秦始皇得知卢生和侯生逃跑，而且已经来不及追捕后，他愤怒地说：

“我之前召集了各地的文学之士和方术之士来到都城，本意是希望他们能辅佐我实现太平盛世，并炼制出神奇的仙药。然而，徐市等人耗费了巨额资金，最终却连仙药的影子都没见到。卢生等人，我平日里对他们不薄，给予他们丰厚的赏赐，但他们现在却肆意诽谤我，甚至侮辱我。由此可见，这些方术之士的品行如此恶劣，其他的人可想而知也不会好到哪里去。我猜测在咸阳城中的数百名儒生中，也必定有人散布妖言，煽动蛊惑百姓。我已经派人暗中调查，大致掌握了一些情况，看来这次我不得不进行彻底的清查，以绝后患。”

秦始皇立刻发布了诏令，命令御史们对那些儒生进行审问，并要求他们将审问的结果详细上报。御史们心照不宣地接受了这项任务，他们秘密地召集了几百名儒生，询问他们是否有散布妖言蛊惑人心的行为。儒生们一听，都齐声回答：

“圣上如此英明，我们怎么敢胡乱议论呢？”

然而，儒生们的话还没说完，就听到一声响亮的惊堂木声，这突如其来的声音让所有人都感到意外。紧接着，御史们开始厉声呵斥：

“你们这些人，如果不给你们用点刑，你们怎么会肯说实话！”

说完，他们就命令差役们取出各种残酷的刑具，将儒生们强行按倒在地上。有的儒生被狠狠地打板子，有的则被鞭笞得皮开肉绽，鲜血四溅，场面惨不忍睹。有几个儒生在被严刑拷打时，发出凄厉的呼冤声，但审问的官员却毫不留情，反而下令对他们施加更重的刑罚。在枷锁、棍棒等刑具的折磨下，无论他们如何坚持，最终都只能被迫屈打成招，承认那些莫须有的罪名，无辜地遭受诬陷。这些审问的官员手段极其狠辣，他们不仅对这些儒生进行残酷的折磨，还故意歪曲和夸大他们的供词，通过巧妙的文字游戏和牵强附会的推理，将原本简单的事情复杂化，最终编织成一场大冤案。然后，他们又用华丽的辞藻和模糊不清的语言上奏给秦始皇，企图蒙混过关。然而，秦始皇却并没有察觉到其中的问题，反而被这些官员的“治狱之才”所迷惑，认为他们处理得当，立即批准了他们的奏章。他下令将所有触犯禁令的儒生一律处死，以儆效尤，希望通过这种极端的手段来让天下人知道违抗皇命的下场，从而不敢再犯。这些无辜的儒生就这样遭到了惨痛的灾祸，他们被狱卒们按照既定的方法捆绑起来，然后像牲口一样被推出咸阳市，准备行刑。据统计，这一场冤案共涉及了四百六十多名儒生，他们的命运就这样被无情地决定了。正巧秦始皇的长子扶苏入宫探望他的父亲，他无意间在市集上看到一群即将被处刑的罪犯。这些罪犯的双手都被反绑在背后，他们步履蹒跚地走来，脸上满是痛苦和绝望的表情，嘴里还发出微弱的呻吟声。扶苏看到这一幕，心中感到十分同情和怜悯。于是，他找到负责监刑的官员，请求他们暂时停止行刑，等自己向父皇奏请后再做决定。监刑官一看是扶苏，自然不敢违抗他的命令，连忙连连答应。扶苏急忙快步走进宫中，经过一番寻找，终于见到了秦始皇。他恭敬地向父皇行了问安礼后，便开始进谏道：

“父皇，如今天下刚刚安定下来，百姓们的心还未完全安稳。这些儒生都是尊崇孔子、懂得礼义的人，如果我们现在用严酷的法律来惩罚他们，甚至处以死刑，我担心会引起人心的不满和反抗，反而会影响父皇的英明决策。因此，我恳请父皇能够大发慈悲，酌情考虑赦免他们的罪行。”

扶苏的话刚说完，秦始皇立刻怒不可遏地反驳道：

“你小孩子懂什么？也来插嘴！这里不需要你，你立刻去北边的上郡，监督蒙恬将军，让他加快建造长城和直道，我即要将进行北巡。”