印度古吉拉特邦 (Gujarat Sultanate) 和也门 (Yemen) 的统治者也向埃及的马穆鲁克苏丹寻求帮助。

他们希望在红海装备一支舰队，保护他们的重要贸易航线免受葡萄牙的攻击。

吉达 (Jeddah) 很快被加固成为避难港，阿拉伯半岛和红海得到了保护，但印度洋上的舰队仍然受到敌人的威胁。

最后一位马穆鲁克苏丹阿尔-加里 (Al-Ghawri) 装备了一支由50艘船组成的舰队。

由于马穆鲁克对海战经验不足，他向奥斯曼帝国寻求帮助以发展这支海上力量。

1508年，在乔尔战役 (Battle of Chaul) 中，马穆鲁克舰队击败了葡萄牙总督的儿子洛伦索·德·阿尔梅达 (Louren?o de Almeida)。

但在接下来的一年里，葡萄牙人在迪乌战役 (Battle of Diu) 中获胜，并从古吉拉特邦夺取了迪乌港口城市。

几年后，阿方索·德·阿尔布克尔克 (Afonso de Albuquerque) 攻击了亚丁 (Aden)，埃及军队在也门遭遇了葡萄牙的灾难。

阿尔-加里 (Al-Ghawri) 装备了一支新的舰队，以惩罚敌人并保护印度的贸易。

但在这支舰队能够发挥很大作用之前，埃及已经失去了主权。

奥斯曼帝国接管了埃及、红海以及包括麦加在内的所有阿拉伯利益。

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马穆鲁克苏丹国与奥斯曼帝国。

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奥斯曼苏丹巴耶济德二世 (Bayezid II) 在1501年与埃及的新一轮敌对关系开始时，正忙于在南欧的战争。

这场冲突与波斯的萨法维王朝 (Safavid Dynasty) 有关系。

波斯国王伊斯梅尔一世 (Ismail I) 通过叙利亚向威尼斯共和国派遣了一支使团，邀请威尼斯与波斯结盟，夺回被奥斯曼帝国占领的领土。

马穆鲁克埃及苏丹阿尔-加里 (Al-Ghawri) 被塞利姆一世指责让波斯使团通过叙利亚前往威尼斯，并庇护了难民。

为安抚他，阿尔-加里囚禁了当时在叙利亚和埃及的威尼斯人商人，但一年后释放了他们。

在1514年查尔迪兰战役 (Battle of Chaldiran) 后，塞利姆攻击了埃及附庸的杜尔卡迪尔 (Dulkadirids) 的贝伊 (Bey)，并将他的头送给了阿尔-加里。

如今他已确保对波斯的安全，1516年他组建了一支大军，准备征服埃及，但声称自己是为了进一步攻击波斯。

1515年，塞利姆开始了导致埃及及其附属地被征服的战争。

马穆鲁克骑兵在奥斯曼火炮和耶尼切里步兵面前不堪一击。

1516年8月24日，在马尔吉达比克战役 (Battle of Marj Dabiq) 中，苏丹阿尔-加里阵亡。

叙利亚开始被奥斯曼的统治，许多地方对此表示欢迎，因为这被视为从马穆鲁克的统治中解放。

马穆鲁克苏丹国在埃及的统治一直持续到1517年，塞利姆于1月20日攻占了开罗 (Cairo)。

虽然不再以苏丹国的形式存在，奥斯曼帝国仍将马穆鲁克保留为埃及的统治阶层，马穆鲁克和伯尔济家族作为奥斯曼帝国的附庸，重新获得了许多影响力。