1556年8月，查理五世退位，将神圣罗马帝国皇帝的职位让给了他的兄弟费迪南德。

根据1521年的协议和1531年的选举，费迪南德成为了神圣罗马帝国皇帝（Holy Roman Emperor）和奥地利（Austria）的大公（Archduke of Austria）。

由于漫长的辩论和繁琐的官僚程序，帝国议会（Imperial Diet）直到1558年5月3日才接受了这次帝国继位。

教皇（Pope）拒绝承认费迪南德为皇帝，直到1559年法兰西与哈布斯堡达成和平。

费迪南德在位期间，特伦特会议（Council of Trent）结束。

为了确保他的儿子马克西米利安二世（Maximilian II）的继位，费迪南德在1562年组织了一次帝国选举。

特伦特会议的一些问题在费迪南德皇帝与教皇特使莫罗内（Morone）之间达成的妥协后得以解决。

在帝国费迪南德的重要发明之一是霍夫战争委员会（Hofkriegsrat，Aulic War Council），该委员会于1556年正式成立，负责协调所有哈布斯堡领土内外的军事事务。

它与帝国法院（Reichshofkanzlei）以及霍夫财政局（Hofkammer）一起，构成了维也纳（Vienna）哈布斯堡政府的核心机构。

帝国法院复活，专门处理与帝国特权相关的事务。

1556年，颁布了一项法令，确保帝国事务和王朝事务由同一机构中的两个官员小组分别管理。

在他统治期间，这些机构中的贵族权力受到了限制。

对于每个领地组，设立了专门的管理和财政办公室。

与马克西米利安一世和查理五世不同，费迪南德一世并不是一个游牧式的统治者。

1533年，他将居所搬到了维也纳，并在那里度过了大部分时间。

经历了1529年的土耳其围城战后，费迪南德致力于将维也纳打造成一座坚不可摧的堡垒。

在1558年继位后，维也纳成为了帝国的首都。

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自1542年以来，查理五世和费迪南德能够征收“公用便士”（Common Penny）税或“土耳其援助”（Türkenhilfe），旨在保护帝国免受奥斯曼帝国或法国的威胁。

然而，由于匈牙利并非神圣罗马帝国的一部分，因此针对匈牙利的帝国援助取决于政治因素。

该义务仅在维也纳或帝国受到威胁时生效。

费迪南德统治下的匈牙利西部地区被称为“皇家匈牙利”（Royal Hungary）。

作为奥地利（Austria）、波希米亚（Bohemia）和皇家匈牙利的统治者，费迪南德采取了中央集权政策，与当时其他君主共同建设绝对君主制。

1527年，在即位不久后，他为自己的世袭领地发布了一部宪法（Hofstaatsordnung），并在普雷斯堡（Pressburg）为匈牙利建立了奥地利式的机构，在布拉格（Prague）为波希米亚设立了机构，在布雷斯劳（Breslau）为西里西亚（Silesia）设立了机构。

费迪南德能够为他的领地引入更统一的政府，同时加强对波希米亚财政的控制，波希米亚为他提供了一半的收入。

然而，这些政府基本上仍然相互独立。

奥地利人可以在波希米亚的行政机构中发展事业，但通常需要归化，除了一些皇家保护者，如弗洛里安·格里斯贝克（Florian Griespeck），而波希米亚人晋升到奥地利政府几乎是不可能的（与未来形成鲜明对比）。

作为一位选举产生的国王，他逐渐推动君主制走向世袭制，最终在费迪南德二世成为神圣罗马帝国皇帝时实现。

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1547年，波希米亚贵族因费迪南德下令波希米亚军队对德意志新教徒采取行动而反叛。

在镇压叛乱后，他通过限制波希米亚城市的特权并插入一批新的皇家官员以控制城市当局进行报复。

费迪南德是反宗教改革的支持者，并帮助领导天主教对他所视为新教主义异端浪潮的回应。

例如，在1551年，他邀请耶稣会士前往维也纳（Vienna），并在1556年邀请他们前往布拉格（Prague）。

最终，在1561年，费迪南德恢复了此前因新教徒成功而被解散的布拉格大主教区（Archdiocese of Prague）。