以明军的失败、后金军的胜利而告结束。这次战役，明文武将领死亡余190员，军士死亡35870余人，阵失的马、骡、驼共28600余匹。

此战之后，后金军乘势攻占开原、铁岭，征服了叶赫部，酋长扬吉弩、布寨被杀死，余部俱降建州。

兵部尚书杨博兵败之后立即引咎辞职，但被李超当街斩杀于闹市，后李超被锦衣卫捉拿，在戚继光多方游说下，李超被发配去了缅甸都司。

四路大军，两路全军覆没，仅泷川一益一路打赢了，戚继光部没发一弹、没射一箭就撤了，于是那些文官们在战役之后数日对戚继光进行弹劾。五月戚继光被罢免，回山东老家种地当农民了。

不过也有好事传来，2月阿勒坦集结十万骑兵，以其长子辛爱统帅，发动了对明朝边境重镇万全右卫（今河北万全镇）的大规模攻击

万全右卫是明朝宣府西路长城的要冲，在明蒙战争中，它既是遏制蒙古军攻势的战略要地，更数次挫败蒙古军入侵。但阿勒坦竟一次动用了十万精骑的重兵，一旦万全右卫沦陷，阿勒坦此次南侵就将无后顾之忧，不但河北地区会惨遭涂毒，京城安全也将受严重威胁。

战事爆发后，明朝迅速做出反应，兵部尚书急命固原、延绥、宣府、大同、蓟镇五大总兵率精锐驰援，宣府参将马芳在正面迎击蒙古军主力，蓟镇援军从侧翼夹击，大同、延绥、固原三镇精兵于山西天成、阳和地区设伏，意图聚歼蒙古军主力。

而担任正面迎击的马芳，恰是明军战略中的关键棋子，但马芳率一万精兵刚刚赶到万全右卫北面二十里的马莲堡，即与蒙古军侦骑遭遇，继而蒙古军十万主力部队火速扑来，敌众我寡下，有副将建议立刻南撤，与万全右卫守军会合后再战，马芳断然拒绝道：“今敌气势正盛，避之必覆没，唯痛击也。”当即下令全军在马莲堡设防，升起“马”字战旗，与蒙古军针锋相对。此时大同、延绥、固原三镇援军相距遥远，蓟镇援军尚在途中，万全右卫守军兵力单薄，马芳所在的马莲堡，已是彻头彻尾的“绝地”。慑于马芳的威名，蒙古军未敢立刻发起强攻，仅派小股骑兵连续试探，马芳镇定自若，坦然应对，命令部下大张旗鼓，摆出数万精兵坐镇的假象。不明虚实的蒙古军不敢近前，仅用硬弩和土铳不断轰击，双方对峙至下午。这时，年久失修的马莲堡城墙在蒙古军的攻击下又突然坍塌，正当马芳的部将正慌忙修缮城墙时，马芳却断然制止，相反命令全军偃旗息鼓，甚至对蒙古军的骚扰也不再还击，一时间全军摆出了“空城计”的态势。

入夜后，为试探马芳虚实，蒙古军大张旗鼓摆出全面进攻的架势，甚至点起火把彻夜呐喊辱骂，一时间“野烧蚀天，嚣呼达旦”，马芳却不慌不忙，命部下堂而皇之打开马莲堡城门，自己却在军帐里安然静坐，对蒙古军的挑衅充耳不闻。虚虚实实下，蒙古军果然上当，叫嚣整夜，却不敢贸然进攻。“空城计”终为马芳赢得了宝贵的反击时间，次日上午，马芳亲临阵前观察，判定蒙古军正准备撤退，马芳立刻下令全军追击，先命火器齐轰，然后全军出击，明军“喊杀冲突，悍勇不可挡”。

猝不及防的蒙古军再次大溃，不但被马芳追杀数十里，更被赶进了明军早已设伏良久的大同，延绥两镇精兵乘机出动，一路奋勇追杀，“沿途斩首俘获甚重”，阿勒坦再次大败。

此情此景，诚如战后在杨博的奏折中所言：“此役同仇敌忾，追歼逐北，其酣畅淋漓，为九边罕见也。”对马芳，杨博更赞不绝口，称其“以汉李广之智勇，首挫寇之兵锋，当为头功

于是隆庆为了鼓舞士气也是为了奖励有功之臣，任命马芳为宣府总兵官。

之后塔克世想乘着大胜之姿进攻朝鲜，但刚到鸭绿江就见到对面义州挂着张信军的家徽，城头也都是日本军，被张信打怕，打出阴影面积的塔克世只能带兵撤退。转头去了辽阳，准备把他的都城迁到辽阳去。

不过大明朝廷这边可没打算放过塔克世，正在积极备战，准备来年一举干掉建州贼，可是就在这个关键节骨眼上，朝廷收到了最不好的消息，6月李隆的叛军攻破洛阳，8月胡宗宪部在汝州大败