第二阶段从唐宪宗李纯永贞元年至元和末年(805～820)，是讨伐叛镇的时期。

永贞元年(805)八月，唐宪宗即位，在他祖、父十多年努力之后，中央军力和财力都有了一定基础，他开始执行削藩政策。

元和元年(806)，剑南西川节度使刘辟求兼领三川，因朝廷不许，就发兵攻击东川节度使治所梓州(今四川三台)。宪宗即派高崇文统率神策军出征，很快平定。

同年，还平定夏绥节度使杨惠琳的叛乱。次年，镇海(又名浙西，今江苏镇江)节度使李锜叛变，宪宗调邻道兵徵讨，李锜被部将所杀。

这几次平叛的胜利，使宪宗及主战派大臣增犟了信心。

四年，成德节度使王士真死，其子承宗自为留后，宪宗以宦官吐突承璀领兵讨伐，没有取得胜利，只得暂时妥协，承认承宗继位。