结果，杨坚手下的先锋韩擒虎打进宫中准备抓南陈皇帝的时候，就发现皇帝不见了。

“陈后主呢。”第一个进了陈宫的韩擒虎虽然被眼前宫殿的富丽堂皇，看得眼花缭乱，还记得自己此行的使命。

后来，下令搜查，这才听见宫中枯井里有人呼救。

士兵们拉陈叔宝上来，还以为皇帝真不同于凡人，沉重异常。结果，拉上来发现是陈叔宝带着张、孔两妃一起躲在下面。

是为陈后主的“良策”。与爱妃张丽华、孔贵人躲到枯井里面。

三人出井口的时候，据说张丽华的胭脂还蹭在了上面，这口井又被称为胭脂井。

南朝陈祯明三年（公元589年），后主陈叔宝沉湎于酒色，不理朝政，酷爱妃子张丽华和孔贵妃。隋军打来时，陈后主一手拉一人，出景阳殿，至景阳井，一起躲藏到这一枯井中。隋军进入台城后，搜遍全皇宫，终于从景阳枯井中把他们吊了上来。二妃被杀，陈后主被俘，宫庭烧毁，国家灭亡，石井栏上沾了胭脂痕，故名胭脂井。后人为吸取陈朝国破家亡的教训，又称辱井，景阳井。

最后，陈后主被韩擒虎俘虏，陈灭亡。当夜，贺若弼军也从北掖门入城。

建邺被隋军攻下后，南朝陈国尚领有长江中游、三吴与岭南地区。

开皇九年（公元589年）1月22日，杨广进入建康，命令陈后主发令招降各地陈军投降。

坚守江夏的周罗睺、陈慧纪与守备长江中游诸城的守将陆续投降，三吴地区的吴州（今江苏吴县）、会稽（今浙江绍兴市）二城坚守拒降，岭南守将徐璒阻挡隋使韦洸於南康前，不愿意归附隋朝：

于是杨广率军南下三吴、岭南等地，各地陈军或受陈后主号令投降、或抵抗隋军而被消灭。

岭南地区在南朝梁侯景之乱时，就受冼夫人控制。冼夫人率兵击破梁高州刺史李迁仕后，掌控岭南，并与都督陈霸先合作。

陈霸先后来创建陈朝。冼夫人多次平定叛乱，保境安民，被当地俚汉人尊为“圣母”。

晋王杨广确认此事后，命令陈后主致书冼夫人，使其归隋。为了证明是真的，还将冼夫人曾经献给陈帝的扶南犀杖及陈后主的兵符给她确认。

冼夫人见到信及物件后，确定陈朝已亡，便派孙子冯魂迎隋使韦洸到岭南。各地至此才闻风归附，从此全部归隋朝管辖。

至此，隋文帝完成了大一统，成功结束纷乱近400年的魏晋南北朝时期。

战后，贺若弼和韩擒虎在隋文帝面前争论谁的功大，贺若弼说：“我在蒋山拚死鏖战，打垮了陈朝的精锐部队，俘虏了陈朝骁将萧摩诃、鲁广达等人，打出了国威和军威，于是才平定了陈国。而韩擒虎和陈朝军队几乎没有交锋过，怎么能与我相比！”

韩擒虎说：“本来接到明确指示，令我和贺若弼同时合兵攻打陈朝都城，可是贺若弼竟敢独自提前进军，遭逢敌军便投入决战，以致于所部将士伤亡很大。而我率领轻装骑兵五百人，兵不血刃，直取金陵，降服了任忠，抓获了陈叔宝，占领了陈朝的府库，捣毁了陈后主盘据的老窝。贺若弼直到傍晚才进至北掖门，是我打开城门让他入的，贺若弼赎罪还来不及，怎么能与我相比！”

隋文帝说：“两位将军都立了上等功勋。”于是，进级授予韩擒虎上柱国，赏赐布帛八千段。有关官吏弹劾说韩擒虎于陈宫放纵士兵抢劫，御下不严，因此不加封爵邑。

后来，突厥的使节来长安朝见，隋文帝对他说：“你听说过江南的陈国天子吗？”

突厥使节回答说：“听说过。”

隋文帝传令左右侍从带领突厥使节到韩擒虎跟前，对他说：“这位就是抓获陈国天子的将军。”

韩擒虎威严地看着突厥使节，突厥使节十分惊恐，不敢抬头看他。

隋灭南陈之战是继晋灭吴之后，中国战争史上第二次大规模的渡江作战。

隋朝水军虽然不像西晋灭吴时“王浚楼船下益州”那样声势浩大，直捣石头城，但也在战略上起了牵制和配合作用。在8路大军中，3路是水军，1路是水陆联军。

此外，隋朝把陈后主和文武官员、衣冠世族、百工杂技以及乘服、图藉与法物等，运送到隋朝首都大兴城（今陕西西安市），运送的行列，前后达五百里。自晋室南渡后在江南保存两百多年的中国正统文物，至此重返北方。

还有一扇从陈后主宫里抬出来的名贵屏风，价值连城的金镶玉屏风，被小心翼翼地装船送去了时年的更北方，送给和亲突厥的大义公主。