魏忠贤得到谷国栋的疏章后，压下不上奏，乘天启帝看戏淫乐时，命阉党干将崔呈秀摘录疏章中“跪拜起立，如傀儡登场耳。”一句，给谷国栋加上谤议圣上的罪名，立即假传圣旨，命刑部将谷国栋逮捕入狱。谷宪政从宫中的朋友那里得到消息后，迅速告诉父亲，全家人都劝他马上弃官去苏州暂时避难。谷国栋气愤地说：“大丈夫做事光明磊落，我的疏章中，字字诤言，句句真理，忠贞之心，可表天下。我行得端，坐得正，不怕阉党以莫须有的罪名加害于我们东林党人！”他对儿子谷宪政说：“邢部要是派人拘捕我，你就把我的手书给他。他们见了我的手书，就会自己走的。”
第二天，邢部的许显纯果然来谷府拘捕谷国栋，儿子把父亲的手书给许显纯，他折开一看，是一本申诉的《谢恩折》。阉党干将许显纯原来在户部时，与谷国栋就有仇，这次正好借机报私仇。他根本不看谷国栋的手书，恶狠狠地说：“你们东林党人的死期到了，魏总管的命令，谁敢违抗！”此时，谷国栋从容不迫地从书房中走出来，大义凛然地怒斥许显纯：“你们这帮阉党鼠辈，都是蒙蔽圣上的乱臣贼子，怎么能与我们东林党人相提并论！”他昂首阔步地走上了刑部的囚车。
刑部的囚车把铁骨铮铮的谷国栋带走后，谷宪政在父亲的书房那张红木书桌上发现了他留下的遗书。他在遗书中嘱咐，不要冒险去营救他，他要以死与阉党抗争，以唤醒皇上和后人。又嘱咐儿子，满清是明朝的心腹大患，希望他能像当年谷家抗击倭寇一样，也能组织义军去辽东前线抗击满清掠夺侵犯中原百姓。
幸好谷宪政早已有所准备，制定了一个应急预案，他事先已把谷家能够调集的兵马都集结到京郊香山母亲李秀英家的老宅待命。为了防止阉党不经审讯就暗杀父亲，谷宪政当天就采取行动，他叫大管家去刑部的朋友那里打点，买通了一名狱卒做内应，待到深夜月黑风劲的时候，率领一支精干的队伍去劫狱。谷宪政吩咐谷玉负责避开阉党耳目，带领李秀英、小娇、天赐和部分家人先行到香山老宅住下，等他把父亲营救出狱，再一同前往苏州老家避难。
阉党干将许显纯迫不及待地立即提审谷国栋，滥施酷刑，严刑拷打。谷国栋义正辞严地斥责阉党乱国殃民，蒙蔽圣上。许显纯要谷国栋招认谤议圣上是傀儡，纠集东林党人企图谋反。谷国栋只高呼“苍天在上”，半句也不招认。谷国栋痛骂魏忠贤乱朝误国，要阉党把他的《日讲经筵疏》全文公诸于众，不要断章取义，摘录片言只语，滥加莫须有罪名，谄害忠良。可怜谷国栋被打得皮开肉绽，五指并裂，但他宁死不屈，并无半句供词。
谷宪政事先已经托人买通的那名狱卒叫林勇。林勇见谷国栋受尽酷刑，伤痕累累，也十分同情，便取来伤药为他疗伤。谷国栋已经抱定了宁死不屈的决心，他要来了笔墨，拖着遍体鳞伤的身躯，艰难地提笔在墙上题诗：阉党乱国罪孽深，众志成城除奸臣。虽死犹生垂千古，丹心留取照后人。
那天夜里，阴云密布，伸手不见五指，谷宪政按原定的计划，带领一支精干的敢死队摸进了刑部大牢，那名狱卒事先已将值班的其他狱卒用迷魂药熏得昏睡了。谷宪政亲自带领几名武艺高强的家丁，进得狱中，砸碎枷锁，背起气息奄奄的父亲就冲出牢房。他们顺利地出了刑部大牢，只是在牢狱外围遇到了一小股巡逻队，他们轻而易举地就把这些巡逻的狱卒解决了。那名叫林勇的狱卒，对东林党人十分同情，也一起随同谷宪政的队伍撤到了香山。谷宪政到香山后，一边吩咐随队的伤科医生给父亲治疗，一边带领父母妻儿和家人，连夜离开北京。他们先从陆路来到天津卫，再乘坐早已等候在那里的谷家外贸船队，从海路来到苏州。
谷宪政到达苏州后，立即把父母妻儿和家人按排到太湖中的一个秘密小岛住下，他和谷玉则住在苏州城里打听消息。他听说锦衣卫缇骑去苏州逮捕高攀龙时，高攀龙事前已得到了消息，等缇骑赶到他家，他已写下遗书后，投入自家后花园的荷花池中自缢身亡了。还有赵南星、周起元、周宗建、和黄素遵，都不愿受阉党酷刑，在半途上纷纷自杀身亡，锦衣卫绮骑只得空手而回。
那天谷宪政和谷玉正好遇见魏忠贤派遣的锦衣卫缇骑前来苏州逮捕前员外郎周顺昌。员外郎周顺昌在苏州名望极高，此时他已被罢官闲居在家，坊中父老十分敬重他。市民见锦衣卫缇骑要逮捕员外郎周顺昌，群情激愤，责问锦衣卫缇骑：“周公顺昌，犯了什么皇法，你们锦衣卫缇骑要逮捕他进京？”那些狐假虎威的缇骑瞪着狗眼吼道：“你们这些平头百姓知道什么！宫廷魏大总管的命令，谁敢阻拦？”市民一听是阉党魏忠贤假传圣旨来逮捕周公的，纷纷抗议道：“我们以为是皇上的圣旨，原来是阉党魏忠贤，捏造罪名，假传圣旨！”市民们义愤填膺，一呼百应，一下聚集达数万之众，他们个个摩拳擦掌，要打这班蛮横凶恶，触犯众怒的锦衣卫缇骑。
谷宪政和谷玉也加入了苏州市民反对阉党的滚滚怒潮之中。他们看到众人里面最为激烈的有五人，他们就是后来被阉党杀害的五位志士仁人：颜佩韦、杨念如、沈扬，周文元和马杰。谷宪政和谷玉见他们五人登高振臂高呼：“今天来逮捕周公顺昌的是魏忠贤的阉党派来的锦衣卫缇骑，我们快把这些狗仗人势，穷凶极恶的阉党走卒打个痛快，也算是为吴中父老出口气！”呼声未绝，万人响应，你一拳我一脚地立刻打死了两个缇骑。有一个缇骑躲进了厕所，被众人拖出来，打得血流满面，气绝身亡。还有一个缇骑想跳墙逃脱，失足跌伤，被众人扔进了枯井中。只有两个缇骑身受重伤，逃得性命，连滚带爬地跑到苏州巡抚毛一鹭衙门里躲藏起来。这个毛一鹭也是阉党的忠实走狗，听说魏忠贤派来的缇骑被打死打伤多人，正要派兵前去镇压。数万市民已经赶到巡抚衙门，毛一鹭见人多势众，赶紧令兵丁把抚署大门关上。愤怒的市民奋起推掇抚署大门，只听轰隆一声，大门被众人推倒。数万市民一齐拥进了抚署衙门，吓得毛一鹭钻进了厕所躲藏起来。众人愤慨地抗议半天，见寻不到毛一鹭，大家才慢慢地散去。
苏州的一些有名望的士绅，晓得打死了阉党的缇骑，这件事闹大了，于是由他们出头，聚集了三四百名士绅，每人手中各执一柱香，一齐跪在毛一鹭的抚署前，要求毛一鹭上疏代周顺昌辨白，还要他把苏州市民们殴打缇骑的事件，证明是缇骑蛮横，触犯了众怒。毛一鹭听衙门外人声嘈杂，吓得浑身发抖，躲进了暖阁。抚署幕僚徐芝泉将他从暖阁中拖出来，说：“衙门外跪着的都是苏州有名望的士绅来求你的，你为什么这般害怕？”毛一鹭没办法，只好壮着胆子出来见众士绅：“列位暂且散去，周老员外的事，由我一人承当就是。”众士绅见毛一鹭答应了，才各自散去。
苏州的士绅哪里晓得这个毛一鹭是一个口是心非、贪赃枉法的狗官，他连夜秘密逮捕了周顺昌，立即用重枷押送进京，连官职也不要，就逃之夭夭了。等到苏州市民得到消息，早已追赶不及了。毛一鹭进京后，将周顺昌交给刑部，并诬告苏州市民都反了。许显纯当即通报魏忠贤，魏忠贤又命许显纯严刑审讯李应升和周顺昌两人。周顺昌被拷打得五指臂肉迸裂，他始终闭目咬牙，一声不吭。李应升高呼“苍天有眼”，半句也不招供。许显纯没办法，私下命狱卒，用生漆黄炭和在饭菜中，吃后都变成了哑巴，任由许显纯捏造供词。阉党诬陷周顺昌纠集暴民，抗击天使；李应升则被加了一个诽谤圣上的罪名，两人都判腰斩。又派缇骑去苏州逮捕颜佩韦、杨如念、沈杨、周文元、马杰五人，一并斩首。
周李两公和五位壮士就义那天，谷宪政和谷玉也去了刑场。但见天昏地暗，市民的哭泣声震动山野，悲惨的情景，真是目不忍睹！后人称周顺昌、李应升、高攀龙、赵南星、黄遵素、周宗建、周起元，为冤狱中的七君子，与前面的冤狱六君子，都是东林党人与阉党生死斗争的无畏志士，彪炳史册，为后人所敬佩。
谷国栋老夫妇和媳妇小娇、孙子天赐在太湖的一个秘密的小岛上过着桃花源般、与世隔绝的宁静生活，谷宪政和谷玉则频繁地往来于苏州和太湖小岛之间。谷宪政给家人讲述了苏州数万市民怒打阉党派去逮捕周顺昌的锦衣卫缇骑事件，以及七君子在狱中壮烈牺牲的情景。谷国栋听后痛惜道：“周公顺昌与我是同乡好友，又是生死之交。七君子都曾与我共事多年，个个都是东林党的核心人士。现在他们一个个都离我而去，阴阳隔绝，真让我痛不欲生。”
妻子李秀英劝慰道：“这都要归罪于那个昏君天启帝，要不是他宠信和纵容魏忠贤和客氏乱朝误国，东林党人还不至于落到被阉党大肆杀戳，任人宰割的地步。”儿子谷宪政也劝勉道：“东林党人吃亏就吃在对这个目不识丁的荒唐皇帝朱由校太过忠心耿耿，简直到了愚昧无知的程度！你想，一个国家的命运，百姓的安危，怎么能寄托在这么一个昏庸腐败的皇帝身上。”小娇说：“俗话说‘吃一堑，长一智’，‘留得青山在，不怕没柴烧’，以后东林党还要靠像父亲这样的铁骨铮铮的忠贞志士呢。”一家人的劝勉，使谷国栋树立了重新站起来的勇气和信心，他在岛上安心养病，以图东山再起。
金磊说：“东林党人反对宦官专权误国的斗争得到了城市市民的积极响应和支持，城市市民已经是反封建专制的一支重要力量。可惜的是，中国城市市民反对封建的斗争没有正确的引导，进而发展到像西欧的一些城市那样，城市市民奋起与封建领主斗争，争取公民权利，纷纷建立城市自治共和国。”邢姬说：“应该说，中国百姓受孔教的封建思想束缚太深，没有一次深刻的反封建的思想解放运动，是不可能有资产阶级的城市共和国的。”谷宗义十分赞同他们的观点：“照此下去，中国还要经历一段漫长的封建社会的痛苦煎熬，甚至还会挨西方列强的痛打。”