塞琉古六世在硬币上最初被刻画为留胡须的形象，后来胡须被去除，表明他履行了为父报仇的誓言。

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在加雷卡德纳斯的塞琉西亚，塞琉古六世为与他的叔叔开战做准备，他叔叔的军队占据了西里西亚（Cilicia）中部，将他的侄子限制在该地区的西部。

国王需要一个加雷卡德纳斯的塞琉西亚港口，因此建立了埃莱乌萨（Elaiussa）城来满足这一需求。

塞琉古六世从西里西亚的城市中筹集战争资金，包括莫普苏埃斯提亚（Mopsuestia），该地似乎曾多次被征税。

在他的统治期间，据估计，塞琉古六世共铸造了价值1,200塔兰特（talent）的硬币，用于支持他的战争努力，这足以支付一万名士兵两年的军饷。

在一个位置不明的铸币厂所生产的青铜币的背面，有一个以马其顿盾牌形状形成的“切利斯”（chelys）图案。

这个图案可能是为了争取该地区马其顿殖民军的支持。

这些硬币可能是在叙利亚铸造的，位于西里西亚的塔尔苏斯（Tarsus）与安条克（Antioch）之间的一座城市，因此这些硬币很可能是在塞琉古六世对抗安条克九世的战役中铸造的。

安条克九世注意到了塞琉古六世的准备，后者于公元前95年开始向安条克（Antioch）进军后，安条克九世离开首都，向他的侄子发起进攻。

塞琉古六世取得了胜利，他的叔叔则失去了性命。

根据三世纪历史学家尤西比乌斯（Eusebius）的说法，他是自杀的，而根据一世纪历史学家约瑟夫斯（Josephus）的记载，他是被处决的。

不久之后，塞琉古六世（Seleucus VI）进入了首都。

克利奥帕特拉·塞勒涅（Cleopatra Selene）可能在他到达前逃离了。

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在塞琉古纪年144年（公元前169/168年），安条克四世·埃皮法尼斯（Antiochus IV Epiphanes）允许十九座城市以自己的名义铸造青铜市政货币，这表明他意识到了城市与君主之间相互依存的关系。

这种趋向更大自主权的趋势继续发展，城市们在自己的货币上添加了“神圣且自治”的字样，试图从中央权力中解放出来。

塞琉古六世没有延续其先辈的政策。

在其统治期间，西里西亚的自治权并未得到授予。

显然，塞琉古六世不接受西里西亚城市政治地位的任何变更。

塞琉古六世控制了西里西亚和叙利亚塞琉西斯（Syria Seleucis，即北叙利亚）地区。

安条克九世·西兹塞努斯（Antiochus IX Cyzicenus）有一个儿子——安条克十世（Antiochus X）。

根据历史学家约瑟夫斯（Josephus）的记载，安条克十世逃往阿拉杜斯（Aradus）并在该地自立为王。

塞琉古六世试图杀死这个堂弟兼对手，但刺杀计划失败，而安条克十世则与克利奥帕特拉·塞勒涅（Cleopatra Selene）成婚以提升自己的地位。

考古学家阿尔弗雷德·贝林格（Alfred Bellinger）认为，塞琉古六世在埃莱乌萨（Elaiussa）为即将到来的与安条克十世的战争做准备。

在公元前94年，安条克十世进攻了首都安条克（Antioch），将塞琉古六世驱逐出北叙利亚，迫使其逃往基利家。

根据尤西比乌斯（Eusebius）的记载，最终战役发生在摩普修斯提亚（Mopsuestia）附近，结果以塞琉古六世的失败告终。

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战败的塞琉古六世在摩普苏提亚（Mopsuestia）寻求庇护，并试图再次向居民征税，这引发了暴动并导致他的死亡。

他的去世年份并不清楚，历史学家众说纷纭。