位于卑斯山脉的基金会总部被一个Apollyon级的异常体毁灭，剩下的世界各个城市的分部完全分裂。

Apollyon则是近几年出现的一个项目等级，这个等级只用于基金会完全无法收容，无法阻止，可能造成极大危害的项目

在分部和和收容设施中仅有少部分的异常体资料。

在总部毁灭之后，有些分部完全解散，而有些变成了独立研究组织，想要利用异常体让自己进化成为所谓神灵的邪恶组织

主角的辅助系统是一个来自平行宇宙的科技造物，由未知文明创造，它似乎有着某种目的，帮助主角收集各种异常体。