然而，托勒密王朝在冬季期间向罗马请求帮助，一支由盖乌斯·波皮利乌斯·莱纳斯（Gaius Popillius Laenas）领导的罗马使团在埃勒乌西斯镇（Eleusis）拦截了安条克四世，迫使其接受和解协议，从而结束了这场战争。

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两位兄弟与克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）的联合统治在战争结束后立即继续。

然而，埃及军队的彻底失败严重损害了托勒密王朝的声望，并在托勒密六世与托勒密八世之间造成了永久性的裂痕。

公元前165年，具有本土埃及人背景的显贵朝臣狄奥尼修斯·佩托萨拉皮斯（Dionysius Petosarapis）试图利用这一冲突来控制政府。

他来到体育场，向亚历山大港的民众宣称托勒密六世正策划暗杀托勒密八世。

托勒密六世成功地说服了他的弟弟，相信这些指控是虚假的，两位国王共同出现在体育场，缓解了危机。

狄奥尼修斯逃离了城市，并说服一些军队叛变。

接下来的一年中，费尤姆（Fayyum）地区发生了激烈的战斗。

同时，在底比斯地区（Thebaid），又爆发了一场显然无关的叛乱，这是本土埃及人反抗托勒密统治的最新一次起义。

托勒密六世在帕诺波利斯（Panopolis）经历了一场苦战后成功平息了叛乱。

由于前几年的冲突，许多农田被遗弃，威胁到政府的农业收入。

公元前165年秋天，托勒密王朝发布了一项名为《农业法》（On Agriculture）的王室法令，试图强迫农地恢复耕作。

此举非常不受欢迎，引发了广泛的抗议。

政府还成立了一个名为“专用账户”（Idios Logos，意为“特别账户”）的新部门，以管理因没收或荒废而变成王室财产的土地。

公元前164年晚期，可能是在托勒密六世从南方返回后不久，年约二十岁的托勒密八世以某种方式将托勒密六世和克利奥帕特拉二世从权力中排挤出去——具体的事件经过不详。

托勒密六世带着一名宦官和三名仆人逃往罗马寻求帮助。

在罗马，他似乎一无所获，住宿在一间阁楼的简陋房间里，这房间由一位个人熟识的画家提供并与之共住。

随后，他前往仍在他控制下的塞浦路斯（Cyprus）。

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公元前163年夏，亚历山大港的人民反对托勒密八世发动暴动，将他驱逐出城并重新召回托勒密六世。

复位的国王决定与他的弟弟达成协议，并授予他昔兰尼加（Cyrenaica）的控制权。

这一决定可能是在当时驻扎在亚历山大里亚的两位罗马使节的促使下做出的。

此后，埃及落入了托勒密六世和克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）的共同统治之下。

他们在所有官方文件中都共同被提及。

这种共同统治的制度成为托勒密王朝余下大部分时间的常态，并以一项赦免法令和国王访问孟斐斯（Memphis）庆祝埃及新年节的形式开始推行。