朝议改元中平。
太祖开府，拜韩当为卫将军属司马；吕范为卫将军长史；娄圭、戏忠为卫将军从事中郎，王修、枣祗为卫将军令吏，魏越为领官骑。时河内屡遭匪患，闻太祖至，盗贼逃匿，士民鼓舞，沿途见白马辙箪瓢迎之。太祖素闻河内司马直有贤名，即往访之，相谈甚欢。直荐张氏三子范、承、昭，及常林、韩玄、杨俊、王象、韩浩、方悦、郝萌、赵咨、司马朗等，太祖皆辟之。一时俊杰毕集。官寺之中，芝玉遍植；廨房之内，琳琅满目。太祖坐而观之，大喜曰：“河内英杰，尽入吾彀中矣！”
居数月，河内将治。而洛阳南宫罹于祝融，灵帝诏天下纳修宫钱每亩十文。太祖不豫，然尤勉力为之。不数日，又诏各州郡发材木文石，部送京师。太祖大怒，欲抗其乱命，忽闻河北黄巾复起，前钜鹿太守郭典战殁。又闻朝廷迫司马直为钜鹿太守，直不忍为，至孟津，仰药而死。太祖急驰孟津，于河上逢公孙范，言刘宽已薨，后事尽托太祖，有遗书予之。太祖奉书泣涕，乃入洛求辞，灵帝许之。太祖于是遍售洛中产业，得千金，尽沽美酒，言刘师好酒，请往吊者俱饮一觞。扶灵至孟津，将别，与众割瓶对饮，誓不出一文钱买官，而终将复还，廓清朝廷。时袁绍在侧，闻而大异之，遂以太祖为劲敌。
太祖往葬宽王屋山下，已毕，自北返辽西，常林、韩浩自请从之。遗卫将军印绶于洛，灵帝遣使追而与之。凡三次，乃受。行至赵国，流民多识白马义从，遂尾随从之，至于逾万。太祖不忍弃之，分义从护之缓行而北。至广阳，从者愈多，太祖虑其老弱者众，不耐辛苦，遂改至昌平屯田，于其地立卫将军府、白马义从驻地及私学。与吕范以下皆自劳作，骈手胝足，夙兴夜寐。抑制豪强，清丈田亩，查察隐户，编练什伍，三年而其地大兴。名士沮宗、杜畿、京泽等，俱往投之。
太祖居广阳，闻凉州反复，傅燮殉难，常自喟叹。稍倾，冀州刺史王芬以许攸为使，言废立之事，太祖怒而斥之。及攸走，太祖临星河而叹，左右或知其意，俱劝：“天子昏乱，遂令君侯不容于朝。今天下已叛，而兵不足自守，幽州乡里被君恩德，愿必从之。当安居广阳，率厉义徒，见有道而辅之，以济天下。”太祖大叹：“天子固昏，然关西之乱，傅南容何辜？王芬之悖，冀州百官何苦？兼两地黔首，固多牵累，当有所为。”左右遂止。
中平五年，冬，大将军何进以信与太祖，言失兵权，或碍诛宦事，太祖闻之，自引私兵轻骑至河内，洛中北军、西园多太祖旧部，纷纷来谒。洛中宦官闻之，乃语于灵帝，以诏付司隶校尉张温，使其诏太祖入洛。及至，太祖悬剑于辕门，张温见而叹之，竟羞惭而走。十月，灵帝阅兵平乐观，终不能胜，进乃重掌兵权。
十一月，凉州贼十万入三辅，直逼长安。进以贼悍，非名将不可胜，乃雪夜过河往请太祖。感其诚，许之。遂拜太祖为将，诏发三河五校，整军两万余西讨。闻太尉府兵曹掾贾诩善谋略，征为军司马，掌军律。五校阉宦子弟泰半，闻太祖为将，咸恐。至函谷关，有赵忠族弟赵延聚将不至，太祖持节立斩之。军中震动，遂使如臂指。至雍县，合皇甫嵩、董卓军，立营汧水。坚壁高垒，固守不出，唯多发斥候日探贼动向。
中平六年正月，太祖知贼挫于陈仓，月余不能下，粮尽思退，遂整军至陈仓东立营。时吕范急信至，言幽州乌桓、鲜卑作乱，隔断辽东，张举占管子城僭称天子，太祖默不外传。自与嵩、卓约贼首韩遂、马腾、王国等相会，定以明日交战。临别赠信于遂，行反间之计。初十，以徐荣统全军骑兵，吕布领白马义从为锋，一阵而破贼，斩首逾万。又先遣韩当率两千骑断敌之后，驱贼至渭河。贼蜂拥履冰渡河，冰破，陷死者数千。余众乃降，可三万余。侥幸走脱者不足万数。太祖以贼性恶而畏威，乃行十一抽杀之惩。锤杀贼首王国、李相如、成公英等。韩遂等隔河望见，肝胆欲裂，终生不敢复东。事毕，太祖即委全军于嵩，携白马义从疾返幽州。临行，问将来于诩，诩曰：“君侯若迟至，可自冀州转河内；若早，何妨行于并州。”太祖然之。
关中既安，朝廷以功赐太祖节杖，使统幽州塞内诸郡及中山、常山郡武事。二月，太祖至范***知敌情，乃大发幽州五郡精骑，自率义从至卢龙塞。丙辰，灵帝崩。
三月，太祖以高顺领本部三千为前锋，魏越副之，自将七千骑为中军出塞。一战而下管子城，俘张举，斩首传示幽州。闻柳城空虚，乃留顺守城，自引军渡大凌河，欲急取之。行未半，忽有段部鲜卑遣使来报，告乌桓单于丘力居引兵两万伏于小凌河东，正星夜而来。时众篝火啜热汤于野，咸失色惊立，汤流满地，唯太祖不动容，徐徐啜引，复举碗曰：“此碗可扣贼！”众迺安。太祖以敌众我寡，乃回渡大凌河，欲与顺合军。贼急追之，战于河畔，稍不利。赵云时为曲长，见事急，率本部十八骑并力冲阵，凡七进七出，斩将搴旗，当者披靡。俟汾黑獭助之，遂溃敌阵。魏越、韩当、娄圭等，亦相继来救。丘力居料不能胜，退返柳城。适大雨，太祖料贼必不备，率一万五千骑缀其后，夜袭柳城，拔之，俘斩丘力居。赵皇后父苞时为辽东太守，亦发兵击破辽东乌桓，追斩敌酋苏仆延。乌桓遂平。朝议谥灵帝曰“灵”，改元光熹。
四月，丘力居子楼班引鲜卑轲比能一万骑往攻柳城，太祖大破之，斩楼班。乌桓王裔断绝，遂迁其各部，建辽西三卫，编户齐民，各施赏罚。乌桓自是归心，为太祖前驱凡数十年。
太子辩即位，太后临朝。大将军何进与袁绍谋诛宦官，太后不听。进乃召边军三路，募兵五路，又欲以太祖为后援，镇压局面，以胁太后。书至辽西，太祖见而笑之曰：“阉竖之官，古今宜有，但世主不当假之权宠，使至于此。既治其罪，当诛元恶，一狱吏足矣，何必纷纷召外将乎？欲尽诛之，事必宣露，恐吾未至而见其败也。”未几，十常侍果刺进于南宫嘉德殿，洛中大乱，各相攻杀，事在《后汉书》。唯公孙越引兵护进家眷至河内，保其苗裔。
太祖自塞外返，至沮阳，大宴幽州诸功臣、两千石，兼会州牧刘虞。虞自虑柔弱，遂委州政于太祖。
七月，太祖闻董卓暴虐，擅行废立，鸩杀太后，乃于常山会盟，誓言讨之。河北诸郡守多至，公推太祖为盟主。田丰闻之往投，献策自并州取洛阳关中，太祖喜，拜为右军师中郎将。遂以吕范留守，程普佐之，自将兵两万讨卓。时袁绍亦于酸枣会盟讨卓，中原诸侯多从之。陶谦于徐州会盟，淮扬诸侯多从之。卓闻之恐，有迁都关中之念。
并州五原、云中、雁门、定襄诸郡，闻太祖至，皆如拨云见日，纷相投效。唯匈奴伪单于须卜骨都侯纵兵抢掠，遮断道路。太祖于马邑大破之，俘杀须卜骨都侯，驱余部于河西。腊月，至太原，太守杨终恃晋阳坚城，欲相抗，城中名族临阵倒戈，杀之而献城。
朝议改元初平。正月，匈奴单于于夫罗等，囿于上党，感太祖正位之德，率部往投，太祖仍以其统领本部。上党太守张杨，骤失匈奴助力，遂献其郡于太祖，南下河内。公孙越等本困于河内，乃经上党至晋阳诣太祖。太祖见而大喜，留越守晋阳，令牵招守上党，自整兵出河东，往讨白波贼。其贼黄巾余孽也，太祖既思速平之，又虑其避战。河东名士卫觊献策，当以势相迫，逼贼来攻。太祖纳之，聘其为幕属，于高粱亭立营，多以斥候扰贼之后。
二月，贼果聚众十万往攻，太祖先出全军骑兵两万，逆攻之，全歼贼骑可万余。又以高顺部守营，多设壕沟鹿柴，贼自午达昏，死伤枕籍，终不能下。日暮，太祖出营，引众汇骑兵两万众亲列阵于东，其军阵严整，盔甲耀眼，迎夕阳夺目，宛若天神，贼军望之悚然。太祖见贼震动，乃令全军欢呼，既停，不鼓，直引众向前，贼阵望旗帜动摇，未及十步，猝停，贼乃恍然惊疑，而阵型渐溃。如是再三，贼全军震动，左右离散。贼首郭太遥而望之，知不可为，亦明太祖心意，乃自戕，并使亲卫匣其首以降。太祖检查降将，劫掠乡里者杀之，骄横不法者罚之，品行端方者慰之，众心乃安。遂合其兵，临茅津而窥河。
初，卓闻太祖将至，于是悉烧宫庙官府居家，尽徙洛阳人数百万口于长安，步骑驱蹙，更相蹈藉，饥饿寇掠，积尸盈路。二百里内无复孑遗。及太祖至茅津，卓亦至。太祖隔河悬赏，曰杀卓者，赏千金，封列侯，留全尸者，加赏十文。卓大怒，然终无能为，遂西入关。留吕布、贾诩守桃林塞，张济守蒲津，牛辅、李儒守陕县。太祖自渡河，策反旧部徐荣、张辽等，杀辅、儒。
五月，太祖分娄圭、田丰、韩当等攻蒲津，自引偏师至桃林塞。圭等苦战竟日，赖徐晃偷渡采桑，六日奔袭二百四十里，破三城，克蒲津，斩张济。贾诩闻蒲津战事，诱吕布往救之，自献关于太祖，又谏当以轻兵奔袭郿邬，先擒董卓。太祖然之，留步卒守关，自率七千骑急进，过长安而不入，五日而至郿邬，围之。以张辽为别部司马，领骑兵两千，立营五丈原，阻其援。卓部将王方自散关回救，辽夜袭其军，杀方，送其首入邬。
卓既被围，关中人心遂附太祖，旬月之间，竞相来投。诸将亦各破敌来援，成廉魏越等斩卓弟旻，函其首入邬。凉州马腾、韩遂闻旻死，递表请降，出质子为义从，太祖纳之。卓观邬外围愈厚，又闻太祖送霸王断刃入邬，则其往昔并州时所赠也，悟终不得免，而太祖欲全其家，乃使貂蝉刺己。太祖入邬，见而奇之，遂纳之，即任夫人也。又以凉康王平与卓孙女白约为婚姻，而传卓首于三辅。
太祖讨卓毕，回军长安，百官道迎，诏觐见汉帝。太祖乃于未央宫前鞭挞天下，数灵帝无道，阉宦祸国，公卿腐败，世族虚伪，豪强兼并，边将跋扈，众皆愧，无敢抗者。太祖曰：“自今日起，鞭笞天下、抚士安民，我自为之！”。居长安数月，发《求贤令》，拜荀攸为后军师中郎将；收董卓所铸劣钱，改铸新钱；度田查隐，抑制兼并；以工代赈，接济百姓；裁汰冗员，减抑军需。关中气象，为之一新。蔡邕女昭姬，素慕太祖，观新政，曰：“此真英雄也！”乃夜奔自荐，太祖纳之，即蔡夫人也。
正月，朝议改元建安。有故人田楷往长安谒太祖，太祖大喜，加骑都尉，并邀住卫将军府，同榻而眠，见孝庄皇后。楷初小心，渐松，遂阔略无上下礼，与太祖言，至于呼字。庞德为义从长，怒，请杀之，太祖不从，曰：“公直固少年故人也，乡人旧友，同郡为吏，何至于此？”德出，与张既、京泽等言，泽曰：“当示之以威礼。”明日，太祖于明光宫大会三辅诸将、官吏，论及河北战事。楷本无召，既虚言邀入，及入光明宫，见公卿无数，俱肃容列坐，庞德引义从军，京泽引虎贲军，并披挂环列宫内外，而楷之位居于边角。楷遂大惊，乃知太祖宽宏，自后益尊事太祖谨慎。
初，袁绍以讨卓事，自表为车骑将军，立盟于酸枣，多合中原诸侯。绍外宽而内忌，不务西讨而专意兼并。期年之间，死鲍信，迫刘岱，逐孔融，囚张邈、张超，杀桥瑁、臧洪，并吞其土地部属，遂至坐大。于是逐冀州牧韩馥，破渤海太守公孙瓒，收沮授、辛评、辛毗、荀谌、郭图、于禁、张郃等文武之属，有意于河北。朝廷下诏，斥其为国贼。绍闻诏，曾不稍改，又围审配、关羽于邯郸。太祖怒，遂将军自并州返河北讨之。绍军围邯郸，急切不能下，而羽背城立寨，每出必有斩获，杀伤甚重，绍军士气少沮。绍乃留两万军困邯郸，余部至梁期休整。