当费迪南德（Ferdinand）在1520年代掌控波希米亚（Bohemian）领土时，其宗教形势相当复杂。

波希米亚的德意志人口由天主教徒和路德教徒组成。

一些捷克人对路德教（Lutheranism）持开放态度，但大多数捷克人信奉领圣参派胡斯主义（Utraquist Hussitism），少数人则信奉罗马天主教（Roman Catholicism）。

其中，许多领圣餐派教徒倾向于与新教徒结盟。

起初，费迪南德接受了这一现状，并给予了波希米亚领地（Bohemian estates）相当大的自由。

然而，到了1540年代，形势发生了变化。

在德意志（Germany），虽然大多数新教诸侯此前支持与皇帝进行谈判，甚至在战争中支持过他，但他们在这一时期变得越来越对抗。

有些甚至与皇帝开战，而许多波希米亚（不论德意志人还是捷克人）新教徒或领圣餐派教徒同情他们的立场。

1547年，费迪南德和他的儿子马克西米利安（Maximilian）参与了查理五世（Charles V）对德意志新教徒的胜利战役。

同年，他还击败了波希米亚的一场新教起义，在这场起义中，波希米亚的领地和大部分贵族拒绝支持他在德意志的战役。

这使他得以加强自己在该地区的权力。

他集中化了行政管理，撤销了许多城市的特权，并没收了财产。

费迪南德还致力于加强天主教会在波希米亚领土上的地位，并支持耶稣会士（Jesuits）在当地的建立。

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在1550年代，费迪南德（Ferdinand）在帝国舞台上取得了一些关键胜利。

与他的兄弟不同，他反对勃兰登堡-库尔姆巴赫的藩侯阿尔布雷希特·阿尔西比亚德斯（Albert Alcibiades, Margrave of Brandenburg-Kulmbach），并参与了对他的击败。

这一失败，再加上费迪南德的德意志风格，使他在新教诸侯中比皇帝更受欢迎。

这让他在解决帝国宗教问题上发挥了关键作用。

在德意志诸邦经过几十年的宗教和政治动荡后，查理五世下令在奥格斯堡（Augsburg）召开一次全国性的帝国议会（Diet），各个邦国将在会上讨论宗教问题及其解决方案。

查理五世本人没有出席会议，而是授权他的弟弟费迪南德来“处理并解决”领土、宗教和地方权力的争端。

会议于2月5日开幕，费迪南德通过劝说、威胁和引导各代表达成一致，并于9月25日宣布了三项重要原则：

第一项原则是“教随国定”（cuius regio, eius religio），规定一个国家内部的宗教统一。

君主的宗教即为国家和其全体居民的宗教。

那些无法遵从君主宗教的居民被允许离开，这在16世纪是一个创新的概念。

各代表就这一原则进行了广泛讨论，最终在仔细审查问题和提出的解决方案后，对其措辞达成一致。

第二项原则是“教会保留条款”（reservatum ecclesiasticum），涵盖了教会国家的特殊地位。

如果教会国家的主教改变了宗教，居住在该国家的男性和女性不必跟随改变。

相反，主教被期望辞去职务，尽管这一点在协议中并未明确规定。

第三项原则，被称为“费迪南德声明”（Declaratio Ferdinandei）。

豁免了骑士和一些城市的宗教统一要求，前提是自1520年代中期以来，改革宗（新教）已经在那里实行。

这允许一些天主教徒和路德教徒共同生活的混合城市和城镇。

它还保护了王公家族、骑士以及一些城市在其领土上决定宗教统一的权力。

费迪南德在最后一刻自主加入了这一条款。