然而，Ex-Aid 的故事真的就这样结束了吗？
就在这时，永梦和帕拉德收到檀黎斗的邀请，参与一场充满挑战的解谜游戏。
在游戏中，永梦和帕拉德化身双人斗士玩家，成功攻略了头目，顺利地通关了游戏。
然而，永梦和帕拉德发现原本关押檀黎斗的电子牢房已经空空如也。
……
在那之后，CR等来一位名叫八乙女纱衣子的再生医疗负责人的协助。
按照她的说法，之前去世的人可以从崩源体那里采集遗传因子复活。
这也就意味着，飞彩的女友小姬也有复活的希望!
然而，飞彩怎么也不会想到……
越狱后的檀黎斗，竟然复活了天崎恋和镜飞彩的女朋友——小姬！
并且，天崎恋还和小姬亲密无比，甚至还刻意在镜飞彩的面前出现!
这是妥妥的杀人诛心啊！
……
假面骑士Ex-Aid世界。
CR电脑急救中心内。
镜飞彩此刻握紧的拳头咯吱作响，内心充满愤怒与震惊。
“檀黎斗！那个混蛋，竟然想要利用小姬吗！”
镜飞彩的声音低沉而充满杀意。
视频继续播放，花家大我的身影出现。
他通过偷听永梦等人的对话，推断出事情的幕后黑手正是檀黎斗！
而复活的天崎恋和小姬的存活时间，被限定在次日零点。
如果天崎恋无法变成完全体，那么他们将会一同消失！
在那之后，揭露出花家大我在过去的两年里，不断使用编年史卡带，试图获得克洛诺斯的力量。
这让他感染了病毒，而他的目的竟是用这份力量，复活镜飞彩的女友！
镜飞彩愣住了，他瞪大了眼睛，脸上写满了难以置信。
“无证医生，你这家伙……”
镜飞彩的声音有些哽咽，心中涌起一股复杂的情感。
九条贵利矢挠了挠头。
“嘛，这就是那个家伙的性格了，恐怕他觉得飞彩你是为了救他，所以才放弃小姬，所以感到愧疚吧？”
镜飞彩闭上双眼，握紧的双拳微微颤抖。
“明明那是我自己的选择啊，无证医生，你这个蠢货！”
此刻的诊所内，西马妮可看着身旁的花家大我。
“大我，你果然是这个世界上首屈一指的笨蛋呢。”
花家大我白了她一眼。
“啰嗦，我只是在做我该做的事情罢了！”
“即使要牺牲你自己？”
“即使要牺牲我自己。”
……
虽然最后在大我和镜飞彩的努力下，天崎恋变身的崩源体被打败。
但小姬最终也在和飞彩和解后，消失不见。
而这并不是结束，大我在战斗之中将编年史卡带不慎遗失，而这张卡带，最终落到檀黎斗手里！
并且，先前协助CR的再生治疗的负责人八乙女纱衣子，是檀黎斗安插在医院的人！
为了进行下一步计划，檀黎斗必须用到已经变身过克洛诺斯的编年史卡带。
画面一转，出现的，竟然是双目紧闭的檀正宗！
……
这一画面让不少观众都吓了一跳。
“这，这是什么情况?”
“檀正宗诈尸？”
“那家伙不是应该已经死了吗？”
“死了，但没完全死？檀正宗的数据应该也被保存下来，所以严格来说他还没有死。”
“不愧是檀黎斗的爹啊，这命也和他儿子一样硬啊！”
“不是，难道檀黎斗准备复活他爹？”
“檀黎斗不是恨死他爹了？亲手把他爹愉悦送走不是很高兴吗？怎么这会要复活了？”
“为了得到克洛诺斯的卡带，就要把檀正宗给复活？现在檀黎斗只剩一条命了吧？正面对上克洛诺斯会被爆杀吧？”
……
八乙女纱衣子和檀黎斗合作，目的是为了复活自己的父亲。
也就是从永梦的身体里分离出帕拉德的财前美智彦！
八乙女纱衣子在CR众人不知情的情况下，从复活的檀正宗体内分离出黑帕拉德，并且通过委托永梦进行培养，让黑帕拉德得到无与伦比的强大力量!
得知黑帕拉德真面目的永梦被枪击重伤入院，无法前去阻止檀黎斗两人的阴谋。
Poppy pipopapo也被绑架。
据纱衣子所说，只要有黑帕拉德无敌玩家的力量，再加上Poppy pipopapo体内檀黎斗母亲的基因，就能复活檀黎斗的身体！
……
画面一转，来到一处地下室内。
被捆绑在柱子上的檀正宗，正怒视着眼前的檀黎斗。
毫无疑问，这对父子正在进行一场掏心掏肺的对话。
"我......真是愚蠢至极。"
檀正宗紧握的拳头微微颤抖着，他抬起头，闭上眼睛深深地吸了口气。
“我犯下了不可饶恕的罪孽……”
檀正宗的语气充满了悔恨和自责，仿佛在向一个无形的神父倾诉自己的罪行，希望得到神明的宽恕。
这些话语无疑是发自内心的，没有丝毫虚伪或掩饰。
看着忏悔的檀正宗，檀黎斗感到有些惊讶。
“终于认罪了啊，你可没资格成为容纳我神之才能的容器，啊哈哈哈哈！”
然而，檀正宗却嘲弄似地笑了起来。
“并非如此！”
檀正宗的笑声中带着一丝苦涩和无奈。
“这并不是我的罪过！真正的罪过是将你带到这个世界上来！”
檀黎斗的脸色变得极为阴沉。
檀正宗继续说道。
“黎斗啊，你本不该诞生于这个世界之上！”
……
檀正宗的话让观众们忍不住了。
“这是恼羞成怒，还是真情流露?”
“自从他利用自己的儿子开始，这个家伙就已经失去了身为父亲的资格。”
“如果他不是一个屑到极点的父亲，没准檀黎斗也不会走上极端的道路。”