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1507年，纳瓦罗返回了西班牙，参与了红衣主教弗朗西斯科·希梅内斯·德·西斯内罗斯（Francisco Jiménez de Cisneros）的北非远征。

1508年，纳瓦罗使用自己设计的浮动炮台，夺取了韦莱斯·德·拉·戈梅拉堡（Vélez de la Gomera）。

1509年，他还参与了马扎尔基维尔（Mazalquivir / Mers-el-Kébir）和奥兰的攻占。

1510年，他亲自指挥西班牙军队征服布吉（Bougie / Béja?a）、的黎波里（Tripoli），袭击了特莱姆森（Tlemcen）、阿尔及尔（Algiers）。

正是这一年，西班牙从哈夫斯王朝夺走了北非的城市。

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布吉（Bougie），也称贝贾伊（Béja?a）。

此时的布吉是一个由哈夫斯王朝的一个分支统治的酋长国。

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的黎波里征服是由佩德罗·纳瓦罗领导的一次海上行动，西班牙在1510年以阿拉贡王的名义占领了这一北非城市。

征服的计划始于1510年6月5日，特莱姆森的国王同意向阿拉贡支付贡品。

侵略军约有15,000人，其中包括来自西西里的3,000名士兵。

纳瓦罗的舰队从西西里出发，途经马耳他，在那里他与五艘战舰和一些马耳他向导及一名舵手会合。

舰队于7月20日离开马耳他，四天后抵达的黎波里海岸。

1510年7月25日早晨，即圣詹姆斯节（St James"s Day），侵略军攻击了城市及其城堡。

约有6,000名来自西班牙舰船的海军登陆作战，其中一半围攻城市，另一半则留在营地以防止来自内陆的奥斯曼攻击。

凭借有效的海军炮火，西班牙人迅速占领了这座马格里布（Maghreb）城市。

经过大约三小时的激烈巷战，的黎波里最终投降。

西班牙的征服给的黎波里带来了毁灭性的打击。

在攻击之前，这座城市大约有15,000到20,000名居民。

在袭击中，约有3,000到5,000人遇难，另有5,000到6,000人被奴役。

大量被奴役的犹太人被送往西西里，其中一些人皈依了基督教。

一些市民成功逃往附近的詹祖尔（Janzur）和塔朱拉（Tajura）。

西班牙军队的伤亡较低，约有300人丧生。

的黎波里此后一直处于西班牙统治下，到了1530年，被授予医院骑士团，后者统治这座城市直到1551年，被奥斯曼船长德拉古特（Dragut）攻下。