一年后，恰逢时机，事有凑巧，一并消除心头之患，且促成了徐阶的官威。一日，吏部尚书吴山奏请，在朝廷考核官员中，有山西巡抚李飞鹏在任上，敬业恪守，秉公办事，治理地方颇是勤力，要给予提升嘉奖。徐阶回忆当年这位巡抚出自严嵩门下，与严世蕃交往过密，后放任到地方接连晋升，吴山与其是同乡。徐阶经过了解，心中便不情愿，压下奏折。

过了一月有余，有几个言官弹劾李飞鹏贪污纳贿，生活奢靡，主政一方，竟是刻薄寡恩，私设规制律法，严苛赋税，百姓一片怨怒，并说李飞鹏乃是严嵩余党，离不开吏部尚书吴山推荐等等，其言之凿凿，证据十足。徐阶将这些弹劾奏折上报皇上，并将处理措施呈上。皇上对徐阶信任有加，批阅通过，让徐阶按律法处置。

经过查询，言官弹劾事实确凿，吴山包庇维护、任用贪官，就此贬低调任，李飞鹏落得罢官免职，抄家封门的处置。在此案中，又查出攀附严嵩的几个门生旧吏，例如大理寺卿等一并发配或免官。朝廷中人，这时看出了徐阶的做官老辣、徐徐图之的手段。有些官场油子趁机请辞，有些请求调离。

徐阶明白，虽然他身处高位，但是觊觎他、嫉妒他的大有人在，恩威并重，必须尽快将自己人进到内阁。他和次辅袁炜商议事务，共同办理。

他审时度势，权衡利弊，先后上书，将高拱等进入内阁，让御使言官们得到重用。徐阶上任首辅后，对严嵩搞得乌烟瘴气的官吏，深恶痛绝，他推荐严谟当了吏部尚书，整顿颓败已极的吏治。

为了扭转严嵩造成的“吏道污杂”局面，在他内阁里悬挂“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还诸公论”，他提出了三项要求，谈公事到吏部衙门，不得到他的私宅慎重选择吏部的中层官员郎中、主事，杜绝开后门、通路子，杜绝拿钱买官选拔人才不要拘泥于资格，即使是州县小吏，只要政绩优异，应该破格提升。

在他的努力下，大明逐渐改变了先前官吏的状况，出现了焕然一新的面貌。这与徐阶的大力支持是分不开的，自此代表着一股清明的政治风向蔓延开来，文官言路广开，直言上书武将抗倭围寇，心无旁骛内阁各斯其职，各尽其责，六部尽心竭力，监察御使责无旁贷，大明王朝由此慢慢焕发出了生机。

嘉靖皇帝现下心里不舒服了，他要修建道馆。徐阶说道“陛下，现在刚修缮大殿和万寿宫，费了不少银两，山西又发洪水，灾民安置需要颇多费用，户部已经拿不出多少银子，陛下请暂不考虑。”嘉靖皇帝不悦，心道这个徐首辅，真是个抠门，朕不过就是给道士修个道馆，至于那么多吗？

嘉靖皇帝不语，过了数日，嘉靖皇帝又要增加宫中开支，那个尚美人，嚷着衣衫旧了，首饰少了，要换些簇新的，其他妃嫔也在吵着换些装饰，可找到了户部尚书，户部尚书哭丧着脸，说道“皇上，臣这个户部尚书做的战战兢兢，户部库银捉襟见肘，哪里有银两拨款啊，前方边疆士兵现在十一月的天气，还穿着单衣，臣急得几日都吃不下饭，嘴里起泡，夜不能寐啊。”

嘉靖皇帝面沉如水，说道“我大明国库，难道一点库存没了？若是这样，朕要拿你是问！”户部尚书立时跪倒叩首，说道“皇上，臣当了这个尚书，呕心沥血，使国库丰盈，无奈前期亏空太多，有了些银两，也不够救急啊，臣心力憔悴，大明用银子的地方太多，这些日子，臣盘算有一部分税收银两，赶快拨发下去，让士兵们有棉衣过冬，灾民们能在冬季有饭吃。”嘉靖皇帝点头作罢。