苏莱曼大帝进军匈牙利（Siege of Buda），不仅将费迪南德赶出了中部匈牙利，还迫使费迪南德同意为他在西匈牙利的领土缴纳贡品。

约翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund）也得到了波兰国王西吉斯蒙德一世（Sigismund I）的支持，后者是他母亲的父亲。

然而，1543年，西吉斯蒙德与哈布斯堡家族签署了一项条约，波兰变得中立。

波兰王子西吉斯蒙德·奥古斯特（Sigismund Augustus）与费迪南德的女儿奥地利的伊丽莎白大公（Archduchess Elisabeth of Austria）成婚。

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苏莱曼大帝将特兰西瓦尼亚（Transylvania）和东部皇家匈牙利（Eastern Royal Hungary）分配给约翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund），其母亲伊莎贝拉·雅盖隆（Isabella Jagiellon）统治东匈牙利王国（Eastern Hungarian Kingdom），而马尔蒂努齐（Martinuzzi）是实际的掌权者。

然而，由于伊莎贝拉的敌对阴谋和奥斯曼帝国的威胁，马尔蒂努齐最终倒戈。

1549年，他同意支持费迪南德的主张，帝国军队进军特兰西瓦尼亚。

在1551年《魏森堡条约》（Treaty of Weissenburg）中，伊莎贝拉代表约翰二世·西吉斯蒙德同意放弃匈牙利国王的头衔，并交出匈牙利的圣冠和王室徽章。

于是皇家匈牙利和特兰西瓦尼亚归于费迪南德，后者同意承认约翰二世·西吉斯蒙德为特兰西瓦尼亚的附庸亲王，并将自己的一个女儿许配给他。

与此同时，马尔蒂努齐试图在奥斯曼帝国派兵干预后仍保持与其友好的关系。

费迪南德的将军卡斯塔尔多（Castaldo）怀疑马尔蒂努齐叛国，并在费迪南德的批准下将他杀害。

由于此时的马尔蒂努齐已成为大主教和红衣主教，这一事件引发了震惊。

教皇尤利乌斯三世（Pope Julius III）对卡斯塔尔多和费迪南德宣布了绝罚。

费迪南德向教皇提交了一份包含87条罪状的长篇控诉，并得到了116名证人的支持。

教皇最终为费迪南德开脱，并于1555年解除绝罚。

匈牙利的战争仍在继续。

费迪南德未能将奥斯曼帝国赶出匈牙利。

1554年，费迪南德派遣奥吉尔·吉塞林·德·布斯贝克（Ogier Ghiselin de Busbecq）前往君士坦丁堡，与苏莱曼讨论边界条约，但未取得任何成果。

1556年，议会恢复约翰二世·西吉斯蒙德为东匈牙利的国王，他一直执政到1570年。

布斯贝克于1556年再次前往君士坦丁堡，并在第二次尝试中取得成功。

哈布斯堡君主的奥地利分支需要匈牙利的经济力量来应对奥斯曼战争。

在奥斯曼战争期间，原匈牙利王国的领土缩小了约70%。

尽管经历了巨大的领土和人口损失，饱受战争蹂躏的小型皇家匈牙利在16世纪末仍比奥地利或波希米亚王国对哈布斯堡统治者更具经济重要性。

在费迪南德统治时期，匈牙利残余的领土仍然是他最大的收入来源。