邱云岚不由伸手握住了项链上的吊坠，如同握住了一个秘密，心中变得忐忑起来。
“云岚呐，科学的尽头是玄学，生命的尽头不只是死亡，也可能是永生。不要为逝去的而感到难过，未来或许会超出你的想象。”方忠良教授站起身走向门口：“外面的世界属于你们了，而我将属于黑暗与孤独，照顾好自己。”
方忠良教授离开了，只留下邱云岚呆呆地站在原地，心中一片混乱。
在军方的协助下，钟南山中的无根藤很快便被找到，送到了科研小组临时搭建的实验室。经过基因分析，发现这种植物通过根茎裂变是可以进行繁衍的，但是它有一个奇怪的特性，他开花却不结果，只要是折断的藤蔓无论采取何种培育方式都不可能存活下来，所谓的无根，就是断枝无法生根繁衍。科研小组将它的基因提取出来，混合着活性营养液制成试剂，注入结果的树木，那树上原本丰硕的果实很快腐烂脱落。
试验成功后，科研小组将其基础的药剂配方交给军方，让他们批量生产投用，然后就在酒店安心地等待解禁。但张昌利教授却不肯放过他们，向军方提交了申请，要调他们三人参加城市植物的清楚行动，用他的话来说就是“解铃还须系铃人，谁弄的烂摊子还需要谁来收拾。”
随着无根藤药剂的批量投用，城市里所有树木的果实都脱落了，在地上铺了厚厚一层，腐烂的气味弥散在树林里，让人寸步难行，原先盘踞在其中的动物都被熏得逃离了城市，一时间连一只飞鸟的身影都看不到，直到两三个月后气味才散去。
在这期间，科研小组也没歇着，从四个方向推进树木的砍伐工作。他们在柳岸山研发的橙剂中加入了一定比例的黑剂，让城市里高大的树木迅速透水枯死，失去生机，但是却不会像注射黑剂那般腐烂，在树干被砍掉之后，再用黑剂注射树根，让其彻底腐烂，只留下一个巨大的树坑。
出于城市景观的考量，政府并没有将所有变异植物赶尽杀绝，一再向科研小组确认植物不会再发生变异传播之后，在不会影响到城市规划建设的前提下，保留了地理位置特殊且树形较好的植株，比如公园里的银杏，护城河边的核桃树，与大楼合为一体难舍难分的巨型藤蔓等，但总的数量不超过一百株。
邱云岚三人每天跟随伐木队进到城里，对计划要砍伐的树木逐个进行清除，半小时后便在地上留下一个深不见底的黑洞，日复一日向前推进，这个过程如同在赎罪，为他们研究所所犯下的过错赎罪。每每看到那些被树枝摧毁的大楼、那些被树根撑得支离破碎的道路，那些坍塌的桥梁，高高地悬挂在树上的汽车，爬满藤蔓的街边座椅和垃圾箱，三人都百感交集。这座曾经无比繁华的都市，承载了千年历史的文化古城，随着植物的入侵变得人迹罕至，又随着植物的败走变得满目疮痍，成为一片末世般的废土。而这还只是此次植物灾变的一个意外，如果方忠良教授的计划真的得以实施，植物占领世界，那么他们自以为傲的现代科技、人类文明还会剩下什么呢？或许会就此画上句号吧。
到了年底的时候，所有计划砍伐的树木都已经全部砍伐殆尽，有些运出了城市，有些则留在原地，堆放成山，等待后续建设使用，整个城市再次露出了本来面目，变得清晰了很多。与之前人们猜想的不同，这次植物灾变对城市并没有造成难以修复的破坏，经过统计，受损的各类建筑约占总量的十分之三左右，已经是非常幸运的数字了，但是路面、广场、桥梁、河道等基础设置受损却比较严重，基本上要重新建设。好在这些变异的树木在被砍伐后产生了大批量的木材，在国内和国际市场上非常抢手，为城市的复建提供了强有力的资金保障。一场举全市之力修复城池，重启文明的浩荡工程也在年底正式拉开序幕。
邱云岚三人的努力工作实现了自我救赎，也得到了当地政府和人民的原谅，在一次庆功仪式上，他们三人甚至和张昌利教授等众多科学家同台领奖。晚宴上，一名政府官员和邱云岚握手时心情复杂，在他看来，忠良植物研究所造成了这场灾难，而科研小组却悍不畏死拯救了这场灾难，只是两者的功过能否相抵实在不好评判，最终只勉强地说了声谢谢，点点头便急匆匆地走开了。
庆功宴后，三人如同被赦免，完全获得了人身自由，杜晓彤迫不及待地想回家和父母团聚，方宏伟老家并不在BJ，但他放心不下杜晓彤，便也跟着回去了。邱云岚和父母之前已经多次通了电话，他们都催促她快点回去，说新的工作都已经帮她联系好了，当然相亲对象也准备了七八个，留洋博士、富二代、霸道总裁、健身达人应有尽有，真是不给自己这女儿留一点修复心灵的时间呀，所以邱云岚只好再次选择逃避，接受了张昌利教授的邀请，加入他设在本地的一家植物研究所。邱云岚热爱植物，热爱她所从事的科研工作，并不会因为一次波折就放弃自己的理想与信念，所以她选择继续坚持，只不过以后对待科研成果会更加谨慎。
三年后，这座千年古城重新焕发了生机，新修复的街道更为宽敞平整，大楼外立面整洁如新，桥梁、道路、公园、景观等城市基础设施设备更加完善，除了保留下来的那些直冲云霄的变异树种，整座城市再难找到三年前灾变的痕迹。当然，为了铭记这场特殊的浩劫，当地政府建设了一座巨大的博物馆，以便让人们忆苦思甜，感恩今天来之不易的幸福生活，始终保持对科学的严谨态度。
邱云岚有幸被邀请出席了开馆仪式，并作为第一批游客参观了展览。那些埋藏在记忆深处的画面再次被翻了出来，如同一把把利刃扎在胸口，令她心情沉痛。因此，回去的时候邱云岚在中途下了地铁，出了永宁门站便看到宏伟古朴的城墙，在三年前的那场植物灾变中它基本上完整保存了下来，部分被植物根系挤压破坏的墙体现在也得到了修复，基本看不出来。而在围绕城墙修建的护城河公园里却还保留着三棵变异植株，是一棵核桃树、一棵松树、一棵银杏树，当然，三棵树不可能长在一处，而是分散在城墙东西南三个方向。公园里游玩的市民很多，邱云岚图个清静，就准备在核桃树下的水泥台阶上坐一会儿，一个景区管理人员匆忙上前提醒，说是树叶落下来会砸伤人，邱云岚才想起变异后的叶子的确很大，而且很高，砸伤人的可能性还是有的，于是尴尬地笑了笑，急忙起身离开。
在护城河边转了没多长时间天就黑下来了，万盏霓虹灯照映在水面上非常梦幻，邱云岚的心情也好了很多，于是找了一张长椅坐下。看着浮动的水面，左手不由地摸向胸口的吊坠，这是孙刚毅与柳岸山同归于尽后唯一留给她的念想。当年她发现它时触手尚有余温，小心翼翼地打开，里面静静地躺着一颗豌豆，与之前她将它放在里面时别无二致，上面的每一道纹路都昭示着它的与众不同。
邱云岚陷入了迷茫，因为根据她和方忠良教授的理解，孙刚毅是在水潭中被吊坠里的中豆一号寄生然后才会变成与玄武神树一样的存在，从而对抗柳岸山，同样的，在那场焚天大火中他应该与柳岸山一起化为灰烬才对，不可能再留下这颗豌豆。邱云岚想不明白其中的原因，但她却感觉这颗豌豆就像孙刚毅，只要它还在，孙刚毅就会一直陪伴着自己。邱云岚被这种妄想式的执念所纠缠，在接受审查时好几次都几乎将它交出去，但最终忍住了，她在心底发誓要看护好它，即使赔上性命也在所不惜。在此后的三年多时间里，它就那样静静地躺在吊坠中与她形影不离，而空闲时抚摸它也成了她的习惯性动作。
“刚毅，你付出生命守护的这座城市现在恢复得很好，甚至比以前更好了，你的牺牲得到了回报。刚毅啊刚毅，三年了，你知道我多么想念你吗，每一个日日夜夜都是如此的煎熬……”邱云岚坐在长椅上抚摸着项链自言自语。
“小姐姐一个人呀？”正当邱云岚的心情即将陷入沉痛之时，一个不和谐的声音打破了她的沉思，两个流里流气的小青年走了过来，手臂上纹着纹身，脖子上挂着粗大的金链子，看向她的眼神如同两匹饿狼在垂涎一只可口的小兔子。
邱云岚预感两人来者不善，并不想招惹，于是抓起长凳上的包站起身准备离开，却被一个青年从后面一把抢了去。
“还给我。”邱云岚转身瞪着他们，知道今天不可能轻易离开了，必须设法将两个人震慑住。
“呦，这条项链看着也不错嘛。”还没等她想到合适的对策，另一个青年却朝着胸口的吊坠抓了过来。
邱云岚一把护在胸前推开对方的手，胯前一步就抓向自己的包，但那青年反应极快，嬉笑着退后一步，拿着包在她眼前晃来晃去故意挑衅。邱云岚一分神的工夫，另一个青年从身后抱住她，叫喊着让同伴抢项链。邱云岚挣扎了几下对方巍然不动，便感到他们不是一般的流氓，最起码练过功夫，硬来的话她一介女流怕会吃亏。
“等等，我手上的金表更值钱，你放开我，我把它摘下来给你们好吧。”邱云岚急忙抬起一只手给他们看，两人果然动心，眼中放射出贪婪的光芒。
邱云岚趁二人不备，挣脱开束缚，猛地在对面那青年腿上踢了一脚，抢过包就跑，却冷不防被靠近的青年推了一把掉进了旁边的护城河里。她在水里挣扎了几下稳住身形，看到两个青年还站在河边没有离开，于是一咬牙，决定游到河对面去。而就在此时，她胸口的吊坠猛地颤抖了起来，紧接着身边的水流就翻涌沸腾，在她的脚下形成了一股强大的吸力。邱云岚坠到了河底，连灌了几大口水，意识就有些模糊，隐约看到无数章鱼触手一般的藤蔓在水中快速穿梭游走，而她的身体被席卷着冲出水面，送到了河岸上。
邱云岚坐在地上猛烈地咳嗽着，吐出呛进肺里的河水，两个青年则惊得目瞪口呆，恐惧地盯着翻腾的水面。
此时，数条粗壮的藤蔓从水里生长出来，交织着形成一棵参天大树，一条树枝伸展到岸边，结出巨大的洁白花蕾，形状有点像含苞待放的白玉兰。两个青年在好奇心的驱使下战战兢兢地准备上前查看，那巨大的花苞忽然展开，随着一股清澈的黏液流出，一个光溜溜的人影从花蕾中滑落在地。
“怪物呀！”其中一个青年惊叫起来，两人如同见鬼一般连滚带爬地逃走了。
那黏液中的人影缓缓地站起身来，是个光溜溜的年轻男子，身形魁梧而坚韧，虽然只是一个简单的背影，邱云岚却早已热泪盈眶。
（本书完）