击退“熵变者”的进攻后，联盟迎来了一段短暂的喘息时机。云烬深知，这次胜利只是暂时的，“熵变者”随时可能卷土重来，而且宇宙中或许还潜藏着其他未知的威胁。因此，他决定趁此机会进一步巩固联盟，提升整体实力。

联盟加大了对科研的投入，在各个星球设立了多个前沿科研基地。科学家们围绕着对抗熵能以及提升宇宙航行能力展开研究。在对熵能的研究上，他们试图研发出一种能够主动吸收并转化熵能为可用能源的装置，这样不仅能化解熵能的威胁，还能变废为宝，为联盟提供新的能源来源。

在宇宙航行方面，科学家们致力于突破现有技术瓶颈，研发超空间跃迁引擎。这种引擎能够让飞船在更短的时间内跨越更遥远的距离，大大增强联盟的战略机动性和探索能力。经过无数次的实验和改进，超空间跃迁引擎终于取得了关键突破，进入了实际应用的测试阶段。

与此同时，云烬积极推动联盟的扩张，与更多的中立文明建立联系。外交使团穿梭于宇宙各地，向其他文明传达联盟的理念与愿景，邀请他们加入这个共同抵御威胁、追求发展的大家庭。许多文明被联盟的诚意和实力所打动，纷纷响应加入。

随着新成员的不断加入，联盟的规模日益壮大，不同文明之间的交流与合作也愈发频繁。为了更好地管理这个庞大的组织，云烬对联盟的管理架构进行了优化。他设立了多个专门的部门，分别负责资源分配、科技研发、外交事务等，确保联盟的各项事务能够高效运转。

然而，“熵变者”并不打算让联盟安稳发展。他们在暗中积蓄力量，对联盟的战略布局和科技发展进行了深入的侦察。经过一段时间的准备，“熵变者”发动了更为猛烈的反击。

这一次，“熵变者”改变了战术。他们不再正面与联盟舰队交锋，而是利用其先进的隐身技术，对联盟的偏远星球和科研基地发动突袭。这些袭击毫无征兆，让联盟防不胜防。当联盟舰队接到警报赶到时，许多星球已经遭受重创，科研基地的重要设备和研究资料也被破坏或窃取。

其中，对超空间跃迁引擎研究基地的袭击给联盟带来了沉重打击。“熵变者”不仅摧毁了大部分实验设备，还抢走了关键的研究数据。这使得超空间跃迁引擎的研发进程被迫中断，联盟在战略机动性上的提升计划严重受阻。

此外，“熵变者”还利用窃取的研究资料，对其熵能技术进行了升级。升级后的熵能武器威力更加强大，能够突破联盟现有的特殊磁场护盾。在一次战斗中，“熵变者”的新型熵能武器让联盟舰队遭受了巨大损失，多艘战舰被摧毁，人员伤亡惨重。

联盟陷入了前所未有的困境，民众开始对联盟的防御能力产生质疑，一些新加入的文明也出现了动摇情绪。面对如此严峻的形势，云烬感受到了前所未有的压力，但他深知，此刻绝不能退缩，必须带领联盟找到破局之法。

云烬迅速组织联盟的高层和专家们召开紧急会议，商讨应对之策。在会议上，气氛凝重，但大家都没有放弃希望。一位科学家提出，可以利用“熵变者”对联盟发动袭击时留下的熵能痕迹，反向追踪他们的老巢。虽然这个方法困难重重，但却是目前唯一有可能扭转局势的办法。