朱由校接着说道：“边疆不太平，多留心东北防务，要启用有才能的武将，不要一味只听那些士大夫的话，他们酸味太重，只爱朋党之争，平日自称‘清流’，真正国难当头的时候，只怕他们跑得比兔子还快……”
朱由校又看向了张嫣皇后：“皇后贤德，母仪天下。自从跟了我之后，我忙于专研，她一个人撑起了整个后宫，每天跟那些太妃们和阉党们周旋，没有过过几天好日子，还惨遭迫害。她还年轻，希望我走了后，你要善待她，若遇良人，不必拘于礼数，可再行婚配。”说完眼泪也是哗哗的流了下来。
小船正前行着，突然听见“嘭！嘭！嘭”三声，有东西重重的撞击了船底。接着船底出现了一个盘子大小的洞，湖水瞬间从船底迸发了上来，形成了一尺多高的水柱。朱由校赶紧上前去将张嫣护在怀里，信王朱由检则“唰”的抽出了宝剑警戒。后面的太监和护卫见状，拼了命的往前划水，前来营救。当护卫们到达时，小船已几乎快要沉没了。一番施救，三人终于被救了上船。远处的岸边，魏忠贤坐在轿子里掀着帘子看着刚刚发生的一切，脸上露出了得意的笑容，轻轻说到声：“哼，居然敢私会，你们拿什么跟我斗？这次就给你们一个教训吧，下次再不把我这个九千九百岁放在眼里，我把你们通通杀了喂鱼。”说完示意侍者起轿子回宫。
原来，皇帝身边的耳目早就把约见信王这件事情上报给了魏忠贤，于是这个阉首就安排了几名水鬼在水下用斧子劈沉了朱由校乘坐的小船。
好不容易才上岸，朱由校用毯子裹着瑟瑟发抖的张皇后，怒不可遏，他心里明白，虽然跟阉党的斗争已经彻底挑明了，但此时绝对不能轻举妄动，一定要从长计议。于是回到宫里后，他让人到处散播消息，就说皇帝春游时，在船上和皇后嬉闹，结果不慎落水，且被水呛出了痨病。此后的日子，只要有外人和魏忠贤的耳目在，朱由校就装病躺在床上咳嗽，并命人到处寻仙问药，以求长生。就算这样，恶毒的魏忠贤等人还是不打算放过他，偷偷在他的床头放置了催情“迷迭香”，并给皇帝送来了几个能歌善舞的美人，希望皇帝走他爹朱常洛的老路。还好，这一切都被心细的皇后发现，偷偷换了迷香，并把几个美人控制了起来，使其不能骚扰皇帝。信王朱由检回到信王府以后，找来几个心腹，精心研究了一番对付魏忠贤的计划，等待有利时机。
朱由校一边跟魏忠贤等人周旋，一边抓紧时间进行实验研究。这天，他重新梳理了一下研究思路，灵光一现，突然间在理论上取得重大突破。
关于穿越，我们不能不提到“时间”，早在20世纪初，人们就提出一个问题：“时间是什么?”当时很多科学家都认为时间是常数，而著名的物理学家爱因斯坦却证明了时间只是一种幻觉，时间是相对的，它会因为不同观察者在空间中的速度而有所不同。爱因斯坦还说，时间是“第四维度”。空间则是一个三维世界，空间为旅行者提供坐标以显示位置，而时间提供了另一个坐标——方向，当然按照固有的思维，时间只会向前移动。但是爱因斯坦的狭义相对论和广义相对论，又对时间作出了另一番解释，证明时间存在很多的不确定性因素。爱因斯坦的狭义相对论说，时间的减速或加速取决于你相对于其他物体的运动速度。当一艘宇宙飞船以接近光速的速度运行时，在宇宙飞船里的人的衰老速度要比他们在家里的孪生兄弟要慢得多。此外，根据爱因斯坦的广义相对论，重力可以弯曲时间。
到了21世纪后，广义相对论和狭义相对论的理论都已经被GPS卫星技术所证实。比如卫星上有非常精确的时钟，由于受重力的影响，以及卫星相对于地面观察者在地球上空的速度增加，未经调整的卫星时钟每天会增加38微秒。所以工程师们每天都会对差异进行校正，否则GPS的时间就和地球上的时间不一致了。从某种意义上说，这种被称为时间膨胀的效应意味着宇航员也是时间旅行者，当他们回到地球时，他们会比他们留在地球上的双胞胎要年轻稍微那么一点点。如果速度和重力再增加百倍、千倍、万倍……那么，理论上来说，人就可以实现穿越。
另外，有个名叫弗兰克·提普勒的天文学家提出过一种“提普勒圆柱体”理论：把质量是太阳质量10倍的物质卷成非常长、但密度非常大的圆柱体。当这个圆柱体每分钟旋转几十亿转之后，附近的宇宙飞船沿着一个非常精确的螺旋绕这个圆柱体旋转，就可以使自己进入一个封闭的、类似时间的曲线，飞船里面的人就可以任意游走于各段时间区域，包括过去和未来。可是，现实中没有这种无限延长的圆柱体，也不可能制造出每分钟几十亿转的加速度，所以前面这两个可能性，仅仅存在于理论上，并不可能实现。特别是在朱由校的那个年代，更是绝对做不到的。
不过，宇宙就是如此的奇妙，有一种神奇的特殊天体就能完美解决这个问题，那就是“黑洞”，黑洞本身是一个时间静止的状态。在现代广义相对论中，黑洞的引力极其强大，是时空曲率大到光都无法从其事件视界逃脱的天体。黑洞无法直接观测，但可以采用间接方式得知其存在，并能计算出它的质量，同时还能观测到它对其他事物的影响。在黑洞周围，时空可以利用聚焦的引力场弯曲自己，形成一个闭合类时曲线。为了回到过去，旅行者可以在时间轴上赛跑，每跑一圈，就会回到更远的过去。当然，这一理论也存在一些困难，因为形成这样一条闭合类时曲线所需要的引力场必须非常强，而且对引力场的控制必须非常精确。
纵观以上理论，遗憾的是其实人类根本无法承受时间旅行。虽然以接近光速的速度飞行只需要一台离心机，但这将会是致命的。使用重力也是致命的，因为要经历时间膨胀，人即便可以站在中子星上，但在经历时间膨胀之前就会先被压力撕碎。好在“凤尾兰”系统成功的解决了这个最重要的问题，因为人类的意识是以粒子的形式存在，所以根据量子纠缠的特性，使用黑洞的能量，就可以把人类意识的粒子穿越到过去和未来，这也是龙一为什么能够成功穿越的原因。
理论终于搞明白了，可是以目前的科技水平，无论朱由校再怎么努力，也是绝对制造不出关键设备的，更不可能到黑洞附近去借助能量，这让他非常懊恼。
后来还是张嫣皇后的一句话提醒了他，让他有了更准确的目标。
那天张嫣看朱由校又在为了研究的事情烦恼，她就温柔的对朱由校说：“哥哥，虽然我完全不懂你的这些研究，可是我想提醒你的是，你一个人的力量太薄弱了，你为什么不寻求帮助呢？比如，把你送到这里来的人在哪里？你可以尝试着联系他们帮帮你呀！”一句话让朱由校茅塞顿开，激动不已，深情的在张嫣的脸上亲了一口后说道：“我的好宝珠，乖宝珠，你怎么不早说啊，太好了，太好了，大事可成也！”说完就跑去实验室了，只留下张嫣楞在那里，脸上一阵红晕。
原来，在张嫣的提醒下，朱由校想到了一个方法，就是向宇宙中的虫洞发射信息，通过量子隧道，把消息传向多重宇宙，扩散到各个时间轴上，让“凤尾兰”系统找到自己的年代和位置，想办法来解救自己。这个理论的难点在于，一是如何找到虫洞，二是成功将信号发射过去。
锁定了研究方向后，朱由校变得信心十足，工作节奏也逐渐快了起来。他先在城墙上的大风车顶部安装了一组信号发射天线，然后花了近半年的时间，研制了一台无线电波发射器。无线电波是一种由电磁波产生的电磁辐射，它们具有非常高的传播速度和广泛的传播范围，可以在大气层中迅速传播出去，从而向宇宙发射信息。按理说，龙一生活的22世纪，随着光通信技术的发展，可以使用光束传输数据，从而大大降低传输时间。此外，还可以利用量子力学原理，将数据传输到宇宙中的其他星球，这也是一种新的、高效的方式。但是以目前的技术手段，不敢奢望光通信和量子力学，能发射无线电波，已经是一件非常了不起的事情了。
发射装置准备好以后，朱由校还要花大量的时间进行观察和计算，找到距离地球最近的虫洞位置。虫洞跟黑洞不同，但又密不可分，二者之间有着千丝万缕的关系，朱由校知道，只要找到黑洞，基本就能锁定虫洞的位置。21世纪初，天文学家发现了一颗距离地球最近的黑洞，名为盖亚BH1。该黑洞是休眠黑洞，质量约为太阳的10倍，围绕一颗类似太阳的恒星运动，距离地球仅为1600光年，是银河系中距离最近的一个黑洞。可是，黑洞本身又是不可观测的，只有靠观察周边天体的变化才能知道它的位置。
不久后，朱由校在大风车的不远处，建了几口古怪的“大锅”，他告诉张嫣这个机器可以观测天象。接下来的日子，张嫣每天晚上都会陪着朱由校来到城墙上看星星。其实朱由校是在通过自制的射电望眼镜寻找黑洞。射电望远镜是观测和研究来自天体的射电波的基本设备，可以测量天体射电的强度、频谱及偏振等量。射电望眼镜也不简单，包括收集射电波的定向天线，放大射电信号的高灵敏度接收机，信息记录﹑处理和显示系统等，光这套设备就耗费了朱由校五个多月的时间。
功夫不负有心人，根据之前以龙一的身份在基地“恶补”的天文知识，通过一个多月的观察，朱由校终于锁定了虫洞的位置，果然距离地球1600光年。如果接下来一切顺利的话，朱由校只要“瞄准”虫洞一直发射无线电波，无线电波每秒接近30万公里的速度飞向虫洞，那么1600年后的地球就会收到自己的无线电信号。朱由校心里默默的计算着：“现在是天启5年（公元1626年），1600年后，就是3226年，不正好是龙一第一次苏醒过来的那几年吗！真是太惊讶了，怎么会如此的巧合？难道一切冥冥之中自有安排？”朱由校心想有点不可思议啊。
这天晚上，一切准备就绪，朱由校紧紧握着张嫣的手，激动的按下了信号发射器的按钮。看着闪烁不停的红色小灯，张嫣多少有些紧张。此时的她心里好矛盾，她不想离开自己深爱着的丈夫，根本不想让他离去。可是正因为爱他，她又不得不默默支持他，祝福他，希望他勇敢去完成自己的使命。张嫣转身偷偷抹着眼泪，朱由校温柔地将她搂在怀里，然后二人一起坐到了那把可以仰望天空的双人椅子上。她靠着他的肩膀抽泣着，他握着她的手说：“宝珠，我的事情做完了，行不行，一切靠天意。如果我走不了，我就带你出宫，去过普通人的日子，好好陪你走完这一生。如果我走了，你一定要答应我，要好好活着。你要知道，我会在遥远的地方一直看着你，我能感受到你的一切。”张嫣默默地点点头，然后抽泣着说道：“哥哥，宝珠原本就是一个村妇，本因浑浑噩噩的过完一生，谁能料到我居然能嫁给你这个皇帝，还阴差阳错的做了皇后，真的是草鸡变成了凤凰。虽然我们一起经历了太多事情，但是我跟你在一起真的好开心，好幸福。我们在一起的那些日子，有甜蜜，也有险恶，现在回忆起来，每一件事、每一个画面都是那么的精彩，这样的人生，哪怕是粉身碎骨，又有什么遗憾呢？哥哥，宝珠不后悔。我答应哥哥，若是你成功离开，我一定会好好活下去，每天为你祈祷，我还会陪哥哥在这里看星星。我相信，到那时候，星星是一样的，哥哥是一样的，宝珠也是一样的。”