葛小伦、彦带领队伍前往极地。刚抵达，就遭遇了强力的能量屏障阻拦。葛小伦和彦合力冲破屏障，却发现里面是一个巨大的能量转换装置。此时敌人出现，双方展开激烈战斗。葛小伦进化后的身体爆发出前所未有的力量，彦也展现出天使的神圣之力。最终，他们成功摧毁装置，敌人见势不妙撤退。超神学院和天使的联军士气大振，继续为保卫地球严阵以待，准备迎接更多未知的挑战。
就在超神学院和天使联军积极备战之时，地球上突然出现许多空间裂缝。从裂缝中传出诡异的能量波动，一些奇形怪状的生物爬了出来。这些生物像是融合了多种种族的特征，实力极为恐怖。
葛小伦等人立刻投入战斗，但发现常规手段很难对其造成伤害。这时，彦提出也许需要找到这些生物诞生的源头才能彻底解决。经过一番探寻，他们发现所有空间裂缝的根源指向一颗遥远星球。
葛小伦当机立断，决定带领一支精英小队前去那颗星球调查。到达星球后，他们发现这里到处都是黑暗的实验设施，原来这是黑暗势力培育新型生物兵器的基地。
正当他们要破坏基地时，基地的防御系统启动，各种致命的攻击袭来。葛小伦挺身而出，以自己的身躯护住队友，同时借助队友的力量发动最强一击，成功摧毁了基地核心。所有空间裂缝消失，那些恐怖生物也随之消散。超神学院和天使联军再一次守护了地球，他们深知保卫地球任重道远，丝毫不敢放松警惕。
就在大家以为可以松口气的时候，地球周围的空间突然扭曲起来。一艘散发着幽冷蓝光的飞船缓缓浮现，船身上刻满了古老而神秘的符文。舱门打开，走出一群身着银色铠甲，眼神冷漠如冰的生物。他们自称是幻族，来自遥远的幻之星域。幻族宣称地球的暗物质影响了他们星系的能量平衡，要求地球交出所有暗物质储备。超神学院众人当然不会答应，战争一触即发。葛小伦尝试与他们沟通，却被对方视为软弱。战斗开始，幻族展现出奇特的能力，他们能制造逼真的幻境迷惑对手。不少超神学院战士被困其中，葛小伦依靠强大的意志力挣脱幻境，他冲向幻族首领。在激烈交锋中，葛小伦发现幻族力量虽强，但依赖一种名为幻晶的能源源物。他通知蔷薇悄悄绕到后方，抢夺幻晶。蔷薇得手后，幻族顿时大乱。超神学院抓住机会全面反攻，最终幻族无奈撤离，地球再次度过危机，而超神学院众人明白，保卫地球的征程永远充满变数。
在幻族离开后，超神学院开始深入研究从幻族夺得的幻晶。琪琳发现幻晶蕴含着独特的空间属性，可以用来强化现有的防御体系。就在众人忙于此项研究时，地球的通讯卫星监测到外太空出现了一组神秘的脉冲信号。这组信号似乎带有某种召唤性质。
葛小伦担心这又是新的敌袭前奏，于是带领几个伙伴乘坐小型飞行器顺着信号来源方向探索。当接近目标区域时，他们看到了一个巨大的星云旋涡，周围环绕着闪耀的晶体碎片。
突然，从旋涡中射出数道牵引光束，直接锁住了他们的飞行器。尽管葛小伦极力抵抗，但还是被拖进了旋涡之中。进入旋涡内部，他们发现这里是一个古老的遗迹，四周布满了类似生物化石般的结构。就在此时，一个空灵的声音回荡在遗迹中：“你们闯入了不该闯入的地方，不过或许你们能成为解开谜题的关键……”众人紧张起来，做好战斗准备，等待着未知的挑战降临。
葛小伦大声回应：“我们无意冒犯，只是追踪信号来到此处。”那空灵声音轻笑：“不管如何，你们既然来了，就得接受考验。”突然，周围的化石结构亮起光芒，化作一个个机械傀儡向他们扑来。葛小伦等人立即反击，可这些傀儡越打越多。琪琳发现这些傀儡由遗迹中的特殊能量驱动，她告诉葛小伦必须找到能量源切断才行。葛小伦一边抵挡傀儡攻击，一边寻找能量源。他发现能量波动在遗迹中心最为强烈，便奋力杀过去。途中，他的伙伴们纷纷施展绝招为他开路。好不容易到达中心，葛小伦发现是一颗巨大的水晶球在释放能量。他集中全力一拳击向水晶球，水晶球破碎，傀儡们瞬间停止动作。那空灵声音再度响起：“恭喜你们通过考验，作为奖励，我将给予你们关于暗物质以及抵御外敌的知识。”随后一道光注入众人脑海。得到新知识后，他们返回地球，利用这些知识进一步提升超神学院的实力，地球的防御也变得更加坚固，众人满怀信心地继续守护地球，准备应对下一轮未知的挑战。
然而，没过多久，地球的上空再次出现异动。一道巨大的黑色裂隙凭空出现，从中涌出滚滚黑烟。伴随着令人毛骨悚然的咆哮声，一只身形如山岳般巨大的恶魔缓缓踏出。它全身燃烧着黑色火焰，散发着毁灭一切的气息。
超神学院众人严阵以待。葛小伦感受到这恶魔强大的压迫力，但毫无惧色，振翅高飞迎上前去。“来吧，不管你是什么东西，休想染指地球！”
恶魔挥舞着巨爪，携带着排山倒海之势拍向葛小伦。葛小伦双臂交叉，硬抗这一击，脚下空气都被震得泛起涟漪。其他战士趁机发动攻击，各种能量射向恶魔。
但恶魔皮糙肉厚，这些攻击仅仅只能稍微阻挡它的脚步。彦看出普通攻击无效，便与葛小伦联手施展出一招超强合击技。耀眼的光芒闪过，恶魔终于受伤怒吼。趁此机会，琪琳瞄准恶魔的眼睛射出特制子弹，正中要害。恶魔痛苦挣扎，最后不甘地退回裂隙之中。超神学院众人望着闭合的裂隙，深知保卫地球的道路依然漫长且艰难。
平静了一段时间后，地球周边突然出现了许多不明飞行物。这些飞行物不同于之前遇到的任何敌人，它们散发着柔和的光芒，并没有主动攻击的迹象。葛小伦等人小心翼翼地靠近观察。当接近时，才发现这些飞行物里住着一种智慧生命，他们自称星灵族，前来地球是因为感应到地球的暗物质波动可能会引发宇宙灾难，希望能协助超神学院一起稳定暗物质。
超神学院众人半信半疑，但还是选择合作。在合作过程中，星灵族展示了他们先进的科技，能精准定位暗物质的不稳定区域。然而，就在双方合作渐入佳境时，突然有部分星灵族露出真面目，原来他们是黑暗势力伪装的，企图趁机夺走地球暗物质。葛小伦愤怒不已，带领众人反击。关键时刻，真正的星灵族赶来相助，与超神学院并肩作战，最终将黑暗势力彻底击败。从此，超神学院多了一个可靠的盟友，继续坚守保卫地球的使命。
在与星灵族建立稳固同盟关系后，超神学院的防御体系越发完善。可平静的日子没过多久，地球各地陆续有人失踪。葛小伦等人展开调查，发现有一种无形的力量在暗中作祟。
他们循着线索追查，竟发现幕后黑手是一种能隐匿于虚空的暗影生物。这种生物不仅善于隐藏，而且能入侵人的思维，控制他们自行走到特定地点而后消失不见。
葛小伦想出一计，他让琪琳利用高精度仪器锁定暗影生物出现时引起的微弱能量波动，自己则和彦设下陷阱。当暗影生物再次现身掳人时，触发了陷阱。众人齐心协力发起攻击，可暗影生物却分裂成无数份逃窜。
葛小伦果断使用新开发的全域扫描技能，找出主脑所在位置。他孤身冲入暗影生物老巢，不顾危险抵挡住四面八方的攻击，一举击碎主脑。所有暗影生物瞬间消散，被掳走的人们也安全归来。超神学院的英雄们再次保卫了地球，他们时刻保持警觉，随时准备迎接下一个挑战。