在 1506 年的巴利亚多利德(Valladolid)和1510 年马德里的两次卡斯蒂利议会上，查理宣誓成为阿斯图里亚斯亲王（Prince of Asturias），成为母亲乔安娜女王的法定继承人。

另一方面，在1502年，阿拉贡议会在萨拉戈萨（Zaragoza）召开，并对乔安娜作为推定继承人宣誓，但萨拉戈萨大主教阿隆索·德·阿拉贡（斐迪南国王的私生子）坚决表示，这个誓言没有法理根据，也就是说，除非议会和国王之间达成正式协议，否则不能改变继承权。

在斐迪南二世于1516年1月23日去世后，乔安娜继承了阿拉贡王冠，领土包括阿拉贡、马略卡、加泰罗尼亚、瓦伦西亚、那不勒斯、西西里和撒丁岛，而查理则成为总督。

尽管如此，佛兰明人还是希望查理继承王室头衔，这得到了皇帝马克西米利安一世和教皇利奥十世的支持。

因此，在1516年3月14日费尔南德二世的葬礼之后，查理与他的母亲共同被宣布为卡斯蒂利亚和阿拉贡的国王。

最后，当卡斯蒂利亚摄政王红衣主教希门尼斯·德·西斯内罗斯 （Jiménez de Cisneros）接受了既成事实时，他同意查理的要求并在全国推广其即位。

查理于1517年秋天抵达他的新的王国。

红衣主教希门尼斯·德·西斯内罗斯前来迎接他，但在途中生病，怀疑是中毒，在未能到达国王之前就去世了。

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由于查理在其合法女王母亲仍在世时就继承王室头衔的特殊情况，与巴利亚多利德的卡斯蒂利亚议会的谈判非常困难。

最终，查理被接受，但有很多条件：

他必须学习说卡斯蒂利亚语；

不得任命外国人；

禁止从卡斯蒂利亚提走超出五分之一（Quinto Real）的贵金属；

尊重他的母亲——乔安娜女王的权利。

1518年2月，卡斯蒂利亚议会在巴利亚多利德向他致敬。

之后，查理前往阿拉贡王室。

他成功克服了阿拉贡议会和加泰罗尼亚议会的抵抗，被认定为阿拉贡国王和巴塞罗那伯爵，与母亲共同统治。

但他的母亲被囚禁，只能名义上统治。

纳瓦尔王国于1512年被阿拉贡的费尔南德与卡斯蒂利亚共同侵占，但他发誓要尊重这个王国。

查理登基时，纳瓦尔议会要求他参加加冕仪式（成为纳瓦尔的查理四世），但这一要求未得到回应，议会不断积累不满。

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尽管西班牙人对帝国风格感到不安，但还是接受了查理为君主。

西班牙的各个王国传统都不相同。

卡斯蒂利亚已经成为一个专制的、高度集权的王国，君主自己的意志很容易凌驾于立法和司法机构之上。

相比之下，在阿拉贡王室，尤其是在比利牛斯山脉的纳瓦拉王国，法律盛行，君主制被视为与人民的契约。

这给查理五世和后来的国王带来了诸多不便和争议，因为特定王国的传统限制了他们的绝对权力。

在查理统治期间，政府变得更加绝对，尽管在他的母亲于1555年去世之前，查理并没有掌握国家的绝对权力。

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