艾莉丝面临着巨大的压力，她必须在短时间内解决网络危机，恢复科研和军事系统的正常运行，同时还要抵御黑暗势力的进攻。她一方面与网络安全小组保持密切联系，了解对抗量子干扰虫的进展；另一方面，亲自指挥军事行动，制定应对黑暗势力舰队的策略。

网络安全小组经过一番艰苦的努力，终于找到了量子干扰虫的弱点。他们利用一种特殊的量子编码程序，对干扰虫进行反向攻击。这种程序能够识别干扰虫的核心代码，并将其改写，使其失去破坏能力。在网络安全小组的努力下，量子干扰虫的攻击逐渐被遏制，联盟的科研系统和军事指挥网络开始恢复正常。

在科研星球上，技术人员们在网络恢复正常后，迅速对能量波发射装置进行了全面检查和修复。经过紧张的抢修，装置终于恢复了正常运行，并且成功发射出了特定频率的能量波。能量波向着古老文明遗迹的方向传播而去，与遗迹内部的能量核心产生了微弱的共振。

然而，此时黑暗势力的舰队已经逼近遗迹。他们不顾联盟巡逻舰队的阻拦，发动了猛烈的攻击。联盟舰队奋起反击，双方在遗迹周围的空域展开了一场激烈的太空大战。战舰的炮火照亮了黑暗的宇宙，导弹和能量光束交错纵横。

艾莉丝亲自驾驶着旗舰，冲入战场。她凭借着出色的指挥能力和战斗技巧，带领联盟舰队与黑暗势力展开殊死搏斗。在战斗中，她发现黑暗势力的舰队虽然数量众多，但在战术配合上存在明显的缺陷。于是，她指挥联盟舰队采用灵活多变的战术，不断打乱敌人的进攻节奏。

与此同时，特别行动小组的成员们也在遗迹内部紧张地工作着。他们密切关注着能量波与能量核心的共振情况，随时准备根据变化调整方案。随着共振的不断加强，封印的力量逐渐被削弱，遗迹内部的一些古老防御机制也开始启动。这些防御机制对黑暗势力和联盟舰队都构成了威胁，双方不得不暂时停止战斗，躲避防御机制的攻击。

在遗迹的深处，一个巨大的能量旋涡开始形成。这个能量旋涡是封印松动的标志，也是遗迹力量即将释放的前奏。艾莉丝意识到，无论黑暗势力还是联盟，都不能让对方抢先得到遗迹中的力量。她果断下令联盟舰队重新集结，准备在黑暗势力再次进攻之前，全力突破敌人的防线，保护遗迹。

黑暗势力的首领暗影主宰也明白局势的紧迫性。他亲自率领着旗舰，冲向联盟舰队的核心区域。他企图利用旗舰的强大火力，一举摧毁联盟的指挥系统，从而扭转战局。艾莉丝察觉到了暗影主宰的意图，她驾驶着旗舰迎了上去，与暗影主宰展开了一场一对一的对决。

两艘旗舰在宇宙中激烈交锋，炮火和能量光束不断碰撞。艾莉丝凭借着高超的驾驶技术和丰富的战斗经验，巧妙地躲避着暗影主宰的攻击，同时寻找着反击的机会。在激烈的战斗中，艾莉丝发现暗影主宰的旗舰虽然火力强大，但在机动性上存在不足。她抓住这一弱点，驾驶着旗舰围绕着暗影主宰的旗舰快速盘旋，不断发动攻击。

在联盟舰队和艾莉丝的共同努力下，黑暗势力的舰队逐渐陷入了困境。他们的防线被联盟舰队突破，战舰纷纷被摧毁。暗影主宰见势不妙，企图撤退。但艾莉丝怎会轻易放过他，她带领着联盟舰队紧紧追击，不给敌人丝毫喘息的机会。

就在黑暗势力即将被彻底击败的时候，古老文明遗迹中的能量旋涡突然发生了剧烈的变化。一股强大的能量波动从遗迹中爆发出来，向着周围的宇宙空间扩散。这股能量波动蕴含着巨大的力量，足以摧毁一切阻挡它的东西。艾莉丝和暗影主宰都意识到，遗迹的力量即将失控，如果不及时阻止，整个宇宙都将面临灭顶之灾……