颍州城破后，守城的明朝官员表现得颇有气节，义军进城后仍率众与其展开残酷血腥的巷战，不是战死就是负重伤后投水自尽，无一降者。颍州知州尹梦鳌一家七口被杀六口，仅剩一个襁褓中的幼子侥幸不死。通判赵士宽在城陷后拒绝逃走，他用家中的金银首饰募集勇士，誓死搏杀，最后身受重伤投河而死，他的妻子自缢身亡，两个女儿也随母悬梁自尽而死。

原兵部尚书张鹤鸣已经年过八十五高龄 ，城破后被农民军抓获倒挂在一棵树上， 当作箭靶被乱箭射杀，浑身被射得像刺猬一般，惨不忍睹，他的长子张大同抚尸痛哭，立刻被农军乱刀砍死。张鹤鸣的弟弟张鹤胜也已八十二岁，被执后“骂贼而死”。颍州城中的官吏士绅几乎被斩尽杀绝，“生员死者七十七人”。

破颍州后，李、张迅速赶往寿州，与高迎祥军会合后，一同向明中都凤阳进军。李自成等挑选出三百名机敏强悍的士兵，大都是投降过来的明军，让他们换上平民服饰，打扮成商贩、车夫模样，首先混进了凤阳城中。这些人混入城中后以贩卖布匹、果蔬的名义，投宿于各旅店、客栈中。还有人打扮成行脚僧、游方道人，在大街上到处游逛，将城中驻军、防御部署的情况都打探的一清二楚，为之后攻克凤阳城奠定了良好的基础。

凤阳是朱明王朝的龙兴之地，明初即定为“中都”。与南京、北京合称为“三都”。

当初明太祖朱元璋的父母染瘟疫死后因家贫无钱、无地下葬，多亏邻居刘继祖哀怜他哥俩，让他将其父母遗骸用草席包裹着草草葬在刘家园地中......朱元璋一直感到对不起自己的父母。之后他投军发迹 ，特别是扫灭群雄建立大明后，他衣锦还乡，在凤阳大兴土木，把其父母的陵墓修建的富丽堂皇，而且将陵前的享殿修造的和南京宫殿相差无几，陪葬品亦是极尽豪奢。为表示感恩，他赐给刘继祖的儿子大量钱财，还让继祖的子孙为明祖陵的守陵官 ，替朱氏守墓，且世代传承。

自明初以来，凤阳府即驻有重兵，设置有中都留守司，节制八卫和一个千户所，城内还有巡抚衙门和镇守监军太监。凤阳巡抚常驻江苏淮安，监管运河漕运。

当陕西义军捣入河南时，一些明朝官员就预感到义军可能会攻击凤阳。南京兵部尚书吕维祺上奏崇祯，请明廷早做防备。崇祯似乎没有什么大的举措，只是发了一道敕令，命凤阳巡抚杨一鹏在各要害处屯兵防守。年老多病、精力不济的杨一鹏见义军远在河南，掉以轻心，竟没有采取什么切实有效的防御措施。

让人无法理解的是，当李自成等挥军向凤阳步步逼近时，城中百姓居然对“乡党”朱皇帝并无认同与厚爱，而是纷纷向义军通风报信，迫切希望义军能早日攻进凤阳城。或许是凤阳民众没有享受到家乡出了个朱皇帝的“红利”，甚至还饱受侵扰、盘剥，才会有如此不合常理之举。

不久当地民众将城中虚实告知义军，守城官兵似乎也无心守御，纷纷私通李闯，有部分明军官兵故意将书信丢在路上，表示愿意配合义军共同打破凤阳。

正月十五元宵节，城中官民正忙于欢度佳节，大股农民军突然从四方悄悄赶来，神不知鬼不觉将城池团团包围起来。次日清晨，天降大雾，守城将领还在呼呼大睡，有人报告说城外尽是“贼兵”，竟然还被守官以谎报军情为由暴揍一顿。

忽然城外一声炮响，城头上一片惊呼喧嚷声 ，秩序大乱，有人高呼贼兵攻城啦，官爷们这才反应过来。扫地王张一川部农民军最先赶至城下，李自成、张献忠所统大军随后赶到，大股农军源源而至。他们先用炮轰，然后在内应的接应下 翻墙而入，首先纵火焚烧了皇陵享殿。凤阳留守朱国相是朱氏宗亲，他率千户陈弘祖等将领仓惶迎战，与义军短兵相接，很快被人数占优的义军击溃，官兵皆死。李自成还焚毁了龙兴寺。龙兴寺原名皇觉寺，是朱元璋年轻时出家的寺庙，后来改的名，匾额上的字样是朱元璋亲笔所题的“第一山”。一阵短促而激烈的血战结束后，城中官员或死或降，守军大部不战而降。没多久，凤阳城被农民军占领。