恺撒不在意大利时，马克·安东尼（Mark Antony）以骑兵长官（magister equitum）身份负责掌权。

他的统治不受欢迎：公元前47年，作为平民保民官的普布利乌斯·科尔内利乌斯·多拉贝拉（Publius Cornelius Dolabella）煽动减债措施，但这一煽动失控，元老院指示安东尼恢复秩序。

因南意大利的兵变耽搁，他回到罗马并用武力镇压了骚乱，杀害了许多人，进一步打击了他的声望。

卡托已前往非洲，在那里麦特鲁斯·西庇阿（Metellus Scipio）指挥剩下的共和派，并与努米底亚（Numidia）的朱巴（Juba）结盟。

原属庞培的舰队也袭击了地中海中部的岛屿。

此外，恺撒在西班牙的总督极不受欢迎，导致该省叛变，加入了共和派。

恺撒回到罗马后，撤了安东尼的职，并未使用武力平息了叛军。

随后他监督了公元前47年尚未举行的所有官员选举，以及公元前46年的选举。

恺撒将与雷必达（Lepidus）一同担任公元前46年的执政官，他为战争借了款，没收并按公平价格售卖了敌人的财产，然后在公元前47年12月25日出发前往非洲。

恺撒在非洲登陆时，在建立滩头阵地和后勤方面遇到一些困难。

在公元前46年1月4日，他在鲁斯皮纳（Ruspina）被提图斯·拉比努斯（Titus Labienus）击败，因此之后采取了相对谨慎的行动。

在成功引诱一些共和派士兵叛逃后，恺撒最终在塔普苏斯（Thapsus）被包围。

他的部队于公元前46年4月6日提前发动攻击，打响了一场战役。

他们最终获胜，并无情地屠杀了共和军。

行军至乌提卡（Utica）时，恺撒发现卡托已自杀，而不愿接受他的宽恕。

包括麦特鲁斯·西庇阿和朱巴在内的许多反凯撒派领导人随后也自杀了。

然而，拉比努斯和庞培的两个儿子已逃往反叛的西班牙行省。

恺撒开始吞并努米底亚的一些地区，然后于公元前46年6月经撒丁岛（Sardinia）返回意大利。

恺撒在意大利停留，直到9月下旬举行了四次凯旋仪式，分别庆祝他对四个外敌的胜利：高卢（Gaul）、埃及（Egypt）、法尔纳克斯（Pharnaces，亚洲）和朱巴（Juba，非洲）。

他在战车前展示了维钦托利（Vercingetorix）、克利奥帕特拉的妹妹阿尔西诺埃（Arsinoe）和朱巴的儿子。

维钦托利被处决。

据阿庇安（Appian）所述，在一些凯旋仪式上，恺撒展示了他在内战中对罗马同胞的胜利图画和模型，引起民众的不满。

士兵们每人获得了24,000塞斯特（sesterces，约等于一生的薪水）。

为平民还举行了更多的游戏和庆典。

接近年底时，恺撒从西班牙收到坏消息，带着一支军队前往伊比利亚半岛（peninsula），并将雷必达留在罗马继续担任骑兵长官。

在公元前45年3月17日于蒙达（Munda）的一场血腥战役中，恺撒勉强取得胜利。

他的敌人被视为叛徒，遭到屠杀。

拉比努斯在战场上阵亡。

虽然庞培的一个儿子塞克斯图斯（Sextus）逃脱了，但战争实际上已结束。