此时长江已经开打，那时，联合船队军江防部队只有千把人，也就是白莲教水军的十分之一。但是，战船要优于白莲教的战船。

白莲教用于渡江的船只，基本上是临时拆用民房的木材建造的，不牢固，而联合船队军则拥有蒙冲、海鰌、车船等多种战船，船体坚固，机动性好，并且攻击力强。

贾雨村按照交战双方的兵力情况和战区的地形，首先对江防作了周密的安排，步兵隐蔽在江岸高地后面，严阵以待，将水军作为主力，部署在江中，凭借水战长技，加以水陆结合，抵御白莲教。

郑家主把水军分为五部分，其中两部分分别防守江岸的东段和西段，为左右两翼，一部分居中，作为主要突击兵力；另两部分荫蔽在港汊中，充当预备队。

白莲教首先中计，被郑家主用草船借箭挡住了几个小时，然后自采石西杨林向南岸进发，百艘金战船绝江而来，70艘先头船已接近岸边。

郑家主沉着指挥，手持双刀奋勇出击，众将士拼死抵抗。水军则用海船猛冲白莲教船队，并施放霹雳炮迷敌眼目。

白莲教都是老百姓，因为不熟悉长江的具体情况，再加上船只的稳定性和机动性差，大部分战船被海船撞沉。

随后，郑家主用借来的箭，组织弓箭手齐射，白莲教纷纷落水，伤亡惨重，但是仍然激战。

当时，正好有300多应天府差役赶到，郑家主授以旗鼓，令其从山后转出，作为疑兵。

白莲教以为联合船队援军赶到，开始撤退。郑家主没有给他们喘息的机会，遣战船截于杨林河口。联合船队水陆配合，大败白莲教，歼敌4000余人，首战告捷。

此后，贾雨村推测白莲教第二天仍将进攻，于是连夜做出部署，将一部战船置于上流，另一部兵力堵截杨林口，封锁白莲教水军船只出江的河口，待机歼敌。

第二天清晨，果然如他所料，再次发起进攻。郑家主带水军上下夹击，先以神臂弓射退，接着，海船横冲直撞，霹雳炮声震如雷，烟雾迷漫。水军再次获胜，并焚毁300艘敌船。

白莲教在采石渡江失败后，率军退至江北。

另一方面，打退江北白莲教后，贾雨村长得如同包青天那样，完全没有甘凤池他们生猛的外表，同时也无“狮子吼功”，因此看到联合船队就不会吓得不敢上前，这么一来，会一拥而上。同时白莲教没有亲眼看到甘凤池的精彩表现，也就不会下退回来的命令，到时候应天府也会在劫难逃了。无论从哪个方面来看，贾雨村都很危险。