凭借着自己的权谋和手段，他成功地压制住了内部那些反对降清的声音和力量。并且通过各种方式让绝大部分人心悦诚服地相信：眼下唯有投降清朝，才能够寻得一线生机，觅得一条出路。就这样，在如此艰难复杂的局势之下，他精心策划、步步为营，最终顺利完成了降清的全面部署。
回首往昔，自从郑芝龙由一名海盗摇身一变成为明朝官员之后的整整十七年时间里，他曾先后在福建以及广东等地担任要职。而在广东度过的那几年岁月当中，他深深地领略到这个省份所蕴含的巨大发展潜力，远远超过了福建。不仅如此，在明清交替之际，广东更是继福建之后当之无愧的第二个海洋大省。尤其是在广东省的潮州地区一带，始终活跃着一股与郑氏家族针锋相对的海洋势力。郑芝龙心中怀揣着一个宏伟的梦想，那便是出任闽粤总督一职，从而实现统御整个中国海洋势力的壮志雄心。
然而，事情远非如此简单。尽管他曾担任过广东省总兵这一要职，但当他接手隆武政权的财政事务时，所面临的阻力却是超乎想象的。尤其是来自广东方面的强烈抵制，使得他的工作进展举步维艰。
更令人担忧的是，那野心勃勃的郑芝龙无时无刻不在觊觎着广东这片土地。他妄图将其据为己有，为此不惜一切代价。而降清之举，其中一个重要的目的就是希望借助清朝的力量实现自己占据广东的野心。
而精明狡诈的博洛自然不会放过这个可以利用的机会。他深知郑芝龙的心思和弱点，于是便巧妙地抛出了广东这块诱人的肥肉当作诱饵。只见博洛信誓旦旦地说道：“况且如今两广地区尚未平定，我特意铸造了闽粤总督大印在此恭候您的到来。我之所以殷切盼望将军能前来相见，实则是想要与您一同商讨治理地方所需的各类人才啊！”这番话语听起来充满诚意，仿佛真的是为郑芝龙着想。
可惜，贪婪的郑芝龙没能识破这背后隐藏的阴谋诡计，毫不犹豫地一口吞下了这看似美味的鱼饵。然而，等待他的并非如预期般的荣华富贵和掌控一方的权力。相反，他被博洛逼迫送往北京。到了京城后，郑芝龙满心期待能够如愿当上闽粤总督，可现实却给了他沉重一击。不仅未能获得梦寐以求的总督之位，甚至连个实际职务都未曾授予给他。最终，仅仅只赐予了他一个名为精骑呢哈番的虚衔，并将其编入汉军正黄旗之中。至此，郑芝龙方才如梦初醒，意识到自己落入了他人精心设计的陷阱当中。
毫无疑问，博洛挟持着郑芝龙向北进京这件事，可以说是清廷入关之后，所做出的少数几个或者说是最为愚不可及的决策之一。
自从清廷踏入中原大地之后，对于归降之人，他们向来采取的手段便是掌控住这些人的首领人物，然后任用他们的下属部将。正因如此，像左梦庚、刘泽清这样的明朝大将投降清朝时，无一例外全都被挟持到了京城，然而他们手下的诸多将领却得以受到器重和启用，例如李成栋、马得功之流就是很好的例子。
对于前者推行这样一种策略大体上还是正确合理的。可要是把这种策略运用到郑芝龙及其所属部队身上，那就无疑是一招败笔了。要知道，在郑氏集团的内部实际上存在着拥护清朝和反对清朝这两大派别。其中，只有郑芝龙是发自内心地归降于清朝，而郑鸿逵、郑芝豹以及郑芝龙的长子郑成功等等这些人，则统统都是坚定的拥明一派。
实际上，郑芝龙决定投降清军这件事在内部引发了轩然大波，遭到了来自各方的强烈抵制和反对。除了声名远扬的郑成功以及郑鸿逵兄弟二人外，像安南侯杨耿、来夷侯周崔芝还有安洋将军辛一根等等这些人都坚决不肯顺从。特别是郑芝龙的弟弟郑芝豹以及儿子郑成功，更是苦苦劝谏，极力阻止他做出这样的决定。当时的情况十分紧张，甚至周崔芝等人不惜采用极端的方式，比如自杀，以此来表示对郑芝龙降清之举的坚决抗议。
与此同时，曾樱、张肯堂等曾经效命于明朝的旧臣子们纷纷躲避到海岛上暂居，但即便如此，他们在郑芝龙的部队当中仍然具有不可小觑的影响力。所以说，在如此复杂且艰难的局势之下，郑芝龙最终竟然能够顺利地完成降清的各项部署安排，实在是一件非常不容易的事情。
那么，他究竟为何能够达成这一目标呢？关键就在于他牢牢掌控着自己的军队。而且，他提出的降清主张应该也获得了手下一些主要将领的支持与拥护。比如说施福、施琅等人，他们的立场始终偏向于清朝一方。正因如此，哪怕有着众多坚定的拥明派的激烈反对，郑芝龙依然毫不犹豫地下定决心向清军投降。在此之后，以施福所率领的队伍为核心力量的郑芝龙部下主力军，居然还跟随着李成栋等人一同去进攻广东地区。
施福所统领的那部分明朝军队，实际上乃是郑芝龙所属军队中的核心力量与中坚骨干。当这一支强大的军队向清朝投降以后，剩余下来的郑氏军队便大多成为了四处游荡、分散零乱的散兵游勇。这些人在战斗能力方面存在着明显的不足，多数情况下难以胜任激烈的战争任务。
除了施家叔侄以外，郑芝龙手下众多部将原本的态度和立场一直摇摆不定、模糊不清。然而，当他们亲眼目睹清廷使出卑劣手段，哄骗郑芝龙入京后便将他软禁起来时，心中顿时一片冰凉。这些人方才明白，即便投降清朝也得不到应有的尊重与善待，最终不过落得这般下场罢了。于是乎，众人纷纷心灰意冷，转而坚定地站在了拥护明朝、抗击清军的阵营之中。
倘若当初博洛能够信守承诺，不违背自己所说之话，真心实意地委以重任给郑芝龙，并让他去平定闽粤地区，那么想必不出几日便能大功告成。只可惜，清廷犯下大错，不仅失去了郑芝龙这样一位得力干将，还引发了一连串严重后果——使得东南一带的战事绵延不绝，持续长达数十年之久。对于这种局面，恐怕是清廷始料未及的啊！
只是自郑成功于海岛之上高高竖起反抗清朝统治的大旗之后，在接下来的数年时间里，他屡屡遭遇失败，战绩不佳。在最初的一到两年之间，局势更是毫无转机，始终处于低迷状态。造成这种状况的一个重要因素便是失去了施福所率的那支主力部队。虽然在此期间，郑成功也积极地招募新兵，但新入伍的兵员大都是些没有经过严格训练且缺乏实战经验的游兵散勇，根本无法形成有效的战斗力。
然而，情况终于迎来了转机。几乎在李成栋反清归明之时，施福以及施琅所率领的部队重新归队并加入郑成功一方之后，郑成功所统率的军队才逐渐发展壮大起来，并最终成长为一支英勇善战、令敌人闻风丧胆的威武之师。