两三千年前，广东的南越族群又分化出了西瓯族群，并同广西土着雒越混合发展成了壮傣族群的祖先，而广东的南越和福建的闽越则渐渐演变成了侗水族群。

长期以来，岭南少数民族的起源，一般都认为与百越和苗蛮有关。在发展成民族的过程中，百越出现了多元化的情况，其中一部分经过多次分化和聚合，逐步形成了中国南方壮侗语族中的壮、傣、布依、侗、水、仫佬、毛南、仡佬、黎等少数民族，另一部分则在不同的历史时期融合于华夏民族和汉民族，成了汉族的组成部分。因此，可以说，现在中国岭南壮侗语族的各民族以及东南亚一些民族，都与百越有着一定的渊源。

分子人类学研究对百越的基因分析不仅证实了澳、傣、蕃三部分群体遗传结构非常接近，具有整体性特征，而且还证明了苗瑶与侗傣的联系也比较常见，只不过二者之间的联系少于东南汉族与侗傣。但是，在大部分根部分支上，苗瑶和侗傣并没有分化。可以推断，这些族群分化的分支都在3万年以内，基本是2万年上下；较大的分支基本没有晚于1万年的，末端的小分支则会在1万年之内。

可以说，分子人类学的研究指明，岭南民族祖先大约形成于3万年前的北部湾一带，并且与五六千年前已出现的百越有着同源关系。

这项成果认为壮侗语族中最古老的民族是黎族，并且通过分子人类学研究进行了论证。分子人类学研究表明，2万年前黎族始源, 保留着最古老的O1单倍群结构，其出现时间远早于壮族祖先。这一点，应当说，是出乎许多民族史家想象之外的。

这项成果还通过分子人类学研究得出，壮族不仅不是壮侗语族中最古老的民族，而且也非其核心民族，侗族和水族才是壮侗语族的核心。侗族，长期位于壮侗语族地理上的中心位置，并且是遗传结构上的中心位置,是岭南族群分化过程中的核心成分。水族先祖则从厦汕起源。分子人类学研究表明，侗水群体几乎和任何一个类群都有连接，这也就暗示着水族可能是整个岭南人群中最核心的一个部分, 处于岭南人群分布上的中心位置。

这项成果认为同属苗瑶语族的苗、瑶、畲族在历史上具有同源关系，其族属和远古时代的“九黎”、“三苗”、“南蛮”有着密切的关系。

苗族从1.7万年前到5千年前的远古时代始源，经炎、黄时的“蚩尤”、“九黎”到尧、舜、禹时的“三苗”、“有苗”，又经夏、商、周到春秋战国时的“荆蛮”或“南蛮”，再经秦汉到南北朝时的“武陵蛮”或“五溪蛮”，最后到唐宋时的“苗”。

瑶族的源流与苗族基本相似，从万年前到5000年前的远古假想, 再到开天辟地创世神话反映的瑶族远祖史影, 从瑶族远祖盘瓠到瑶族的远祖九黎与三苗, 再到瑶族的先民武陵蛮与五溪蛮。

畲族始源约在9000年前,后从炎黄及尧、舜、禹的传说时代开始，一直与苗、瑶同流发展到战国及秦汉之时, 汉晋之际才从苗瑶中分流出来。分子人类学研究表明，畲族的祖先可能住在东支瑶族的北面，至迟在隋唐之际，畲族北迁到福建和浙江一带。这项成果从历史文献和基因分析两个层面，证实了苗、瑶以及畲族的同源关系。

这项成果通过历史文献总结和基因分析指出，客家人的主要成分是中原汉人，畲族是对客家人影响最大的外来因素。