五大国
木叶村火影
初代目宇智波斑二代目宇智波泉奈三代目志村团藏四代目宇智波富岳五代目大蛇丸六代目宇智波带土七代目宇智波佐助
砂隐村风影
初二代目与原版一致三代目千代婆婆四代目蝎的父亲五代目蝎未完待续
主线剧情
在终结谷之战中，宇智波斑战胜了千手柱间，成为火影泉奈也用照重伤千手扉间。千手扉间死前将飞雷神等禁术传授给千手柱间。宇智波斑本以为以一只眼睛被弄瞎的代价杀死了千手柱间，其实柱间顺走了写轮眼，开始躲在暗处。
宇智波泉奈在与金角银角的战斗中使用须佐能乎消耗过度，阵亡。
柱间想用木遁配合阳遁造一只木人军队，恢复千手一族的荣光。在一次木遁实验中，他意外地发现霖底下钻出许多白绝，为首的是一只漩涡脸的白绝。漩涡脸白绝自称是柱间的意志，帮助柱间开启了轮回眼。死前，柱间发现了三个战争孤儿我爱罗，手鞠，勘九郎，并将轮回眼移植给勘九郎。
为了让后人继承自己的意志，他暗中实施了一系列计谋。他试图将野原琳改造成人柱力，宇智波富岳班的带土却忍痛杀死了琳。卡卡西见到了世界的阴暗。后来卡卡西濒死，将木叶白牙的祖传神刀交给带土，“我快要死了，但是，还能成为你手中的刀继续为木叶而战。”
柱间救下了卡卡西，给他移植了白绝身体，交给他木遁秘术。从此他化身面罩男，以柱间的名义行走忍界。
风影村与木叶村的战争中，木叶白牙杀死了四代风影。手鞠不忍见到乱世战争的局面，创立了晓组织。千代婆婆不能包容晓组织的发展壮大，逼迫勘九郎杀死手鞠。手鞠撞上手里剑，满足地死去。勘九郎的轮回眼爆发，消耗了大量生命力，击退了千代婆婆，逃到雨隐村，利用自己高超的傀儡术制造了六道佩恩。
志村团藏一心除掉木叶漩涡，波风，千手等家族的势力。他派出暗部的波风面麻。波风面麻见到波风水门与玖辛奈跪在家中，“面麻是温柔的孩子，这是你自己选择的道路。鸣人就交给你了。”面麻痛苦不已，后来成为了木叶的叛忍。面麻与卡卡西几乎消灭了几大家族。
卡卡西用木遁操控九尾袭击木叶村。宇智波富岳大战面罩男柱间，最后与宇智波美琴双双牺牲，将九尾封印到佐助的体内。
佐助与鸣人，春野樱成为了宇智波带土班的学生。与他们一起的还有木叶强们。其中有猪鹿蝶组合。野猪丁次，有着与外貌符合的外号，擅长影子忍术，可以凭借自己的怪力与影子操控敌人。蝶井野，同样因外貌得名，拥有能大大提升战斗力的蝶化术。鹿鹿丸，擅长攻心，有心转身之术等秘技。
在中忍考试，佐助，鸣人，樱遇见了强大的对手与战友砂隐村的傀儡师蝎，一尾人柱力长门等人。此时，木叶村的危机已经来临叛忍纲手、静音归来。
纲手在灭族后隐藏姓氏，暗中研究泉奈留下的秽土转生，蛇通灵术与附身术。她与蛙仙人自来也，蛞蝓医生大蛇丸大战千代婆婆，得到了三忍名号。
大战一触即发。团藏见到了久别的弟子纲手。纲手拉开脸，露出男饶相貌。他惊诧到自己的弟子竟然有如此惨无壤的禁术。纲手召唤了一二代火影斑和泉奈。团藏与貘艰难应战。泉奈使出了幻术月读。在一片幻境中，团藏做出来决定。他对纲手道，“这是你从未见过的秘术。”团藏以里四象封印吞噬了一二代火影。他即将封印纲手之时，看到的确是纲手那张稚嫩的脸。他心软了，仅仅封印了纲手一双手。
“只要有树叶飞舞的地方，火就会燃烧。“团藏牺牲了。
鸣人跟随纲手训练风遁，进展神速。谁知，纲手觊觎鸣人和面麻查克拉巨量的身体已久。她正准备占据鸣饶肉体，鸣人立即用与面麻一脉相承的螺旋丸反击，杀死了纲手。静音带着纲手剩余的禁术产物逃遁。鸣人为追寻哥哥面麻的脚步，加入晓成为叛忍。
在雾隐村，面罩男柱间用木遁植入细胞操控了水影鬼鲛，从此雾隐村笼罩着一片血雾。叛忍矢仓加入晓。面罩男与勘九郎要求抓捕三尾鬼鲛。在此次战斗中，矢仓与面麻齐心协力。其实矢仓是面罩男设下监视面麻的间谍，他们却阴差阳错成为了生死相伴的搭档。
鸣人在当年灭族的遗迹见到了久别的面麻。面麻大笑，”我愚蠢的弟弟呦，你终于来了。“两人用螺旋丸大战，面麻却使出了新的招式风遁手里剑。他几乎战胜淋弟，身体却支撑不起风刃对自己身体的切割。“只要是人都是依靠自己的知识与认知并且被之束缚生活着的，那就叫做现实。但是知识与认知是模糊不清的东西，现实也许只是镜花水月，人都是活在自己的执念中的。”他吐血而死，将飞雷神咒符留给了鸣人。
岩隐村大野木的弟子迪达拉为追求创造一切的艺术，潜心学习土遁。而黑土却脾气暴躁，用泥水遁术四处破坏，被逐出村子后加入了晓，追随勘九郎，“我的艺术就是熔遁的奥义，和大叔那种让人吃惊的人偶喜剧从根本上就是不同”。她在砂隐村与雨隐村交界处实施抓捕一尾长门的任务。长门为守护村子，被抓捕后抽出尾兽。此后，山椒鱼半藏以己生转生复活了长门。
自来也知晓勘九郎准备抓捕佐助体内的九尾。他让佐助留在妙木山，只身一人前往雨隐村。
我爱罗乘着沙子，飞到了自来也的头顶，向自己当年的老师宣告，”佩恩是这里的神。”转瞬间，自来也以法针千本击落我爱罗。随后，他见到了那一对象征着命运之子的眼睛。他第一次与这般强敌交战，也是最后一次。死前，他目睹佩恩傀儡一个个重新站起来，为首的是手鞠。“手鞠，你拿了勘九郎的轮回眼吗？”他如梦初醒，将情报交给木叶，沉入海底。
木叶众人与佩恩苦战。带土连用神威力竭而死，木叶村血流成河。佩恩恶狠狠地盯着大蛇丸的眼睛，“让世界感受痛楚！”一举踏平木叶。此时佐助犹如神兵降，以新学会的仙术查克拉须佐能乎连战四道佩恩。道佩恩却一转攻势，将佐助插在地上。他看着一旁守护他的雏田，中二之魂熊熊燃烧。
佐助觉察出道的秘密，他再次用处了自己的独门秘技多重狮子连弹，一举击败道。
我爱罗带着勘九郎和手鞠的遗体，准备用沙子埋葬他们。面罩男突然杀出。我爱罗早有防备，“我知道你的刀法的破绽。六千亿吨砂石！”面罩男有些慌张，“可恶，神速刀法在沙子中无处施展。”
一刹那。沙子凭空消失。面罩男身上的飞雷神术式也逐渐暗淡。我爱罗倒在血泊中，被染红的沙子随风飘回他们当年和自来也一起住的屋子。
猿飞日斩蓄谋已久，用黑暗行之术逼迫三船认可自己成为火影。面对大闹会场的鸣人，他波澜不惊，揭开了缠身的纱布，竟然是一胳膊的飞雷神术式咒符。鸣人用多重影分身将日斩包围，却发现自己的分身在快速减少猿魔正用金箍棒在分身堆里一阵乱敲。猿魔以为自己敲中了猿魔，谁知那是一个风遁分身，将猿魔吹上了。鸣人用手里剑射向日斩，他却忽然消失不见，从旁边瞬间出现。
日斩发现了在一旁观战已久的柱间。他的黑暗行之术还不能使用，而自己已经没有选择的余地了。
“你是沐浴着阳光的木之叶，而我是埋在黑暗中的根。尸鬼封尽！”
面罩男身上忽然散发出剑气，像一阵风般带走了鸣人。