大会上，大多数首领建议向山区逃窜。此时八大王张献忠与闯将李自成显露出了难得的战略眼光。史载，大会上，张献忠大喝：“怯懦诸辈”，李自成说道：“一夫犹奋，况十万众乎。”会上李自成又建议大伙东去南直隶，攻打中都凤阳。之后流寇兵分三路，一路往山西而去，一路往湖广而去，高迎祥，李自成，张献忠部往凤阳而去。

崇祯八年元宵节，张献忠攻入凤阳，抢劫一番，又放了一把大火，并挖开了朱元璋父母的坟墓。一时天下震动，崇祯痛哭流涕，下罪己诏。命洪承畴，曹文诏，左良玉等对流寇进行疯狂的屠杀。曹文诏带着三千骑兵追着几十万流寇奔袭数百里，陷入流寇的汪洋大海，自杀身忘。死后崇祯追封曹文诏太子太保。

崇祯八年八月，以卢象升为总理，剿杀江北，河南，湖广，四川，山东等东南流寇，而五省总督洪承畴剿杀西北流寇。之后卢象升极力剿杀东南流寇，高迎祥等疲惫不堪，称卢象升为“卢阎王”。

崇祯九年六月，满清八旗在阿济格的带领下冲破喜峰口，在京畿一带烧杀抢掠，崇祯调卢象升为宣大总督。此时张献忠在湖北一带流窜，李自成在陕西一带流窜。而高迎祥部正遇从四川进入陕西。

七月高迎祥部在汉中地区遇到了陕西巡抚孙传庭带领的秦兵们的疯狂屠杀。高迎祥部便进入另一条通往陕西的捷径---子午谷。子午谷地势狭窄，又逢大雨，人困马乏，十六日到达黑水峪遭到了早已等待多日地孙传庭部猛烈攻击，此地地势狭窄，极为险要。二十日，高迎祥被孙传庭所俘虏，之后被献俘于午门之下。

之后，李自成继承了高迎祥的闯王名号。崇祯十年三月杨嗣昌提出“四隅六正，十面张网”的剿贼方略，崇祯极为赏识，闰四月，加派“剿饷”三百万两，十方集团北京公司经理李存真也赞助了巨额饷银。因五省总理卢象升调任宣大总督，杨嗣昌便建议调任两广总督，曾经招降海盗郑芝龙的熊文灿为五省总理。崇祯派太监前往两广调查之后，便准了杨嗣昌的建议。

因为周召南等穿越者对历史的蝴蝶效应，很多的事情都提前发生。熊文灿十月走马上任，总兵左良玉对熊文灿阳奉阴违，熊文灿便有心招抚。此时流窜在湖广一带的流寇有闯塌天刘国能部五万余人，八大王张献忠部九万余人。随着“四隅六正，十面张网”的剿贼方略实施，各地流寇哭不堪言。眼看高迎祥被禽，李自成又逃往甘肃一带，五省总督熊文灿又有招抚之心，十一月刘国能率五万部众向只有一万士兵的熊文灿投降。见闯塌天投降之后，八大王张献忠深知情况不妙，张献忠便也向熊文灿提出了投降的请求，而被断然拒绝，而张献忠有着丰富的投降经验，这在他面前不过小菜一碟，张献忠给熊文灿送去了一大笔财物，熊文灿便准了张献忠所请，年底八大王张献忠率领近九万部众归降了熊文灿，被安置与湖北谷城一带。

熊文灿招降了东南流寇后，崇祯十分高兴，以熊文灿为廉吏能臣，擎天支柱。