之后随军讨伐黄巾别帅，大胜。与左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁等受降黄巾贼几十万人。

在贼中得到中常侍张让宾客的书信，与黄巾来往，王允彻底揭发其奸情，报告了朝廷。

灵帝发怒，责斥张让，张让叩头请罪，灵帝居然没有治他的罪。张让却怀恨在心，因事中伤王允，第二年，逮捕入狱。遇着大赦，仍为刺史。仅仅十天，又因他罪被捕。

司徒杨赐认为王允德行高，不想使他经受痛苦侮辱，于是派宾客告诉他说：“君因张让的事，一月再次征召，凶祸不可估量，你应当深思熟虑。”又有各从事好气决勇的，都流着眼泪奉药与王允，教王允以死明志，免受张让折辱。

王允厉声说：“我为人臣，犯了皇上的罪，应当服极刑以谢天下，难道可以饮药求死吗?”投杯起身，径上囚车。既至廷尉，左右的人都催促处理其事，朝臣没有不叹息的。

为救王允性命，大将军何进、太尉袁隗、司徒杨赐联盟上书请说：“人君内视反听，有自知之明，忠臣就竭诚以事皇上，对贤者宽其小过，奖励他的才能，义士就更加严格要求自己。所以孝文皇帝采纳了冯唐的意见，晋悼公原宥了魏绛的罪过。王允是按特选任用的。杀戮叛逆，抚慰归顺，不到一个月，州境扫清。正想列举他的功勋，报请朝廷加爵赏赐，却因奉事不当，应处极刑。责斥轻，处罚重，有失众望。我等位在宰相，不敢默不作声。我们的确认为王允应该蒙三槐之听讼，以明忠贞之心。”奏上皇帝，王允才得以减死论罪。

这年冬天大赦，王允却不在赦宥之内，三公又再次为他说话。到第二年，他才得到获释。这时宦官横暴，朝臣偶有小怨小忿，就要遭到他们害死。

王允怕遭宦官陷害，并不敢回朝复官，于是改名换姓，流浪河内、陈留间。直至灵帝逝世，王允才以奔丧为由回到京师。

“仆射说得对，如今董卓势大，还是稳妥点好！”云汜也说道。

“我自会以大局为重！”王允倒也知晓二人所说是事实，说道。

云汜、士孙瑞见王允说以大局为重，也就不再多说，与王允一同向未央宫前殿走去。

到之后，几人自是各就其位，等待朝会开始。

不一会，董卓与汉帝刘协到位，朝会正式开始。

先是各朝臣综述最近事宜，云汜的述职也算在这部分内。汉帝也就象征性问了一些青州的问题，董卓也没多说，不一会云汜便述职完成了，回到了众臣队列之中。

之后，董卓又吩咐了一些关于不久之后的‘正旦’之事，一切交由李儒打理。

就当众人以为今日事毕时，董卓并没有停下。

“自洛阳迁至长安时，各位舟车劳顿，也是辛苦大家了。不少人在此次迁都中出了力，正好乘此机会，本相给这些人一一封赏！”董卓站在刘协旁边，大声道。

之后，董卓身旁的李儒开始念封赏名单，大多是董卓嫡系，念了一会，竟念到了王允的名字，封王允为温侯，食邑五千户。

“诸位可有异议？”待李儒念完，董卓道。

王允刚想上前说话，就被一旁的士孙瑞拉住了。

王允的这一举动，后面的云汜自然也是看到了，只是离得太远无法阻止，见士孙瑞拉住了王允，也是松了口气。

士孙瑞抓住王允，劝道：“知道司徒不愿受这赏赐，保持谦逊、俭朴，也要取决于合适的时候。天子裂土封爵，是为酬赏有功之臣。您与董太师并位一同受封，而独自坚守高节，这岂是韬光养晦、不露锋芒的方法呢？别忘了之前张让之事！”

王允自是知晓士孙瑞的意思，也就没在说话，接受了董卓的赏赐，受封二千户。