刘裕亲自领着家眷看望王谧，并与之结为儿女亲家。

消息传开后，不少人傻眼了，尤其是想看刘裕笑话的那些人，局势发展的似乎和他们想象的不一样。

流言渐渐平息，朝局也逐渐稳定。

内忧已除，可外患还在。

先是桓玄的儿子桓歆，率领军马进攻历阳，由于刘裕需要坐镇建康，稳定朝局，于是命辅国将军诸葛长民将之击退。

诸葛长民也是当初跟随刘裕、刘毅等人一块举事的，不过当时的计划是，刘裕在京口举兵，刘毅负责控制广陵，由诸葛长民去杀死豫州刺史刁逵，占据历阳。

不过诸葛长民到历阳后，因误了起兵的日子而失败，被刁逵收捕，并以槛车押送到建康。

诸葛长民也是命不该绝，半路上，桓玄弃守建康，西走江陵的消息传到了押送他的士卒耳中。

桓玄已经失败，那诸葛长民自然是就不是造反的逆贼了，于是就把他给放了，并跟随他一起，回攻历阳，斩杀了刺史刁逵。

诸葛长民虽然颇有才干，但品行不端，无乡曲美誉。早年追随桓玄时，就因为贪污而被检肃，他也因此怀恨在心。

诸葛长民先是击退了桓歆的进攻，又同刘敬宣一起，在芍陂又一次将之打败。

桓歆只好率领残余部众，渡过淮河向北逃窜。

这个时候，何无忌、刘道规率军在桑落洲与何澹之作战。

两军交战时，何澹之把自己平日乘坐的豪华战船排在前面，而他则乘坐简陋的小船。想要以此来引诱何无忌的大军，攻打豪华战船，等到人马疲惫时，他则率领军队，趁机偷袭。

何无忌看着江面上的战船，笑着说道：“何澹之一向胆小，不是那种身先士卒的统帅，他把自己的战船放在队伍最前方，必定是想要引诱我们。”

于是命令精锐士卒，攻击这艘豪华战船。船上只不过是一些老弱士卒，难以抵挡，很快就被攻下。

何无忌又命将士在战船上，大声高呼：“已经活捉何澹之了。”

何澹之的军队不明所以，看见主帅的战船被攻下，以为真的被活捉了，因此不少士卒变得慌乱起来。

何澹之站在简陋的小船上，想要安抚军心，何无忌则是率军趁机发起猛烈进攻，大破桓楚军队，并接连攻下湓口和寻阳，将在寻阳的晋室宗庙神主以及武康公主和琅邪王妃褚灵缓送回建康。

刘毅等人率兵自寻阳出发继续进攻桓玄，而桓玄亦率在江陵招募的军队东下迎击。

两军于五月在峥嵘洲相遇，刘毅乘风施以火攻，并派精兵进攻，大败桓玄，令桓玄再度西退江陵，郭铨亦向刘毅投降。

桓玄逃回江陵后，因畏惧刘毅兵锋，遂弃城西走入蜀地，而江陵被荆州别驾王康产等人控制，等待义军到来。

桓玄逃跑到益州没多久，便被督护冯迁所杀害，义军中的人都认为大事已成，皆松懈起来，又因大风，各军都未及到达江陵。

恒玄宗族毕竟经营荆州多年，势力根深蒂固，他的堂侄桓振，率领新招募的士卒，趁机袭取江陵，并劫夺了晋安帝。

何无忌等人得知这个消息后，大惊失色，督促军队加速前进，威逼江陵。

将领骄狂，士卒疲倦，大军在城下为桓振所败。

无奈之下，刘毅唯有率诸军退屯寻阳。

刘毅也因此被免官，但不久就再受命督何无忌等攻打桓振，并进至夏口。