此段历史发生在公元1600年至1622年，主要讲述万历执政后期、朱常洛、朱由校前期（魏忠贤尚未掌权）三个时期的历史，这段短短历史戏剧性的上演了明末三大案，分别为梃击案、红丸案和移宫案，各个都成了历史怪谈疑案。
这个时期，世界历史上，1602年，荷兰东印度公司成立。1603年，德川家康建立江户幕府。1604年，法国在印度成立东印度公司，该年尚普兰为法国建立第一个北美殖民地。1607年 ，英国在北美建弗吉尼亚殖民地。1613年，俄罗斯历史上最强盛的王朝罗曼诺夫王朝建立。1618年欧洲爆发三十年战争，这是历史上第一次全欧洲大战。
有诗道：红丸梃击连移宫，三案手翻乱廷平去。公然撰刻示天下，正者曰邪邪曰正。
话说啊，明神宗万历皇帝登基的时候，立马册封了王皇后，可这王皇后肚子不争气，没生下龙子。另一边，王恭妃给皇上添了个大胖小子，这是皇长子；郑妃呢，也不甘落后，给皇上生了三皇子。神宗皇帝特别宠爱郑妃，一高兴，直接给郑妃升成了贵妃。这时候，有位叫姜应麟的给事中，还有孙如法等几位主事，一块儿上书说：“哎呀，皇上啊，王恭妃生的可是长子，五年了，连个封号都没见涨，郑妃一生孩子，立马贵妃了，这世道让人咋想啊？”神宗一听，火冒三丈，直接把这几位贬成了小地方的典史。
打这儿以后，沈鲤、申时行、许国、王锡爵、王家屏这些个大臣们，一个个轮番上阵，请求立太子，跟皇上磨破了嘴皮子。皇上呢，嫌他们啰嗦，干脆不理不睬。一直到皇子十三岁了，王锡爵这位老臣又死乞白赖地求，皇上才勉强同意让皇长子和三皇子一块儿出阁读书。
有一年，河南大旱，老百姓饿得吃人，皇上和郑贵妃看了奏折，心里那叫一个难受。郑贵妃心善，说：“皇上，要不咱从私房钱里拿出五千金去救济吧。”皇上一听，高兴了，自己也掏了五千金，河南的老百姓算是捡回一条命。
可大臣们还是天天盯着立太子这事儿不放，磨了二十九年，皇长子常洛总算是被立为太子了，这时候他都二十二了，刚戴上成年人的帽子。福王、瑞王、惠王、桂王也都成人了，连太子妃郭氏也定了下来。
这时候，怪事来了，各地突然出现了匿名信，一夜之间，从宫门到大街小巷，到处都是。信里大概就是说郑贵妃想对太子不利，题目还挺吓人，叫《续忧危垃议》。这信里的故事，讲的是宋朝宋宁宗想立赵竑为太子，结果宁宗一死，史弥远假传圣旨杀了赵竑，立了理宗。神宗一看，气不打一处来，全国上下人心惶惶，下令严查妖书，长安城里连小声嘀咕都不敢了。
结果，吴江有个叫沈令誉的，因为跟这事儿沾了点边儿，被抓了起来，连带着还有个高僧达观，也被砍头了，牵连的人多了去了，惨得很。
最后，抓到一个叫暾生光的人，这家伙受不了酷刑，就认了。还好有侍郎李廷机、尚书赵世卿帮着辅臣沈一贯、朱赓顶着，案子才算审明白，把暾生光给处决了，老婆孩子发配边疆。可实际上，妖书真不是他写的。后来，中书舍人赵士征病得快不行了，自己说是他干的，说完就像被五马分尸一样，肉一块块往下掉，死了。
到了四十一年，群臣又一块儿上书，请福王去封地。这时候，有个叫王日乾的武人，举报说有个叫孔学的，跟郑贵妃宫里的姜内相拜把子，还请了个妖人王三诏到家里，诅咒太子。神宗一听，气得差点没晕过去，御案都掀了。
辅臣叶向高赶紧上书说：“皇上，王日乾、孔学这些人啊，就是京城里的小混混，这事儿跟当年的妖书案一模一样。但妖书是匿名的，没法查，现在告状的和被告的都在这儿，一审就明白了。”神宗一听，脸色缓和了点，也就不追究了。叶向高趁机请求赶紧让福王去封地，皇上答应了，让福王去河南。
四十三年五月，又出事了，有个男的闯进东宫，拿起棍子就把守门的一个太监给打了。大家一块儿把他给逮住了。太子亲自上书，要求送刑部审问。这家伙叫张差，御史刘廷元说：“他看起来疯疯癫癫的，又有点狡猾。”刑部的人说他是疯子。可提牢官王之采一问，这家伙说有个人叫马三道，把他带到庞、刘两个太监那儿，教他怎么干。说来说去，又扯上了郑贵妃的弟弟郑国泰。大臣何士晋上书，要求追查到底。这下子，群臣都炸开锅了，纷纷上书弹劾。
神宗一听，又火了，下旨说：“别查了，直接把张差凌迟处死，谁也别牵连！”没多久，又在宫里悄悄处死了太监庞保、刘成，这事儿就算是过去了。
而在这时，大清太祖高皇帝，也就是努尔哈赤，他在东方那是冉冉升起，势不可挡。戊午正月，人家直接宣布万历四十六年是天命元年，帝王的气数，那是已经定了，于是建立了后金政权，与明朝相抗。
大清军队那是勇猛无比，一鼓作气打下了抚顺，把明朝的军队打得落花流水。明朝一看，这可不行，得找个能人出来。于是，杨镐就被任命为兵部右侍郎，负责辽东的战事。明神宗也是急得团团转，生怕军队打久了，钱袋子空了。于是，朝廷里的大臣们，像大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科赵兴邦这些，那是红旗一挥，催着杨镐赶紧出兵。
杨镐没办法，只好硬着头皮，分了四路大军，合计起来有十多万人马。北路由马林带着金台失的军队，西路由杜松挂帅，南路归李如柏，东路则是刘綎，还带着朝鲜的军队。这时候，天象也是怪得很，什么蚩尤旗啊，彗星啊，都出来了，地震也是不断，懂行的人都知道，这是要败的预兆啊。
结果，四十七年正月十九日一出兵，就赶上了大雪，士兵们那是寸步难行，进军计划也泄露了。杜松这个急性子，为了抢头功，越过五岭关，提前到了浑河，结果中了埋伏，血战一场，力竭而死，全军覆没。马林呢，从三岔堡到二道关，一听杜松败了，吓得赶紧扎营自守。清兵那是乘胜追击，马林也败了，游击麻岩战死沙场。
刘綎呢，他是孤军深入，三百多里地，打下了十多个寨子。结果，清兵冒充杜松的军队，给他当向导，把他引进了包围圈。刘綎那是身陷重围，最后战死沙场。只有李如柏这一路，因为经略的命令，撤回来了，算是保全了。