在击败厄瑞波斯之后，星际联盟沉浸在短暂的胜利喜悦之中，但他们很快就意识到，战争的创伤远比想象中更加严重。

许多星球的生态系统遭到了毁灭性的破坏，生命难以存续。资源的匮乏成为了摆在各个文明面前的巨大难题，为了争夺有限的资源，一些地区甚至出现了小规模的冲突。

刘秀深知，若不能及时解决这些问题，刚刚取得的胜利成果将化为乌有。他下令全力投入资源进行星球的生态修复和资源开发，同时加强了对进化生产线的改进和升级，以提高资源的利用效率。

然而，就在这时，一个新的危机悄然降临。暗物质基因派在厄瑞波斯被击败后并没有销声匿迹，反而更加疯狂地进行着他们的实验。

他们利用从厄瑞波斯那里获取的黑暗力量知识，改造出了一种能够控制生物思想的新型基因病毒。这种病毒迅速在多个星系传播开来，感染了无数的生命。

被感染的生物失去了自我意识，成为了暗物质基因派的傀儡，开始攻击周边的星球和文明。星际联盟再次面临着严峻的考验。

刘秀立即组织力量应对这一危机。他派出了最顶尖的科学家和医疗团队，试图研发出解药来解除基因病毒的控制。

但暗物质基因派却不断派出被控制的生物大军，对星际联盟的防线进行冲击。在激烈的战斗中，星际联盟的伤亡不断增加。

进化生产线全力运转，生产出了更强大的武器和防护装备，但仍然难以抵挡如潮水般涌来的敌人。

在一次关键的战役中，星际联盟的一支重要舰队遭到了重创，陷入了绝境。就在这千钧一发之际，一位年轻的科学家成功研发出了一种能够暂时抑制基因病毒的药剂。

靠着这种药剂，星际联盟终于击退了敌人，暂时稳住了局势。但他们明白，这只是权宜之计，要彻底解决危机，必须找到根除基因病毒的方法。

经过艰苦的研究和探索，他们发现这种基因病毒与暗物质基因派的实验室有着密切的关联。刘秀决定亲自带领一支精锐部队，突袭暗物质基因派的核心实验室。

在突袭过程中，他们遭遇了重重陷阱和顽强的抵抗。但刘秀凭借着坚定的信念和出色的领导能力，带领部队逐渐深入实验室内部。

最终，他们找到了控制基因病毒的关键设备，并成功将其摧毁。随着设备的毁坏，基因病毒失去了控制，被感染的生物逐渐恢复了意识。

这场危机过后，星际联盟对宇宙的管理更加严格。他们建立了更完善的监测系统，防止类似的邪恶势力再次崛起。