李建成决定前往仁智宫。还没有走完六十里的路程，李建成便将所属官员全部留下，只带领十多个人骑马前去进见高祖，向父皇伏地叩头，承认罪责，身体猛然用力，自己摔了出去，几乎晕死过去。高祖的怒气仍然没有消除。当天夜里，高祖将他囚禁在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他，派遣司农卿宇文颖速去传召杨文干。因李元吉与宇文颖交好，便让宇文颖告诉杨文干起兵，于是杨文干起兵造反。李渊派遣左武卫将军钱九陇和灵州都督杨师道攻击杨文干。注:参考《新唐书李建成传》

李渊传秦王李世民商议此事，李世民说：“杨文干这小子竟敢做这种狂妄叛逆的勾当，想来他幕府的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如果不是这样，就应当派遣一员将领去讨伐他。”高祖说：“不能这样。杨文干的事情关连着李建成，恐怕响应他的人为数众多。你最好亲自前往，回来以后，我便将你立为太子。我不愿意效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把李建成降为蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够侍奉你，你应该保全他的性命；如果他不肯侍奉你，你要捉拿他也容易啊。”注:参考《新唐书李建成传》

李世民带领军队出发平叛后，李元吉与后宫嫔妃轮番替李建成求情，中书令封德彝又在外朝设法解救李建成。于是，高祖改变了初衷，又让李建成回长安留守。高祖只以他致使兄弟关系不和睦的过错而责备他，将罪责推给了东宫幕僚太子中允王圭、左卫率韦挺和天策上将府兵曹参军杜淹，将他们一并流放到了巂州。注:参考《新唐书李建成传》

武德七年（624年）7月21日，杨文干攻陷宁州，驱赶劫掠官吏与百姓出城，占据了百家堡。秦王世民的军队来到宁州以后，杨文干叛军被击溃。杨文干被自己的部下杀死，他的头颅被传送到长安。宇文颖被李世民所抓，李渊责问宇文颖为何谋反，而后将宇文颖杀了。在《新唐书·卷七十九》中有这样的记载：：故豫文干谋。事败，帝责曰：“朕以文干叛，故遣卿，乃同逆邪？“颖无以对，斩之。

有人劝高祖说：“突厥之所以屡次侵犯关中地区，是由于我们的人口与财富都集中在长安的缘故。如果烧毁长安，不在这里定都，那么胡人的侵犯便会自然平息下来了。”高祖认为有道理，便派遣中书侍郎宇文士及越过终南山，来到樊州、邓州一带，巡视可以居留的地方，准备迁都到那里去。注：在《资治通鉴唐纪七》记载：或说上曰：“突厥所以屡寇关中者，以子女玉帛皆在长安故也。若焚长安而不都，则胡寇自息矣。”上以为然，遣中书侍郎宇文士及逾南山至樊、邓，行可居之地，将徒都之。

太子李建成、齐王李元吉和裴寂都赞成这一策略，萧瑀等人虽然知道不应当如此，却不敢谏阻。秦王世民挺身而出，劝谏道：“北方少数民族为祸中原的情况自古就有。陛下凭着圣明英武，创建新王朝，安定中夏，拥有百万精兵，所向无敌，怎么能因有胡人搅扰边境，便连忙迁都来躲避他们，使举国臣民感到羞辱，让后世来讥笑呢?那霍去病不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况儿臣还愧居藩王之位呢！希望陛下给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，将他逮到宫阙之下。如果到时候不成功，再迁都也为时不晚。”高祖说：“说得好。”李建成却说：“当年樊哙打算率领十万兵马在匈奴人中间纵横驰骋结果失败了，秦王的话该不会是和樊哙的相似吧！”李世民说：“面对的情况各有区别，用兵的方法也不相同。樊哙那小子有什么值得称道的呢！不超过十年，我肯定能够将漠北地区平定下来，并不是凭空妄言啊！”于是，高祖不再迁都。注：《资治通鉴唐纪七》中有这样一段记录，曰：在太子建成、齐王元吉、裴寂皆赞成其策，萧瑀等虽知其不可，而不敢谏。秦王世民谏曰：“戎狄为患，自古有之。陛下以圣武龙兴，光宅中夏，精兵百万，所征无敌，奈何以胡寇扰边，遽迁都以避之，贻四海之羞，为百世之笑乎！彼霍去病汉廷一将，犹志灭匈奴；况臣忝备籓维，愿假数年之期，请系颉利之颈，致之阙下。若其不效，迁都未晚。”上曰：“善。”建成曰：“昔樊哙欲以十万众横行匈奴中，秦王之言得无似之！”世民曰：“形势各异，用兵不同，樊哙小竖，何足道乎！不出十年，必定漠北，非敢虚言也！”上乃止。