在电磁脉冲的冲击下，秦宇的舰队陷入了短暂的混乱。飞船的武器系统失灵，护盾闪烁不定，部分战舰甚至失去了动力，在太空中漂浮。

“快，启动备用能源和应急修复程序！”秦宇一边大声指挥，一边密切关注着敌方舰队的动向。他深知，此刻稍有不慎，舰队就可能遭受毁灭性打击。

幸运的是，联盟舰队的战舰性能卓越，备用系统迅速启动。在船员们的紧急抢修下，武器和护盾逐渐恢复正常。

与此同时，秦宇发现敌方舰队在释放电磁脉冲后，似乎也出现了短暂的停滞，各飞船之间的协调出现了一些混乱。“这是个机会，全体进攻！”秦宇抓住时机，果断下达命令。

联盟舰队重新振作，以更加猛烈的火力向敌方舰队发起攻击。能量光束在太空中交错纵横，爆炸的光芒照亮了整个战场。在强大的攻势下，敌方舰队开始节节败退。

秦宇趁机指挥舰队，进一步缩小包围圈，朝着那艘神秘的小型飞船逼近。终于，突击小队成功突破敌方重重防御，来到小型飞船附近。

“准备登舰，我们要弄清楚他们的目的。”秦宇下令道。

一支装备精良的登舰小队迅速出发，搭乘穿梭机靠近小型飞船。在突破对方的外层防御后，成功登上了飞船。

登舰小队在飞船内小心翼翼地搜索前进，一路上遭遇了敌方的顽强抵抗。但队员们凭借着出色的战斗技巧，逐一击退敌人。

最终，他们在飞船的主控室里找到了船长。令人惊讶的是，这位船长竟是一名被暗渊联盟洗脑控制的前联盟军官。在队员们的审讯下，他道出了惊人的真相。

原来，暗渊联盟残余势力并未放弃制造熵变灾难的野心。他们在泽塔星系的计划失败后，便策划了这一更为隐秘的行动。这艘小型飞船携带着一种特殊的“熵变种子”，一旦在合适的星球上释放，便会引发连锁反应，逐渐蔓延整个星系，最终导致熵变灾难。而欧米伽星团的这颗荒芜星球，正是他们选定的最佳投放地点。

“绝不能让他们得逞，立刻摧毁‘熵变种子’。”秦宇得知真相后，通过通讯频道向登舰小队下令……