刘铭传一行人到达台湾的时机真是非常惊险，如果法军提前几天攻击台湾，则台湾很可能就失陷。法军在台湾的进攻受挫后，并没有气馁，因为他们还有一个巨大的阴谋正在酝酿。

法军侵犯基隆失败后不久，法兰西海军中将孤拔率舰队以“游历”为名，驶进马尾军港。法军的意图已经非常明显，当时有远见的官员都主张做好攻击准备，即使不做好攻击准备也要做好防御准备。但是被李鸿章全部驳斥，他认为大清肯定是打不过世界第二强国法兰西，虽然我方取得了小的胜利，但最终还是要和议，另外他已经请了英、美、德等列强进行调解，如果此时我们进行战争准备，无疑是向法兰西显示我们没有和谈的诚意。所以他要求福建水师不但不能防范，反而举行隆重的欢迎仪式，对前来准备进攻的法兰西舰队以“友好的接待”。并“严谕水师、不准先行开炮，违者虽胜亦斩”。甚至禁止港内水师舰只移动，以免使法军产生疑虑。

法军得知消息后，自然是配合李鸿章营造和谈的假象，同时法军舰队早已做好了战斗准备。乘清军将吏相信“和谈大有进步”、丝毫不做准备之际，突然发动袭击，战斗仅仅持续四十分钟，福建海军被击沉击毁军舰九艘，另有一批旧式水师战船被击沉，然后炮轰马尾造船厂和马江沿岸各炮台。此战福建水师大败，官兵阵亡七百余人，几乎全军覆没。而法军仅死亡六人，伤二十七人。从此，法军就牢牢地掌握了台湾海峡的制海权，得以随心所欲地全力侵台。

刘铭传在台湾得知马尾海战福建水师全军覆没，气得摔了茶碗，大骂李鸿章。同时他也明白，福建水师全军覆没，清廷失去制海权，台湾就成了孤岛，法军的目标还是指向台湾。

刘铭传赶紧召集将领们开会，研究作战方案，通过分析，他认为法兰西军舰吨位很重，需要通过深水港登陆，所以进攻的重点应该还是基隆，另外沪尾也将是法军的进攻重点，因此在这两个地方赶紧加强防御工事，同时派驻重兵，他亲自领兵防守基隆，另外让林少猫他们协助防守沪尾。

马尾海战之后，法军欢呼雀跃，认为台湾将成为法兰西的囊中之物。很快，中将孤拔率领舰队乘胜再次侵犯基隆。法军用军舰猛烈攻击基隆的各种炮台，刘铭传率守军奋勇抵抗约两小时，伤亡百余人，无奈法军炮火太过猛烈，炮台尽失，最后被迫后撤。法军乘势登陆进攻，基隆港湾及周围阵地尽失，法军最终占领基隆。

与此同时，另一支法军在利士比的指挥下正进攻沪尾。刘铭传得知大批法军猛攻沪尾，如今基隆已失，如果沪尾再丢失，那么台北就危险了。台北城是统帅所在地，里面储备了大量的武器弹药，粮饷军械，一旦台北沦陷，整个台湾就危险了。因此刘铭传紧急调集基隆守军与沪尾守军汇合，然后准备死守沪尾。

利士比以战舰七艘轰击沪尾市街和各处据点，炮火非常猛烈，守军死伤惨重。林少猫赶紧跑到刘铭传跟前，对他说道，“刘大人，法军军舰炮火太过猛烈，我们的阵地全部在他们炮火的覆盖范围。而我们的炮火威力和射程都不如法舰，再这样下去，我们就非常危险了。”

刘铭传这会也看见了，他正在心烦，大怒道，“就是全部战死，也要守住沪尾！”

林少猫赶紧说道，“刘大人，我并不是畏战，只是这样死守，徒死无意。法军擅长海战，他们船坚炮利，但是他们在陆上不一定有优势，我的意思是引蛇出洞。”

刘铭传沉默了一小会，身边的炮火不断，士兵也在不断的倒下，刘铭传也明白再这样下去，真的会全军覆没，所以只能狠下心来传令撤退。

法军在瞭望台上看见守军撤退，统帅利士比开心大笑，心道，刘铭传也不过如此。当即下令，全军登陆，分三路向台北进军。