知县听说后，先是大为震惊，随后便召令史升厅审问。武松押着王婆跪在厅前，武松将凶器和两颗人头放在阶下，自己则跪在左边，婆子跪在中间，四家邻里跪在右边。武松从怀中取出胡正卿所写的口词，逐一陈述。知县让令史先问了王婆，婆子如实供述，四家邻里也指证清楚。随后，知县召来何九叔和郓哥，询问了他们，并得到了明确的供词。接着，知县安排仵作和另一名官员，带着一干人押至紫石街对妇人尸体进行检查，再到狮子桥下的酒楼前检查西门庆的尸体，填写尸体检查表，随后将结果送回县衙，立案归档。

知县下令给武松和王婆带上长枷，把他们关进了监牢，而那些普通人则被暂时关在门房里。

且说县官考虑到武松是一个忠义之人，又想到他为了替哥哥复仇而上京的事情，一心想要保全他。于是，县官思虑再三，决定为武松谋取好处，便召集吏员商议，决定改写武松的供词，重新为他立案。他建议道：“武松这小子，心肠硬朗，应该为他开脱。可以将原有的供词改成：‘武松因祭奠亡兄武大，嫂子不允许祭祀，二人发生争执。嫂子将灵床推翻，武松为了保护亡兄的神主，和嫂子发生争斗，情急之下将嫂子杀害。后来，西门庆因与嫂子有染前来干涉，二人又发生冲突，最后在狮子桥边斗殴，导致西门庆死于斗殴。’”

于是，县官重新起草了新的招状，并派人将文书送到武松手中，宣读给他听。县官还写了公文，准备将这一干人送往东平府，申请发落。

阳谷县虽然是个小县城，但也有不少仗义之人。许多上层户人家都向武松捐助银两，也有一些人送来酒食和米钱，支持他度过难关。武松抵达东平府前，将自己的行李托给土兵保管，并拿出十二三两银子，交给了郓哥的父亲。同时，武松手下的土兵大多送上酒肉，纷纷与他告别。

这时，县吏接到公文，抱着文书、何九叔的银子、骨殖、招词以及武松的刀仗，带着这一干犯人上路，前往东平府。

众人来到东平府时，府衙前聚集了不少围观的百姓。府尹陈文昭听到报告，立刻升堂审理案件。这位府尹平生正直，品性贤良，年轻时努力攻读经书，长大后就考取了功名，常怀忠孝之心，行仁爱之事。他治理户口有方，税收顺利，百姓都称赞他，街头巷尾充满了歌声。他减少了词讼，打击了盗贼，老人们常在市井中赞美他。他的名声远播，历史上为他立碑立石，以彰显他的德行。他的文章慷慨激昂，曾经超过李杜，而他的贤良方正更是让人钦佩。

且说东平府的府尹陈文昭，已然知晓了整个案件的详情。于是他便命令将这群犯人带至厅前，先是查看了阳谷县的公文，再逐一审阅了各人供词和证据，详细记录每个人的供词。将赃物和行凶的刀仗封好，交给库房保管。随后，他决定将武松换上轻罪的枷锁，并将其关押在牢中；而那王婆则被换上重刑的枷锁，禁锢在提事都监的死囚牢房中。接着，陈文昭召来县吏，命令将何九叔、郓哥和四家邻舍带回本县，让他们在家中等待进一步的审判；西门庆的妻子则继续由府里看管，等待朝廷的最终裁定。

对于武松，陈文昭心生怜悯，认为他是一个忠义之人，便派人时刻监视他，并确保他不会为此受过多的折磨。甚至在牢中，还特意安排了一些土兵送饭给他，不让他饿着。陈府尹对武松的公文作了修改，申报省院以求更轻的处理。同时，他派遣了一名亲信，将一封密信送到京师，请人替武松疏通关系。

这件事很快引起了朝廷的关注，刑部官员中不少人和陈文昭关系良好，因此此事很快被禀报到省院。最终，朝廷下达了关于案件的判决：王婆因唆使西门庆与武大嫂通奸，并谋杀武大，制造了武大之死，且又唆使武松的嫂子赶走武松，致使杀人命案发生。由于这些罪行恶劣，王婆的罪行定为凌迟处死。武松则因替兄报仇，斗杀西门庆，虽然出于正当动机，但依然罪大恶极，故判处脊杖四十，流放二千里外。奸夫淫妇西门庆已死，罪不再追究。其他涉案人员则因供词清晰，被判释放，返回家中。

当文书到达东平府后，陈文昭即刻处理案件，将所有人带到厅前，宣读了朝廷的判决。武松被从牢中提出，先是读了朝廷的宣判，随后将其长枷解除，执行脊杖四十。武松身上伤痕累累，体力耗尽，但他依旧坚强地忍受。所有的公差都看着他，心生怜悯，却也无能为力。