之后，联军们就开始下令围城，但他们攻了三次都是无功而还，而特洛伊人也不敢贸然出城进攻，联军见状，只得先侵占附近的城邦，比如忒涅多斯岛、莱斯博斯岛、佩达斯城、吕尔奈斯城……不久，彼奥提亚地区的忒拜（底比斯城)也被联军占领，此城的城主还是特洛伊王子统帅赫克托尔的岳父，由于之前赫克托尔用长矛射杀了联军的英雄普罗忒西拉奥斯，所以阿喀琉斯一天之内，就杀了赫克托尔的妻子，安德罗马克的七位弟兄，并俘虏了阿波罗祭师克律塞斯的女儿克律塞伊斯及布里塞斯，后来，阿喀琉斯又把克律塞伊斯，送给了联军首领阿伽门侬。
之后，如预言一般，在围城的这九年内，联军中很多英雄好汉都在无情的战争中战死沙场，其中就包括最有见识的帕拉墨得斯，这九年中，他对联军作出了无数的贡献，可是奥德修斯出于嫉妒之心，再加上之前是帕拉墨得斯揭穿了奥德修斯装疯的诡计，所以奥德修斯就趁着帕拉墨得斯想议和之时诬陷他，奥德修斯将不少黄金藏在他的帐篷，并四下流言他已被特洛伊国王普里阿摩斯给收买了，很多人渐渐就开始相信了此事，另外，奥德修斯又伪造了不少的文书，联军首领阿伽门侬得到了这些文书后，便召集所有领袖来到帐篷，这自然也包括了帕拉墨得斯，帕拉墨得斯当时是百辞莫辩，最后他被判钉上锁链用石头砸死，帕拉墨得斯求饶无果后，就在海边被处死了，起初，阿伽门侬甚至都不允许有人埋葬帕拉墨得斯的尸体，然而，大埃阿斯不相信帕拉墨得斯会背叛众人，所以就安葬了他。
这一天，终于是到了围城的第十年，不久，阿波罗的祭司克律塞斯便来到了联盟军中，恳求阿伽门侬释放其女克律塞伊斯，并表示愿意拿出大量的赎金，可联军首领阿伽门侬就是不许，又骂走了祭司克律塞斯，克律塞斯无奈，只得向太阳神阿波罗控诉，于是，阿波罗便降下神迹，令希腊联军患上瘟疫，到了第十天的军中大会，阿喀琉斯要求卡尔卡斯当着众人揭示神为什么发怒？预言家卡尔卡斯之前得到了阿喀琉斯的承诺保护，便和盘托出了事情的原委，之后，阿喀琉斯就要求阿伽门侬赶紧归还克律塞伊斯，阿伽门侬闻言大怒，但在众目睽睽之下也只得遵从此事，然而这之后，他却要求要得到更多的奖金及军功，并要将阿喀琉斯、奥德修斯及大埃阿斯的那份也夺过来，阿喀琉斯闻言，就威胁说自己马上回家去，阿伽门侬却不屑的说，要将阿喀琉斯的女奴布里塞斯夺来，阿喀琉斯被他激起，欲举剑杀了阿伽门侬，此时，幸好智慧女神雅典娜及时出现并止住了他，因为这两个人对于天后赫拉来说，都是很重要的，之后，雅典娜就告诉阿喀琉斯，阿伽门侬不久就要会为自己的狂言而付出代价，于是，阿喀琉斯就怒气冲冲地和自己的朋友帕特罗克洛斯先回帐篷去。之后，奥德修斯就将克律塞伊斯带往了埃提翁城，并将她归还给了她的父亲、阿波罗的祭司克律塞斯。
就当奥德修斯要离开之时，联军首领阿伽门侬还真的就派传令官塔尔提比奥斯，以及欧律巴忒斯去捉拿阿喀琉斯的女奴布里塞斯，阿喀琉斯知道一切都只是阿伽门侬的主意，可他势单力微，只能让他们带走自己心爱的女奴布里塞斯，阿喀琉斯伤心欲绝，随后便向住在大海的母亲忒提斯哭诉，海洋女神忒提斯听闻此事后，便答应会向宙斯投诉阿伽门侬的无礼行为，并降罪于他，不过由于当时宙斯正巧去了埃塞俄比亚人那里赴宴，因此要十二天后才能回来，而从这天起，阿喀琉斯就一直留在帐篷里，不再参与任何战事。
到了第十二天，宙斯终于是回到了奥林巴斯山，忒提斯则立刻前往并乞求宙斯，在阿伽门侬未向阿喀琉斯道歉之前，先让特洛伊人获得胜利，尽管宙斯知道这事会惹得天后赫拉生气，但念在忒提斯在众神欲推翻宙斯之时，曾叫来百手巨人布里阿瑞奥斯帮过自己，于是宙斯就答应会如她所愿。不久，宙斯就派睡神许普诺斯去给阿伽门侬托梦，让他以为神已预兆到破城在即，阿伽门侬梦醒之后，立即就召集起所有的将士英雄，之后，他又在广场上试探大家的意欲，并向大家宣布马上就可以回家去了，大家闻言，都欣喜若狂的将船推到了海边，赫拉担心阿伽门侬弄假成真，于是就派雅典娜去严正地告诉奥德修斯要阻止住众人，奥德修斯得了神谕，立刻就取来了阿伽门侬那象征最高权力的权杖，并命令众人立刻回到广场，最后大家都一一回到了广场，并从喧闹又恢复到了平静，最后就只有忒尔西忒斯一人继续在那叫嚣，他勇敢地站了出来开始反对众王，并尤其是反对阿伽门侬以及阿喀琉斯，在广场上，他甚至还辱骂阿伽门侬自私无胆。奥德修斯见状，立刻就走到他的面前，并警告他住口，随后又用权杖去打忒尔西忒斯，之后，奥德修斯又出言重新鼓舞了联军，而军队在向宙斯献祭之后，也开始向特洛伊城进攻，然而，他们却不知道，宙斯已拒绝了他们的献祭。
不久，神王的使者伊里斯就变成特洛伊国王普里阿摩斯儿子波吕忒斯的样子，来向特洛伊人通报敌军正在逼近，特洛伊人闻言，也列队走出了城准备迎敌，而就在两军对峙时，惹祸精帕里斯竟从特洛伊军中走了出来，并示意要跟墨涅拉奥斯单挑，斯巴达国王墨涅拉奥斯闻言，立刻就亢奋了起来，他觉得自己终于是可以亲手报仇了。但王子帕里斯一看到墨涅拉奥斯那亢奋的样子，怕得立刻就缩在了朋友的旁边，特洛伊国王的长子——赫克托尔见状，就责骂他是个胆小鬼，又指责他乃是战争的罪魁祸首，帕里斯闻言只得硬著头皮迎战，于是，两军都停息静气，准备看二人决斗！此时，斯巴达国王墨涅拉奥斯又要求斯巴达国王普里阿摩斯能亲自见证这场决斗，同时，彩虹女神伊里斯化作了普里阿摩斯女儿拉奥狄克的样子，来叫海伦登上斯开亚门的塔楼一同观战，之后，特洛伊国王普里阿摩斯与联军首领阿伽门侬、奥德修斯等，一一向众神作了献祭，又立誓会遵守条约后，就回到了塔楼之上，因为他实在是不忍近距离的，看到任意一方的死亡。
决斗开始后，特洛伊王子帕里斯先向墨涅拉奥斯掷出长矛，最后，他的长矛射中了墨涅拉奥斯的盾牌，却并没有穿过它，而当墨涅拉奥斯掷矛之时，那长矛竟穿过了帕里斯的盾牌及铠甲，也幸得帕里斯反应快，赶紧跳到一边，躲过了致命一击。随后，墨涅拉奥斯又持剑上前攻击，但由于他用力太猛，那剑竟断为了四节，墨涅拉奥斯见状，忙徒手去抓帕里斯，并成功的把帕里斯拖往联军之中，帕里斯被其抓的已透不过气来，此时，拿到金苹果的爱情女神阿芙罗狄忒竟突然出现，并出手帮助了帕里斯，她使用法术一下就割断了帕里斯的头盔，使得墨涅拉奥斯的手中就只剩下一个头盔，随后她又用浓雾法术遮住了墨涅拉奥斯，并伺机将帕里斯摄回了特洛伊城中。斯巴达国王墨涅拉奥斯顿时大怒，而阿伽门侬见女神出手了，也不得不先宣布墨涅拉奥斯获得了胜利，之后，他又要求特洛伊军赶紧交纳贡赋，但此举却得不到任何的回应。
这时，天后赫拉又要求宙斯，派出雅典娜去挑动特洛伊人毁约，宙斯闻言，只能不得不顺从天后之言，于是，雅典娜化身为特洛伊长老安忒诺尔的儿子拉奥多科斯，并走到特洛伊将军、第一射手潘达罗斯的面前，又说服他用暗箭射死墨涅拉奥斯，潘得罗斯被女神说服后，立刻就发了箭，但雅典娜却又刻意让那箭只射进墨涅拉奥斯的肌肤，并没有造成大碍，之后联军的军医玛卡翁就赶紧在墨涅拉奥斯的伤口上，先撒了些药粉以止住流血，而特洛伊的大军却趁机是大举进攻，由于指挥希腊联军的是智慧女神雅典娜，而指挥特洛伊军的却是战神阿瑞斯，所以联军势如破竹，之后，阿波罗又告诉特洛伊人，那位阿喀琉斯并不在联盟军中，想鼓舞特洛伊人的士气。
但此时雅典娜女神立刻施法使阿尔戈斯的国王狄奥墨得斯获得了无尽的力量，特洛伊的神箭手潘达罗斯见状，就忙向狄奥墨得斯发射暗箭，此箭虽是射中了阿尔戈斯的国王，但却没能要了狄奥墨得斯的性命，潘达罗斯误以为狄奥墨得斯已经身亡，却不料狄奥墨得斯已叫来斯忒涅洛斯来帮他拔箭，之后，阿尔戈斯国王又肯求雅典娜能替他报仇。于是，雅典娜女神再一次赋予了他无尽的力气，竟使他在乱军中打伤了爱情女神——阿芙罗狄忒。特洛伊的英雄、阿芙罗狄忒之子——埃涅阿斯见状，忙叫上潘达罗斯一同击退了暴走中的狄奥墨得斯。但狄奥墨得斯却乘机掷矛刺死了特洛伊的神箭手潘达罗斯，埃涅阿斯忙上前欲保护潘达罗斯的尸首，随后，狄奥墨得斯又向埃阿涅斯掷出大石，也幸得爱情女神阿芙罗狄忒出手保护了自己的孩子，之后，狄奥墨得斯再次追上女神并刺伤了她，阿芙罗狄忒受了重伤，只得独自退走并留下了埃阿涅斯，随后，狄奥墨得斯又再次杀向埃阿涅斯，但他三次猛烈的进攻，都被太阳晒阿波罗一一挡回，当他第四次进攻时，又被阿波罗以法术喝退。
阿波罗喝退了狄奥墨得斯之后，便把埃阿涅斯带到了他在特洛伊的神庙之中，随后，阿波罗又闯造了一个替身放在了战场之上，不过狄奥墨得斯受到女神赐福之后，实在是太猛了，于是，阿波罗又叫战神阿瑞斯去制服狄奥墨得斯，于是，阿瑞斯就与色雷斯地区的英雄阿卡玛斯一同前去鼓舞特洛伊众人，另一边，埃阿斯兄弟、奥德修斯以及狄奥墨得斯则指挥希腊联军乘势冲杀，然而本来还锐不可当的希腊联军，这次却被特洛伊人杀得连连后退。并且在战斗之中，联军的英雄波勒摩斯竟被宙斯儿子、披着铜甲的萨尔佩冬用长矛给刺死了，不过，萨尔佩冬也因腰伤而被拖走。天后赫拉和智慧女神雅典娜见此情况，知道大事不好，于是，雅典娜女神立刻变身为英雄斯滕托尔，并开始用法术鼓舞起希腊联军，接着女神又对狄奥墨得斯说，有我在，不要惧怕对神作出攻击会获得什么不好的结果，之后更是劝他一定要抓住机会击败战神阿瑞斯，接着，雅典娜便趁阿瑞斯杀死英雄佩里法斯之时，施展法术令阿瑞斯看不到她和狄奥墨得斯，然后两人快速走到他附近，并对阿瑞斯作出了猛烈的攻击，希腊战神阿瑞斯受了重伤后，立刻就回到了奥林匹斯山，去向宙斯告状，宙斯也忙派神医派翁赶紧治好了阿瑞斯，又说服阿瑞斯，让他重回战场。
到了第二天早晨，宙斯召集众神并警告他们，这天绝不可帮助任何一边，接着，他就乘着马车来到了伊达山的山顶观战，这日的战争无比的激烈，一直持续到了中午，此时宙斯又拿出了天秤，只见属于特洛伊人的一边高高而举，而希腊联军的一边则倾到了地面，于是，宙斯便施法令雷声作响，希腊联军见状，只能先全体撤退，但皮洛斯国王涅斯托尔却坚持要留在战场上，特洛伊王子帕里斯乘机就射伤了其战马的眼睛，于是，涅斯托尔的战马立即就变得不受控制，此时，特洛伊国王的长子赫克托尔立刻赶到战场，并举剑要杀了涅斯托尔，也幸好狄奥墨得斯及时赶到，并把涅斯托尔连忙拉上了自己的战车，接着，他自己就去迎战赫克托尔，之后，他巧妙的刺中了赫克托尔的驭者，使其马车不受控制。
特洛伊的英雄阿尔克普托勒摩斯见状，立刻就登上了特洛伊王子的战车，以代替那位驭者，而天神宙斯也以闪电投向狄奥墨得斯的马前，战马吓得乱窜，涅斯托尔见状，忙劝狄奥墨得斯先离开战场，因为神王宙斯并不想见到他的胜利，狄奥墨得斯立刻就听从了涅斯托尔的建议，而特洛伊军也急忙是乘胜追击，逃亡路上，特洛伊国王的长子赫克托尔对着狄奥墨得斯拼命的嘲笑，狄奥墨得斯也连续三次想回到战场上，但却都被天上落下的雷电给止住了，涅斯托尔已经明白今日的胜利必将归于特洛伊人，此时，天后赫拉也请求波塞冬能够援助希腊联军，但海神波塞冬却拒绝了她。
最后，特洛伊军一直追至希腊联军大本营的围墙边上，联军首领阿伽门侬只得前往宙斯神坛请求宙斯的帮助，此时，宙斯对希腊联军又起了怜悯之心，于是他就施法为联军带来了一个吉兆，只见一只巨鹰将一只鹿攫起，并精准的投在了宙斯的神坛上面，希腊联军见状，立刻士气大增，当中又以阿尔戈斯国王狄奥墨得斯杀敌最为兴奋，另外，联军英雄特克罗斯还杀死了特洛伊国王普里阿摩斯的儿子戈尔古提翁，以及阿尔克普托勒摩斯，特洛伊国王的长子赫克托尔大怒，忙用巨石打伤了他的肩膀，幸好大埃阿斯来到并掩护他撤退，才使其幸免于难。很快，特洛伊人便由围墙处，攻到了希腊联军停靠在岸上的海船附近，尽管天上的女神们都想帮助希腊联军，但神王宙斯却派出使者伊里斯急忙阻止了她们，并威胁若是不停自己就要动怒了，于是，女神们就都止住了行动，随后，宙斯又对赫拉说出了实情，在阿伽门侬没有主动向阿喀琉斯求好之前，那些特洛伊人还要继续得胜。
入夜后，特洛伊王子兼统帅赫克托尔下令军队今晚就在城外扎营，务求第二天要一举击退希腊联军。到了第二天，尽管希腊联军无不艰苦奋战，但赫克托耳还是率军攻进了希腊联军的壁垒，不久，赫克托耳便消灭了各处抵抗并开始下令放火烧船，希腊联军此时已面临着严重的危机，搞不好就要全军覆没；而就在这个时候，阿喀琉斯的朋友帕特罗克洛斯，决定穿上阿喀琉斯的盔甲代友出战，之后更是带领大家获得了暂时性的胜利，然而，帕特罗克洛斯却在冲击特洛伊城墙的过程中，被赫克托耳给一剑杀死，之后，两军发动鏖战，只为争夺帕特罗克洛斯的尸体，而最后其尸体也终于是被希腊联军抢回，不过，阿喀琉斯的盔甲却被赫克托耳给抢走了，阿喀琉斯听闻好友死讯，悲怆不已，于是，他就决定忘记与阿伽门农的不和，并亲自上阵，杀死那个可恶的赫克托耳。
随着阿喀琉斯与阿伽门农达成了和解，阿喀琉斯又让母亲、海洋女神忒提斯去请火神赫菲斯托斯打造一些装备，之后两军又再度交锋，阿喀琉斯有了神装，率领着希腊军队立刻就击败了特洛伊的军队，到了当天傍晚，阿喀琉斯便杀到了特洛伊城下，并追逐着仇人赫克托耳绕城跑了三圈，最终阿喀琉斯与赫克托耳进行了一场厮杀大战，并成功的杀死了特洛伊的大王子赫克托耳。之后，阿喀琉斯又侮辱地将赫克托耳的尸体，带回了希腊军营之中，并为自己的好友、被赫克托耳杀死的帕特罗克洛斯举行了隆重的葬礼，之后特洛伊国王普里阿摩斯国王为了能顺利取回自己儿子赫克托耳的尸体，便亲自来到希腊军营之中，阿喀琉斯知道此事也并非是由国王引起，于是便同意特洛伊国王带回了长子赫克托耳的尸体。
特洛伊国王的长子、全军统帅、惹祸精帕里斯的哥哥——赫克托耳死后，阿喀琉斯又继续在战场上是大显神威，他先后与阿玛宗（亚马逊)女王彭忒西勒亚，以及黎明女神厄俄斯之子门农进行交战，并连续获得了胜利，但最后他却不幸的被赫克托耳的弟弟，当时被太阳神阿波罗附身的帕里斯，射出的箭射中脚后跟而死，随后，两军又再次为争夺英雄的尸体而战，最终，希腊联军中的英雄大埃阿斯和奥德修斯，还是力战保住了阿喀琉斯的全尸，但阿喀琉斯死后留下的装备，又引起了联军两位主将的争执，最终，奥德修斯凭借出众的口才，获得了阿喀琉斯的装备，而大埃阿斯由于啥也没捞着，羞愧难当，本想杀死奥德修斯以及联盟首领阿伽门农，但最后却被智慧女神雅典娜所知晓、捉弄，大埃阿斯在雅典娜法术的迷惑下，屠杀了希腊联军带来的许多牲畜，最后大埃阿斯感觉自己实在是无地自容，便选择了与赫克托耳交战时获得的宝剑，在海滩上自杀了。
此后，两军又时有交战，但无论哪一方，都无法取得决定性的胜利，不久希腊联军的将领菲罗克忒忒斯，无意间射伤了引起这场战争的罪魁祸首——帕里斯，特洛伊王子帕里斯身负重伤后，对自己此前的所作所为深深的感到无比悔恨，于是他就希望能求得自己妻子的原谅，却未能如愿所偿！最后，帕里斯竟死在了回城的半路之上，帕里斯的妻子在听闻了此消息后，也决定自杀殉葬。之后，希腊联军连日围攻特洛伊城，却久久未能得手，这时，奥德修斯又突然间想出了一招木马计，并希望能通过木马计，毁灭这特洛伊城。过了几天，希腊联军的战舰竟突然扬帆并一一离开了这里，于是，平时喧闹的战场就变得寂静无声，特洛伊人见状，就以为希腊人已撤军回国了，于是，他们跑到城外仔细观看，却发现那海滩上，还留下了一只巨大的木马。
之后，特洛伊人便纷纷惊讶地围住了木马，他们也不知道这木马是干什么用的？有人就说应该把它拉进城里，有的人就建议应该把它烧掉或推到海里，正在这时，有几个牧人碰巧捉住了一位希腊士兵，接着，此人就被绑着去见了特洛伊的国王，后来，这个希腊士兵就告诉国王，这个木马，本是希腊人用来祭祀雅典娜女神的，至于为何会留下此物，是因为希腊人估计特洛伊人会毁掉这木马，这样，就会引起天神的愤怒；但如果特洛伊人要把那木马拉进城里，那么，就会给特洛伊人带来神的赐福，所以，希腊人就把木马造得如此巨大，好使特洛伊人无法拉进城去。特洛伊的国王闻言竟相信了这话，而就在众人准备把木马拉进城中之时，特洛伊的祭司拉奥孔急忙跑来制止，他还要求众人应该把木马烧掉，并拿着长矛试探着刺向那木马，只见那木马竟突然发出可怕的响声，这时，又从海里窜出两条可怕的巨蛇，并快速的扑向了拉奥孔以及他的两个儿子，虽然，拉奥孔和他的儿子拼死与巨蛇搏斗，但最终还被那巨蛇给缠死了，最后，那两条巨蛇又从容不迫地钻到了雅典娜女神的雕像下，立刻消失不见了。
之后，那个希腊人又说“这是因为你们的祭司想毁掉，希腊人献给女神的礼物，所以才受到了雅典娜女神的惩罚。”特洛伊人闻言，就赶紧要把木马往城里拉，但那个木马实在太大了，它甚至比特洛伊的城墙还要高，于是，特洛伊人就只好把城墙拆开了一段，好让木马进城。当天晚上，特洛伊人欢天喜地，开始庆祝这一次的胜利，他们跳着唱着，喝光了一桶又一桶的美酒，直喝到深夜才肯回家休息，接着，每个人都开始做着关于和平的美梦。深夜，城内一片寂静，而那位劝说特洛伊人把木马拉进城的希腊人，其实是个间谍，这时，他又偷偷走到了木马边上，并轻轻地敲了木马三下，这是他们提前约好的暗号。于是，藏在木马中，那些全副武装的希腊战士，便一个又一个地从木马中跳了出来，接着他们又悄悄地摸向了城门，并杀死了正做梦的特洛伊守军，随后他们就迅速的打开了城门，并在城里开始到处点火，此时，隐蔽在附近的大批希腊军队，也如潮水般涌入进特洛伊城中。
就这样，长达十年的特洛伊战争终于是结束了，随后，希腊联军便把特洛伊城掠夺一空，并放火将其烧成了一片灰烬，最后，特洛伊城里的男人大多都被杀死了，而妇女和儿童则大多被卖为奴隶，特洛伊城几代人积累的财宝，都装进了希腊人的战舰，那位第一美女海伦，随后也被她的丈夫、斯巴达国王墨涅依斯带回了希腊。