就在上杉政虎歼灭佐渡一向一揆众的四千五百余军势后，趁胜迫降固守在杂太城的本间总领家，使得为祸一方的佐渡一向一揆众被悉数平定。这时，仍然没有降服的就只有据守在久知城的久知正泰和久知泰時父子二人了。

如今久知正泰与其子久知泰時蜷缩在久知城这一隅之地避难，显得非常的落魄。

然而越后上杉军军势盛众，抱着必定灭亡久知本间家的决心气势汹汹袭来，久知本间家的灭亡，几乎只在咫尺之间。

天文十五年，九月十五日。上杉政虎率一万余大军攻入加茂郡贺茂郡，久知正泰惊恐万分，他自知越后上杉军兵强马壮，久知本间家将难以匹敌，急忙派遣使者前去与自己长期交好的河原田贞兼处，乞求透过他来向越后上杉军投降。

然而，河原田贞兼可不想被上杉政虎怀疑勾结佐渡一向一揆、本间总领家、久知本间家等敌对势力，立即斩了久知正泰的使者，不作出任何答复。

而困守在久知城的久知正泰迟迟得不到河原田贞兼的答复后，只知无法得到越后上杉家的宽恕，便以麾下仅存的最后的两百余军势，主动出城于天王川一带与越后上杉军的先阵长尾景信部进行交战。

结果，久知本间军毫无疑问地寡不敌众而大败，久知正泰和久知泰時仅率十余人逃回久知城中进行固守。长尾景信趁着大胜顺利攻破久知城二之丸的大手门，并且对久知城本丸攀牒猛攻，杀伐声不断。

坐困愁城的久知正泰登上箭橹，凭栏眺望，最后望了一眼佐渡加茂郡的土地，在这片土地上，他曾经为之奋斗，为之防守，交兵潟上，抗斗上杉，如今皆已化为风烟，成为过去。久知正泰与其子久知泰時回到本丸的寝殿里，拿出早就准备好的短刀，切腹自尽。在室外喧扰的交战声之中，久知城亦宣告陷落。

而向杂太郡北方金北山逃去的下尾佐渡守，在途径河原田本间领时，被河原田本间家家臣赤塚直宗所搜出并斩首，其首级也随后送至越后上杉军新本阵所在地的杂太城。

之后，上杉政虎便对佐渡三郡领地划分的做出了这样的安排：

羽茂高信领有羽茂郡羽茂城一千石知行地，原先旗下羽茂本间六人众领地全部没收；

河原田贞兼由于先前对蓼沼右京亮、羽茂高信等越后上杉家一方诸将见死不救，拒不发兵救援，导致蓼沼右京亮阵亡，故而减封原先所领有中原、石田、片贝、二宫、一谷、青野、窪田、真光寺、泽崎、神田、永野等地，领有河原田城周边五百石知行地；

潟上秀敏先前主动加势蓼沼右京亮所部，以及此次佐渡征伐之中表现活跃，故而从原领加茂郡潟上城八百石知行地转封至越后蒲原郡加茂要害城，领两千石知行地；

原河原田本间家家臣赤塚直宗讨取为祸佐渡三郡已久的一向一揆首领下尾佐渡守，因功受封越后蒲原郡燕馆五百石知行地；

旗本众山田长秀受封加茂郡久知城一千石知行地，担任两津凑凑奉行、加茂郡郡代；

枥尾众大河户忠繁受封原河原田本间家旧领杂太郡泽根城，领两千五百石知行地；

枥尾众渡边纲景受封羽茂郡赤泊城，领三千石知行地，担任羽茂郡郡代；