武士们簇拥着那个人来到，众人一看，原来是侍中蔡邕。王允勃然大怒地斥责他说：“董卓是国家的大贼寇，几乎使汉室灭亡。你作为汉臣，世代受到重大恩情，不想着齐心协力去诛杀反贼，反而在这里悲伤悼念？”蔡邕认罪说：“我虽然不聪明，但是还懂得大义；古今的安危之事，耳朵都听厌了。我怎么敢背叛国家而向着董卓呢！那狂乱无知的言辞，是荒谬地从口中说出，我自身虽然不忠诚，但希望能砍掉脑袋和脚，继续完成汉史。”满座的公卿都爱惜蔡邕的才华，竭力挽救他。太傅马日磾对王允说：“蔡邕是世间罕见的杰出人才，非常了解汉朝的事情，应当让他继续完成汉史，这会成为一代重要的典籍。而且蔡邕向来以忠孝着称，如果因为微小的罪过就杀了他，岂不是会失去众人的期望吗？”王允说：“不是这样。昔日汉武帝不杀司马迁，后来让他撰写史书，那些诽谤的文字流传到后世。如今国家的国运最终衰败，兵马在郊外，不能让奸佞之臣拿着笔在幼主身边，这既对圣上的德行没有益处，又会让我们这些人遭受他的讥诮和议论。”马日磾无话可说而退下，对众官员说：“王公这样的所作所为，恐怕不会有好结果啊！善良的人，是国家所要记载的；典章制度的制作，是国家的重要准则。毁灭记载、废弃准则，怎么能长久呢？”这就是马日磾有先见之明。于是就把蔡邕投进监狱缢死了。当时士大夫们听说蔡邕死了，认识和不认识的，都纷纷流泪。蔡邕哭董卓的尸体是他自己不知悔改，杀了他也不算有罪过。
暂且说李傕、郭汜、张济、樊稠一同逃到陕西居住，派人前往长安呈上表章请求赦免。王允说：“董卓的过错罪恶，都是这四人帮助他造成的。可以大赦天下，唯独不赦免这一支军马。”使者回来禀报给李傕。李傕说：“请求赦免得不到允许，那就各自逃生吧。”军中的谋士贾诩说：“诸位如果抛弃军队单独逃走，那么一个亭长就能把你们绑起来。不如召集起陕西的军士，杀入长安，为董公报仇。事情成功了，就尊奉国家来匡正天下；如果不能取胜，再逃走也不迟。”李傕等人说：“对。”于是在凉州散布流言说：“王允想要杀光这地方的人。”人们都相信并顺从。不到半个月，聚集了十万人，军队分为四路，杀向长安而来。在路上遇到董卓的女婿中郎将牛辅，率领五千人，想要去为他的岳父报仇。李傕先让牛辅作为先锋，四人随后陆续出发。
王允听说西凉州的兵马来了，便请吕布商议。吕布说：“司徒放心，估量这些鼠辈，不值得一提！”于是带领李肃率兵出去迎敌。李肃说：“我愿意率先去讨伐贼人！”吕布命令他领兵前进，正好与牛辅交战。牛辅战败逃走，李肃赢得了一阵。当天夜里二更的时候，牛辅前来劫李肃的营寨。李肃的军队四处乱窜，李肃逃走了三十多里，损失了大半的军队，前来见吕布。吕布大怒说：“你竟敢挫败我的锐气！”立刻斩杀了李肃，把他的头悬挂在军门上。李肃已经死了，三军畏惧吕布的法度，都有了叛变的心。吕布自恃刚猛勇武，经常鞭挞士卒，军心已经涣散。
第二天，吕布进军，牛辅前来迎战。想想牛辅怎么敢和吕布对抗，于是牛辅大败逃走。这天夜里，牛辅叫来心腹之人胡赤儿商议。牛辅说：“我向来知道吕布英勇，肯定不能与他为敌。不如暗中藏好金珠，和亲信随从三五个人，抛弃这失败的军队离开。”胡赤儿答应了。这天夜里，牛辅和胡赤儿以及随行的三个人，各自带着金珠，离开营地逃走。将要渡过一条河时，胡赤儿想要谋取金珠，就杀死了牛辅，拿着他的头来献给吕布。吕布询问起情况缘由，随从的人告发：“胡赤儿谋杀了牛辅，抢夺他的金宝。”吕布发怒，将胡赤儿等人全部诛杀了。
吕布率领军队前进，正好迎上李傕的军马。两军相遇摆开阵势时，吕布看李傕等人就像不存在一样，挺着方天画戟骑着马，直接冲了过来。李傕部下的将士怎么能抵挡得住，李傕的军队大乱，后退五十多里，守住山口，李傕请郭汜、张济、樊稠来商议。李傕说：“吕布勇猛虽然不可抵挡，但智谋不值得忧虑。我率领军队守住山谷口，每天引诱他厮杀。郭将军可以率领军队抄到吕布身后，日夜攻击，效仿彭越骚扰楚国的办法，敲锣就进军，擂鼓就收兵，使吕布两边不能兼顾。张济、樊稠二位却分别率兵两路，直接攻取长安。吕布首尾救援接应不过来，必然会大败。”众人采用了他的计策。
却说吕布率领军队到山下，李傕率领军队挑衅出战。吕布愤怒，冲杀过去，李傕退兵离去。山上弓箭和石头像雨一样落下，吕布的军队不能前进。军阵后面郭汜的军队杀过来。吕布急忙返回，鼓声大振，郭汜的军队已经退去。锣声响起的地方，吕布的军队还没来得及收兵，李傕又来交战。还没来得及对敌，背后郭汜又杀过来。等到吕布返回，擂鼓收兵离去了。有时是半夜，有时或早或晚，郭汜又在背后骚扰捣乱，前面李傕不时地挑衅出战，吕布想要作战却不行。
长安城中飞快地来报告吕布说：“张济、樊稠两路军队杀到城下，没有人能够抵挡。”吕布急忙率领军队返回。背后李傕、郭汜又杀过来，吕布的军队中有很多人投靠顺从李傕、郭汜。因此，吕布失去优势。等到了长安城下，四周的军队，像云一样聚集，像雾一样密集，围住了城池，日夜攻打。吕布只要率领军队冲出去，一声呼喊响起，士兵们都往李傕的军队中去投靠拜见。吕布心里非常忧虑。
围困到了第十天，董卓的部下李蒙、王方在城中把守，献出了城池，四路军队一起涌入。吕布左冲右突，抵挡不住，带领数百名骑兵往青琐门外而去。吕布呼喊王允说：“贼兵势力紧急，实在难以抵挡，请司徒上马，一同出关离去，再想别的好办法。”王允说：“如果承蒙国家社稷的神灵保佑，能够使国家安定，这是我的愿望；如果不能成功，那我就献身来为朝廷而死。年幼的君主依靠我罢了，面临危难苟且偷生，我是不会做的。努力向关东各位诸侯致谢，要以国家为重！”吕布劝说王允，王允宁死也不肯离去。只看见各个城门火焰冲天，吕布抛弃了妻子儿女，带领一百多骑兵飞奔出关，投奔袁术去了。
李傕、郭汜放纵士兵大肆抢掠，放火杀人，奸淫他人的妻子女儿，没有什么坏事不做。太常卿种拂，带领家奴几个人和贼人拼死战斗，被乱箭射死在南宫掖门。韦昭说：“宫中小门，在正门旁边的，叫做左右掖门。”太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀，都为国家的灾难而死。贼兵紧紧围绕内廷非常急迫，近侍请求天子登上宣平门。《三辅黄图》说：“长安都城有十二个门，东边出去向北的第一个门叫宣平门，民间称为东都门。”李傕等人看见天子的华盖，和军士一起高呼万岁。汉献帝倚着城楼问道：“你们不等待奏请，就进入长安，想要干什么？”李傕、郭汜仰着脸上奏说：“董太师是陛下国家的大臣，王允设计谋害而杀了他，我们特意来报仇，不是敢于造反。只要见到王允，我们请求就退兵。”当时王允在皇帝身边听到这话，上奏说：“我本来是为了国家的谋划。事情已经到了这个地步，陛下不可怜惜我，而荒废了国家。我请求下去见这两个贼人，来缓解国家的灾难。”皇帝徘徊不忍。王允自己从宣平门下跳出去，大声呼喊说：“王允在这里！”李傕拔剑走近呵斥他说：“董太师有什么罪恶，你设计谋害他？”王允说：“董贼的罪恶，充满天地，不可胜数。他被诛杀的那天，长安的士人百姓都相互庆贺，怎么能说没有罪呢？”郭汜大怒说：“董太师有罪，我们有什么过错罪恶，不被赦免呢？”两个贼人动手，在楼下把王允杀了。史官有诗赞说：
王允运机筹，奸臣董卓休。心怀家国恨，眉锁庙堂愁。
英气连霄汉，忠诚贯斗牛。至今魂与魄，犹绕凤凰楼。
宋贤有诗称赞王允说：
屈膝家妓为汉君，宣平楼下毁奸臣。
可怜定国安邦志，血污锋铓哭万民。妓，平声。
后来有人哭王允时作诗说：
历睹兴亡事，无如汉献时。虽居宫阙内，好似棘荆围。
董卓持权日，生灵欲倒颓。貂蝉思报效，王允立朝仪。
天意无私曲，忠奸如槿枝。何期贼李、郭，兵犯凤凰池。