夏禹时期，巴国加入夏王朝，成为夏王朝的诸侯之一。华阳国志卷一巴志载：“会诸侯于会稽，执玉帛者万国，巴蜀往焉。”11

至此，巴国成为夏的统治集团的一个部分。山海经海内南经记载：“夏后启之臣曰孟涂，是司神于巴，巴人请讼于孟涂之所，其衣有血者乃执之。是请生。孟涂居山上，在丹山泸州丹山景区位于泸州市南114公里的叙永县境内，由分散的几个景点组成，总面积200多平方公里，为国家级旅游景点西。丹山在丹阳南，丹阳居属也。”竹书纪年也记载：“帝启年，帝使孟涂人巴涖讼。”

商代

这一阶段共分两层遗址第层文化层据碳十四测定年代数据为距今3520130年，相当于中原商代早期文化层;第层文化层相当于商代中、晚期夏末商初，巴作为夏的一部分，参与了夏与殷的斗争，起码在夏灭亡的时候，巴并没有成为商的同盟。山海经大荒西经记载：“有人无首，操戈盾立，名曰夏耕之尸。故成汤伐夏桀于章山，克之，斩耕厥前。耕既立，无首，厥咎，乃降于巫山。”巫山，即巴国所在，巴国收留了夏亡国后的遗民。

在商代，巴没有完全臣服加入殷nn，反而和殷发生过战争。殷墟文字记载说明，公元前13世纪的殷武丁时期，武丁和妇好都曾经征讨过巴国。

商代中、晚期

遗址第层出土的商代中、晚期文化遗物，以陶器为大宗，石器呈明显下降的趋势，陶器中以釜为器类之冠，占陶器总数的90以上，次为罐、钵、杯、豆、纺轮和坠。釜的器形大小不一，有夹砂灰褐陶、褐陶、黄褐陶等，饰有细绳纹、方格纹、蓝纹等。说明这一时期，随着生产的发展，制陶技术的进步，以陶釜为特征的代表物在早期巴文化中逐步占据其重要位置。

此外，在该地层中还出土了数量较多的卜骨和与生活相关的兽骨，卜骨用大鱼的左鳃盖骨制成，均有钻孔。钻孔大多为椭圆形、圆形和长方形，一般凿槽较深，有的已凿穿，烧灼痕迹明显，有的可看见兆纹。

西周

公元前1124年，巴的军队作为前锋加入了周武王伐纣的战争。也因此在周灭商后，正式成为周王朝的诸侯国之一，并入周王朝的疆域。华阳国志巴志称：“巴师勇锐，歌舞以凌殷人，前徒倒戈，故世称之曰：武王代纣，前歌后舞，也。武王既克殷，以其宗姬封于巴。”

春秋时期的楚国逐渐强大，驱赶巴国的疆域不断向西迁移。华阳国志巴志载：“巴、楚数相攻伐”“巴子怒，伐邓，败之。其后巴师、楚师伐申。楚子惊巴师。鲁庄公sbnn，巴伐楚，克之。”“鲁文公十六年，巴与秦、楚共灭庸。”“哀公sbnn，巴人伐楚，败于鄾。”

左传桓公九年：“文十六年即公元前611年以后，巴遂不见，盖楚灭之。”最终楚国夺取了巴国经济的根基：位于巫溪和清江的盐业基地。逼使巴都城也沿江向西迁移。华阳国志巴志：“巴子时虽都江州重庆12主城区，或治垫江重庆合川，或治平都重庆丰都，后治四川阆中。其先王陵墓多在枳重庆涪陵”