在宇宙联盟严密监视“虚空之巢”，全力防范神秘生物的同时，对“黯灭病毒”的研究和防控工作也在紧张有序地进行着。新型杀毒程序的研发成功，让各个文明暂时松了一口气，但科学家们深知，这只是与病毒漫长斗争的一个阶段性成果，必须持续优化和升级防护体系，才能确保万无一失。

凌轩带领的探索小队在多元宇宙中奔波，试图从各个角落收集关于“黯灭病毒”和“虚空之巢”神秘生物的更多情报。在一次跨越多个维度的探索中，他们偶然发现了一个隐藏在古老遗迹中的神秘装置。这个装置散发着奇异的光芒，似乎与“虚空之巢”中那股神秘的能量波动有着某种微妙的联系。

凌轩和队员们小心翼翼地靠近装置，通过携带的探测设备对其进行扫描分析。随着研究的深入，他们发现这个装置竟然是一个古老的“维度通讯器”，它能够捕捉到来自不同维度的微弱信号，就像是宇宙间的神秘低语。

经过一番努力，探索小队成功激活了维度通讯器，并从中接收到了一系列杂乱无章的信息。这些信息以一种古老而晦涩的语言编码，凌轩等人花费了大量时间和精力，借助宇宙联盟的超级计算机和语言数据库，才逐渐破解了其中的部分内容。

破解后的信息显示，“虚空之巢”中的神秘生物并非来自当前的多元宇宙，而是来自一个被称为“黯影维度”的未知领域。在遥远的过去，黯影维度与多元宇宙之间曾发生过一场激烈的冲突，这场冲突导致了两个世界的部分连接点被破坏，黯影维度的生物也被封印在了“虚空之巢”这个特殊的区域。然而，随着时间的推移，封印的力量逐渐减弱，这些生物开始蠢蠢欲动，试图再次突破封印，入侵多元宇宙。

更令人担忧的是，信息中还提到了“黯灭病毒”的起源。原来，“黯灭病毒”是黯影维度的生物在那场冲突中研发的一种超级武器，旨在摧毁多元宇宙的文明根基。虽然在战争结束后，大部分病毒被封印，但仍有少量残留，并在宇宙中悄然传播，等待着再次爆发的时机。

凌轩意识到，这些信息对于宇宙联盟制定应对策略至关重要。他立刻带领小队返回宇宙联盟总部，将发现汇报给了艾丽西亚和议会成员。得知这一惊人消息后，宇宙联盟上下一片震惊。艾丽西亚紧急召集了各个领域的专家，包括科学家、军事家、外交家等，共同商讨应对之策。

科学家们提出，利用维度通讯器建立一个专门监测黯影维度的预警系统，以便及时掌握神秘生物的动向和“黯灭病毒”的传播趋势。同时，他们建议加大对多元宇宙间能量规律的研究，寻找能够强化封印、阻止黯影维度生物入侵的方法。

军事家们则制定了一系列军事防御计划，包括在“虚空之巢”周边建立多层次的防御阵地，配备先进的武器系统和强大的舰队。他们还提出了主动出击的策略，即在确保自身安全的前提下，对“虚空之巢”进行有限度的打击，削弱神秘生物的力量。

外交家们则积极联络多元宇宙中的其他文明，向他们通报情况，寻求合作。他们深知，面对如此强大的威胁，只有团结一切可以团结的力量，才能增加胜算。

在各方的共同努力下，宇宙联盟迅速行动起来。科学家们开始紧锣密鼓地构建预警系统，将维度通讯器与宇宙联盟的监测网络相连，对黯影维度的能量波动进行实时监控。同时，他们在实验室中模拟各种能量环境，研究如何利用多元宇宙的自然力量来强化封印。

军事方面，宇宙联盟集结了大量的资源，在“虚空之巢”周边建立了三道坚固的防线。第一道防线由自动防御炮台和能量护盾组成，能够对来袭的敌人进行初步拦截；第二道防线部署了先进的星际战舰和战斗机群，具备强大的火力和机动性；第三道防线则是由最精锐的特种部队驻守，负责应对突破前两道防线的敌人。