上元功，也分九式，故又称之为中九段。中元功练习纯熟（约一百二十天），感到身心受益后即可加修练上元功。古时真言说：“子欲不死，修昆仑”，即此玄门中之修昆仑法也。其动作亦极简易平实，而功效则无穷，惟持之以恒最为重要。这与初九段相同，都是养生日用功夫。
前面所述中元功，皆系卧式为主用；而此篇所述上元功，则是以坐式为主用。如果不会跏跌打坐（盘脚打坐）的，也可采取方便的坐姿。只是必须要用硬凳，其高度以过膝以上大腿，能与膝齐平为度（类似站桩高度）。然究以跏跌坐为殊胜，故以逐日徐徐练习，渐次加长时间，并先用半跏跌坐（半盘坐），而渐至用全跏跌（双盘坐）为宜。跏跌坐，坐床上亦可练习。
中元功练完，就大休息片时，以息心宁神养气颐真后，不可贪睡。以此时易生睡意，常使人不知不觉之间，而悍然入睡乡者。道家修炼入定的，有炼睡魔之诀，切戒贪睡荒功，就行静定之功，待心无一念时，即易睡去也。没有睡意，即宜坐起行功，不必久休。本功主在昆仑及背部。分述如下：
第一段：跌坐片时，待心定神怡时，即用两手互搓极热，以两掌心擦左右两腰俞穴（又称背精门），约十数次（宜袒上衣，使肉贴肉，皮贴皮为要）。再搓再擦，共行九之二十四次为度。此为双擦腰俞穴法，又名擦内肾法。并以“神宜随手，心不外驰”为诀，此则以下各段均然也。
第二段：两手互搓极热，并擦尾闾穴，上下行之，下行以手指擦至尾骨止，上行以两掌能擦至夹脊关止。上行时间手即分，下行至尾闾穴时，两手又并。每擦热一次，约擦摩数十次，共行九至二十四次为度。此为双擦尾闾夹脊法。此二段功，可壮内肾，祛腰疾，实髓充神，助阳生精，亦即外修督脉法也。
第三段：两手结三昧印（右手掌仰放左掌上，两大拇指相拄），背脊竖极直，而行摇转玉颈之法。其法先将头向前下俯，自左向右转十二次，复自右向左转十二次，再前后俯仰十二次，左右偏弯十二次。然后以两手十指捏揉全部玉颈（此法乃运动颈神经丛、甲状腺，并防食道癌及甲状腺肿瘤等诸病）。
第四段：用两手捧头，十指张开，大拇指在后脑上，余四指在前脑大脑部，指头微微用劲，由前向后捏拿整个昆仑玉劲，自额上发际起，及后脑接近颈际止，均匀捏拿按揉之。由前按至后，各指约十余次，使两手之前四指能按捏之后脑与大拇指会合为度（按：大拇指亦须行按捏之功，非固定在一处也）。此为一回，再如起手式，反复施行，以九至二十四次为度。
第五段：姿势如上，惟改捏拿按揉，而用弹拍叩击之法，每次均以不轻不重分行满玉顶为度。亦以九至二十四次为满段。其法为弹用手指，拍用全掌，叩用指头，击用拳脚。行时切忌用劲使力，斯为至要。轻则为功，重则为伤。不轻不重，即为适度。
第六段：以两手搓极热，捧烫颜面，十指朝上，指尖约与颜齐，两掌接并于鼻，而分行向左右擦摩之，至耳后止，每回约五至十次，再搓再擦，共九回止。再照同法自下逆擦之，手掌至额时，便分行向左右擦之，数亦如上。务使全面都能均匀擦揉为度。其中，并宜酌加按捏之功。
第七段：以两手擦极热汤两眼（宜闭目），并分行向左右摩至耳止，反复行九至十二次为一回，共九回止；再闭目用运睛法，上下左右缓慢运转，反复各行十二次止。再行鸣天鼓法（两手抱头后方，掩住耳朵，十指叠交中指，鼓打后脑）二十四次。
第八段：两手结三昧印，澄心默坐，存神泥丸。本段功法为先耸一下右肩，次耸一下左肩，再两肩齐耸一下为一回。两肩齐耸一动，务使脑神经中枢感受到轻微之震波，而直到脑皮质神经，共行九之三十六回止。此法两肩及上背部与脊髓，均各受益。
第九段：默坐澄心，凝神寂照气穴，片时便觉气透尾闾，上夹脊，循玉枕而达泥丸。即存神于泥丸，使元气氤氲满顶，遍及头面，渐即与髓海之气融和为一，继行周天法。此时，最易忘人忘我无思无虑，身心寂然为合度。其时间之久暂不拘，惟以一炷香为最宜。
而后就是练下元功了。
下元功，原抄本略有残缺及虫蛀也不全了。就其大体言，不外乎是内炼外炼，与自养气与彼养气这四方面而已。精微处在于重自养而不重彼养，重内炼而不重外炼，属于正宗，能保仙家风范于不坠。
还有一篇只有个标题叫神元功，内容却全都缺佚了。不知是不是要如内视之法般达到“炼神还虚”，“炼虚合道”那般。可能炼成后就可达羽化之境了吧！
我看到此，又不由摇了摇头，说了声“可惜！”。这一功法，倒是内外兼顾，按摩拍打等诸般手法都用上了，对普通筑基之人而言，甚为比较有效，的确能达到益寿延年的作用！若练到神元功境界，还真可能使人长生而羽化升仙也说不定。但可惜最高心法却缺失了。不知是本身就没有还是因为一些特殊原因失传了！只是从现存的这些来看，顶多能练到混元一气之境而已，已不大适于我这阶段修炼了。
不过，我却好奇根本没有在其中见到多少太极玄功的影子，只有用手揉肚子丹田处如太极阴阳鱼般有些相通，但也是外面揉揉而已。看来，张三丰还真没咋把太极玄功给流传下来。他倒是说留给了武当派的，但也留得太简单了些，让那些门人何从去悟嘛？当然，或许可贵之处正在于此吧！我咋就那么随便地悟到了呢？所以，法传有缘人也是个道理！
至于此长生功为何以太极冠名，但武当派却无此功法，我就不得而知了！是不是正是因为揉肚子手法要像太极图那般的原因哟？
让我感到好笑的事，一般气功练了，皆会清心静气而克制欲念。而此功练了反而会出现外阳勃举，这倒使我搞不懂它是何人因何目的所创的了！